Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,068,338 | C→T | 9.7% | S167S (AGC→AGT) | PP_0926 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,068,338 | 0 | C | T | 9.7% | 112.0 / 3.1 | 43 | S167S (AGC→AGT) | PP_0926 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/18); new base T (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
GCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGATGACCCTGCCGCTGGCGCTGATCTGTATCGGCGGCACGCT > NC_002947/1068192‑1068487 | gccgccAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCAtt < 2:513556/150‑1 (MQ=255) ccAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCa < 1:51540/150‑1 (MQ=255) tagggCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGc > 2:621430/4‑126 (MQ=255) tATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGc < 1:621430/126‑1 (MQ=255) tATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGatcatc > 2:70726/1‑150 (MQ=255) tGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGTATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAg > 2:764/1‑150 (MQ=255) cATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGt > 1:588616/1‑150 (MQ=255) aTTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGatc < 2:36112/141‑1 (MQ=255) aTTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGatc > 1:36112/1‑141 (MQ=255) ccTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAGCTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCCGCGTGCtggt < 1:175619/150‑1 (MQ=255) ccTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCtggt > 1:1030919/1‑150 (MQ=255) ccTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCtggt < 1:656040/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGTATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCt > 2:757624/1‑150 (MQ=255) gCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACg < 1:1150309/150‑1 (MQ=255) cTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGTCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGAGCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGc > 1:389459/1‑150 (MQ=255) cTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACg < 1:573972/148‑1 (MQ=255) cTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACg > 2:573972/1‑148 (MQ=255) cATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAG‑CCAGACGTGTGCTCTTCCGATC‑‑TGCCGCAGCTGCAAGAGGAGGTTCAACCACCCGCTGCTCTACCTCGTTCTCGTGGGCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGt < 1:1178421/150‑1 (MQ=255) tCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGc < 1:1054012/140‑1 (MQ=255) tCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGc > 2:1054012/1‑140 (MQ=255) tCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGc > 2:485443/1‑150 (MQ=255) aaCTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGc > 1:1040185/1‑91 (MQ=255) aaCTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGc < 2:1040185/91‑1 (MQ=255) cTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGCCCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTg > 1:761228/1‑150 (MQ=255) tCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTgg > 1:910404/1‑150 (MQ=255) tGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTAc < 2:1030919/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGTATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACt < 1:764/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACt < 2:588616/150‑1 (MQ=255) tGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACt > 1:1200649/1‑150 (MQ=255) aCAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGcac < 1:70726/150‑1 (MQ=255) gCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGa > 2:492755/1‑150 (MQ=255) cccGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTg > 2:766201/1‑70 (MQ=255) cccGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTg < 1:766201/70‑1 (MQ=255) cccGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGAt < 2:389459/150‑1 (MQ=255) cT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTAGCACAGATGACCCTg > 2:735477/1‑150 (MQ=255) t‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGATGACCCTGc > 1:596733/1‑150 (MQ=255) cAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGTATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGATGACCCTGcc < 1:757624/150‑1 (MQ=255) gTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGATGACCCTGCCGCt < 1:1162913/150‑1 (MQ=255) gATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCggg > 1:181938/1‑116 (MQ=255) gATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCggg < 2:181938/116‑1 (MQ=255) gTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGccc < 2:2202/64‑1 (MQ=255) gTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGccc > 1:2202/1‑64 (MQ=255) cATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGcaca < 1:64575/120‑1 (MQ=255) cATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGcaca > 2:64575/1‑120 (MQ=255) gCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGATGACCCTGCCGCTGGCGCTGATCTGTATcggcg > 1:881072/1‑150 (MQ=255) cATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGATGACCCTGCCGCTGGCGCTGATCTGTATCGGCGGCACGCt < 1:485443/150‑1 (MQ=255) cATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGATGACCCTGCCGCTGGCGCTGATCTGTATCGGCGGCACGCt > 1:874340/1‑150 (MQ=255) | GCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGCTGTCAGCGGTGGTACTGGCGGTGTACAGCCCGGACCT‑‑‑CAAGTCCGATCCGTGGAGCATCTGCAAGAGCATTTTCAGCAACCCGCTGATCATCAGCGTGCTGGTGGCCGCGCCCATGGCTTACGGCCAGGTGCCGCTGCCCAACTGGCTACTGACCTCGGGCGACTACCTGGCACAGATGACCCTGCCGCTGGCGCTGATCTGTATCGGCGGCACGCT > NC_002947/1068192‑1068487 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |