Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,129,437 | A→T | 9.7% | A40A (GCT→GCA) | gcvP‑I ← | glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,129,437 | 0 | A | T | 9.7% | 151.1 / 6.8 | 53 | A40A (GCT→GCA) | gcvP‑I | glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/27); new base T (2/3); total (23/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
TGGGTGTTGTAGTAGCCCTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTCGTTGGCGGTGCCGAGGTTGATGGTCATGGCGGGATTCCTCAGGCGTCGTCGTT > NC_002947/1129288‑1129582 | tgGGTGTTGTAGTAGCCCTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCa > 1:993761/1‑150 (MQ=255) ggTGTTGTAGTAGCCCTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGc > 1:1145417/1‑150 (MQ=255) gtgtTGTAGTAGCCCTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCg < 2:993761/150‑1 (MQ=255) ttgtAGTAGCCCTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTc < 1:1060121/150‑1 (MQ=255) tagtagCCCTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCTGCGGTCAtc < 2:661269/150‑2 (MQ=255) tagtagCCCTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATg < 2:790142/150‑1 (MQ=255) tagtagCCCTGACCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTGTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATg < 2:658534/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCa > 2:729518/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCa < 1:772077/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTGGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCa < 1:60241/150‑1 (MQ=255) tGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGc > 1:524328/1‑150 (MQ=255) tGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCATGTCCGCCTTGTTTTAATACTTCTTCACGCCGAGCTCGTCCGTACCTTCGTTGTTTCCGGTGTTGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGc < 2:1042664/150‑1 (MQ=255) ccGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGTGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAg > 1:95283/1‑150 (MQ=255) gATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGTGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTc < 2:95283/150‑1 (MQ=255) gCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCTGCGGTCAtc > 1:383564/1‑129 (MQ=255) gCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCTGCGGTCAtc < 2:383564/130‑2 (MQ=255) ttttGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCca > 1:218889/1‑150 (MQ=255) ttttGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGAGGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCGGTGGCCGTCGTGCGGGCCAAGCACGTTGGTATCTGTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGTGAGTCGAAGCCca < 1:71525/150‑1 (MQ=255) ttttAAACAGCTGGTTCTTGCCAGCTATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGACCTCGCACTGGCCGTCGTGCGCGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCca > 2:1072669/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCcagtgca > 2:105823/1‑150 (MQ=255) tGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGc < 1:1020387/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCt > 1:1040743/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATgg > 1:1097894/1‑110 (MQ=255) gCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATgg < 2:1097894/110‑1 (MQ=255) gCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTg < 1:729518/150‑1 (MQ=255) cAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTCCATGCAGCAGCAGATAGCCGCGGTTTTCATGGCGTCCAGGCCGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGtt > 1:625638/1‑150 (MQ=255) aGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTc < 1:103572/150‑1 (MQ=255) aGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTc < 1:503036/150‑1 (MQ=255) cTTGAGCCCAGCCACCGCGTCGGCCTCGCGCGGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGAGCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTTAGCATGGCCTGTTCGTCAgcggc < 2:393202/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTTGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGc < 2:524328/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCcagtgcagt < 1:536832/118‑1 (MQ=255) cAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCcagtgcagt > 2:536832/1‑118 (MQ=255) agcgagcgCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGcc > 1:134906/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACgg < 1:105823/150‑1 (MQ=255) cTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTAt > 2:1182799/1‑138 (MQ=255) cTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTAt < 1:1182799/138‑1 (MQ=255) cTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGAt > 2:853034/1‑150 (MQ=255) tCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATg > 2:456273/1‑150 (MQ=255) tGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTg > 1:959102/1‑107 (MQ=255) tGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTg < 2:959102/107‑1 (MQ=255) ggCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCcag < 1:519890/88‑1 (MQ=255) ggCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCcag > 2:519890/1‑88 (MQ=255) gCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGa > 2:580458/1‑133 (MQ=255) gCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGa < 1:580458/133‑1 (MQ=255) cgtctggCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGTCCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCATTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTCGTTgg < 2:483162/144‑1 (MQ=255) aaGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTCGTTGGCGGTGCCGAGGtt < 1:456273/150‑1 (MQ=255) aCCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTAAGCGGGACGCGGGCGAAAGCTACGGGCGATGAATTTGTTGGCGGGGCCGCGGTTGATGGTCAGGGc > 1:676657/1‑150 (MQ=255) cTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTCGTTGCCGGTGCCGAGGTTGATGGTCATGGCGGGATTCCTc > 1:311827/1‑150 (MQ=255) tatCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTCGtt < 1:918475/110‑1 (MQ=255) tGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTTGtt > 2:918475/1‑112 (MQ=255) gTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTCGTTGGCGGTGCCGAGGTTGATGGTCATGGCGGGATTCCTCAg < 2:1145417/150‑1 (MQ=255) cgATTACCGCTGCGGTCATGGCCTCCAGCGAGTCGAAGCCGAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCGATGTGACGGGCGATTAATTCGTTGGCTGTGGCGAGGTTGATGGTCATGGCGGGATTCCTCAGGcgtc < 2:60593/149‑1 (MQ=255) caTGACCGCTGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTCGTTGGCGGTGCCGAGGTTGATGGTCATGGCGGGACTCCTCAGGcgtcg > 1:60593/2‑150 (MQ=255) ccGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTCGTTGGCGGTGCCGAGGTTGATGGTCATGGCGGGATTCCTCAGGCGTCGTCGtt < 1:775345/150‑1 (MQ=255) | TGGGTGTTGTAGTAGCCCTGGCCGATGTAGCTTTTGAACAGCTGGTTCTTGCCAGCGATGGCCTTGAGCGCAGCGAGCGCGTCGGCCTCGCTCTGGCCGTCGTGCGAGCCAAGCACGCTGGTACCTTTGATGCTGTCGGGGATGACCGCAGCGGTCATGGCGTCCAGCGAGTCGAAGCCCAGTGCAGTGAGCATGGCCTGTTCGTCAGCGGCGCGCGGGCCTATGTGACGGGCGATGAATTCGTTGGCGGTGCCGAGGTTGATGGTCATGGCGGGATTCCTCAGGCGTCGTCGTT > NC_002947/1129288‑1129582 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |