| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,134,095 | A→T | 11.6% | intergenic (+34/+44) | PP_0995 → / ← gltS | membrane protein/glutamate:sodium symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,134,095 | 0 | A | T | 11.6% | 162.0 / 10.2 | 59 | intergenic (+34/+44) | PP_0995/gltS | membrane protein/glutamate:sodium symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/26); new base T (2/5); total (28/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
CTGCATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAGGCGAG > NC_002947/1133951‑1134243 | ctgcATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTc > 2:61607/1‑150 (MQ=255)ctgcATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCACGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTc < 2:764735/150‑1 (MQ=255) tgcATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCt > 1:505105/1‑150 (MQ=255) gcATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTg > 2:917165/1‑150 (MQ=255) ttGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGTCGTTCTGagt < 1:492883/150‑3 (MQ=255) cGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑ttgcttg > 1:411251/1‑150 (MQ=255) cGGAAATGGGAGTGCCGTTCTGGGGAGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCCGAACGACGTTCTGA‑ttgcttg > 2:431159/1‑150 (MQ=255) aaaTGGTCGTTCTGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCGCGGCATGCTCGGGCGGACGGTACTCGGTGCCTGGTGCGCCCCCCGCATGCTCCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGccc < 2:308912/150‑1 (MQ=255) aaTGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCACCTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCt > 1:907498/1‑150 (MQ=255) aTGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTg < 2:355681/150‑1 (MQ=255) gggCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGc < 1:911982/150‑1 (MQ=255) gggCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGc < 1:113639/150‑1 (MQ=255) tGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTcac < 2:505105/150‑1 (MQ=255) gCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTcaca < 2:907498/150‑1 (MQ=255) tCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGTCGGTACTCGGGGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACCTCGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTc < 1:420856/150‑1 (MQ=255) tCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGCGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTc < 2:6866/150‑1 (MQ=255) tGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGt < 1:917165/150‑1 (MQ=255) gtgtgtGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGAcc < 1:563465/150‑1 (MQ=255) tgtgGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCg > 2:536145/1‑150 (MQ=255) gtgGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGc < 1:578668/150‑1 (MQ=255) gTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAAccc < 1:313697/150‑1 (MQ=255) tCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCg < 2:214741/150‑1 (MQ=255) cTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGca > 1:403889/1‑150 (MQ=255) cTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGca > 1:216272/1‑150 (MQ=255) aTGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGt < 1:978409/126‑1 (MQ=255) aTGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGt > 2:978409/1‑126 (MQ=255) ccGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAAt > 2:908713/1‑150 (MQ=255) cGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGTCGTTCTGagttg > 1:789912/1‑89 (MQ=255) cGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGTCGTTCTGagttg < 2:789912/93‑5 (MQ=255) ggTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCATGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCATGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAg > 1:434153/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTTAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGAt > 2:520356/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGAt < 2:874036/150‑1 (MQ=255) ggggCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGa < 2:193537/150‑1 (MQ=255) gCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGa < 2:453427/150‑1 (MQ=255) ccGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACAtt > 1:827001/1‑150 (MQ=255) aTGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATtgatg < 2:411251/150‑1 (MQ=255) ttGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGAt < 1:431159/150‑1 (MQ=255) gTAGTCTGTACCGTCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATgaa < 2:434153/150‑1 (MQ=255) tAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATgaag > 2:667097/1‑150 (MQ=255) tAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATgaag > 2:940130/1‑150 (MQ=255) gCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAAc < 2:216272/150‑1 (MQ=255) cTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACg > 2:1092060/1‑150 (MQ=255) tGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAg < 2:607871/95‑1 (MQ=255) tGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAg > 1:607871/1‑95 (MQ=255) tGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGa > 1:133567/1‑125 (MQ=255) tGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGa < 2:133567/125‑1 (MQ=255) tACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGt > 2:42158/1‑65 (MQ=255) tACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGt < 1:42158/65‑1 (MQ=255) gCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACAGGGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCg > 2:800318/1‑150 (MQ=255) cACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTgatgat > 2:387482/1‑120 (MQ=255) cACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTgatgat < 1:387482/120‑1 (MQ=255) cACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCACGGTAGAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGcac > 1:265487/1‑150 (MQ=255) caatCAGAACGTCGTTCTGAGTTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGa < 2:57704/94‑1 (MQ=39) caatCAGAACGTCGTTCTGAGTTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGa > 1:57704/4‑97 (MQ=39) tCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGCTCACGATGAGATGGAGGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGa > 1:1174037/1‑150 (MQ=255) tCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGca > 2:836432/1‑141 (MQ=255) tCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGca < 1:836432/141‑1 (MQ=255) gAACGTCGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACCATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAgg < 2:767274/150‑1 (MQ=255) aaCGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAGGc > 2:513839/1‑150 (MQ=255) cgacgTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAGGCGa > 2:972442/1‑150 (MQ=255) gacgTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAGGCGAg > 1:403146/1‑150 (MQ=255) gacgTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAGGCGAg > 2:583412/1‑150 (MQ=255) | CTGCATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGA‑TTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAGGCGAG > NC_002947/1133951‑1134243 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |