| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,355,067 | C→T | 6.8% | E106K (GAA→AAA) | nrdA ← | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,355,067 | 0 | C | T | 6.8% | 164.8 / 2.7 | 59 | E106K (GAA→AAA) | nrdA | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/23); new base T (2/2); total (34/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
CGTCGGCCAGGGTGATGCGGATGCTCGGGTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTGCCGCCTTCAACTGCGAGGAAC > NC_002947/1354920‑1355215 | cGTCGGCCAGGGTGATGCGGATGCTCGGGTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGa > 1:399239/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGGTGATGCGGATGCTCGGGTGCGGACACAGTACGGTGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTg < 2:400674/150‑1 (MQ=255) tGATGCGGATGCTCGGGTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGa < 2:1053296/150‑1 (MQ=255) tGATGCGGATGCTCGGGTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGACCAGGTCGAACTGG‑CCCTgat < 2:929658/150‑3 (MQ=255) gCGGATGCTCGGGTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATttc > 2:77527/1‑150 (MQ=255) tGCTCGGGTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGa < 1:77527/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGAtgtg > 2:255334/1‑150 (MQ=255) cGGGTGCGGCTCGACAACGGCGTGGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCGGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCAGGCGCGCATCATGGCCAGTTCGACCTCG‑TCCTGGATGTCTTCGAtgtg > 2:234756/1‑150 (MQ=255) gggTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTgg < 2:399239/150‑1 (MQ=255) gTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGAt < 2:650539/150‑1 (MQ=255) gCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGc > 2:104929/1‑150 (MQ=255) gCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGATCACAGTCTCGCTGCTCACGGGAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGc > 2:41991/1‑150 (MQ=255) gCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGGGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGc > 2:104994/1‑150 (MQ=255) cACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGa > 1:250872/1‑150 (MQ=255) cACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCACATCAGGACCAGGTCGAACTGG‑CCCTgatg > 1:433049/1‑120 (MQ=255) cACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCACATCAGGACCAGGTCGAACTGG‑CCCTgatg < 2:433049/123‑4 (MQ=255) cGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGAGCGCTTCTTGGCGCGCTGGTCAAGGTAGATCAGGTAGTCTCGGGCGACTTTATGTTCGCAGGGGAGCATCAGGGAAAGTTCGAACTGG‑TTCTGGATTTCTTAGATGTGGATGGTGCCAACAGATGGCa > 2:398363/1‑150 (MQ=255) tCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGAtgtg < 2:840031/128‑1 (MQ=255) tCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGAtgtg > 1:840031/1‑128 (MQ=255) ttGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGc > 2:1113245/1‑150 (MQ=255) tGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCATCGGGTGGCaccatc > 2:489540/1‑141 (MQ=255) gCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCg < 1:255334/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGc > 1:831769/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGt > 2:837582/1‑150 (MQ=255) cTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCGCGCCGGCGCGCATCAGCGCCA‑CTCGCCCAGGCTCGTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTTCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAg < 1:812184/150‑1 (MQ=255) ggTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGgc < 2:3669/150‑1 (MQ=255) ggTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGAGCGCATCAGGGCTAGTTCGACCTGG‑TCCCGGATTTCTTAGATGTGGGTGGTACCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCAGTTACCTGCTCGGTCatgg > 2:305143/1‑147 (MQ=255) gTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGgcg > 2:1067144/1‑150 (MQ=255) gTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGgcg > 1:502229/1‑150 (MQ=255) tAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACg > 1:613966/1‑150 (MQ=255) gATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGgt > 1:828301/1‑150 (MQ=255) cGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGt < 2:717687/150‑1 (MQ=255) gTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTg > 2:24454/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATgc < 2:828301/150‑1 (MQ=255) gggCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGcgcg > 2:358117/1‑150 (MQ=255) cGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGcgacg > 1:1170728/1‑150 (MQ=255) tttCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAgc < 1:104994/150‑1 (MQ=255) tttCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAgc < 1:104929/150‑1 (MQ=255) tttCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAgc > 1:761042/1‑150 (MQ=255) cTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAgcggcggc < 2:761042/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAgcggcggcg > 1:67700/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTgcc < 1:756844/150‑1 (MQ=255) gcgcgcATCAGGGCCAGTTTGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATgcg > 2:314713/1‑128 (MQ=255) gcgcgcATCAGGGCCAGTTTGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATgcg < 1:314713/128‑1 (MQ=255) gcgcgcATCAGGGCCAGTTTGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATgcg < 1:314920/128‑1 (MQ=255) gcgcgcATCAGGGCCAGTTTGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATgcg > 2:314920/1‑128 (MQ=255) gcgcgcATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTgccg > 1:547769/1‑150 (MQ=255) gcATCATGGCCAGTTCGAGCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCACCgccgccgc < 1:1137486/150‑3 (MQ=255) ggCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTGCCGCCTTCAACTGc > 1:212310/1‑150 (MQ=255) ggCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTGCCGCCTTCAACTGc < 1:1067144/150‑1 (MQ=255) ccAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTac > 1:327692/1‑77 (MQ=255) ccAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTaa < 2:327692/78‑1 (MQ=255) ccAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTGCGGCCTTCAACTGCGa > 1:1082747/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTGCCGCCTTCAACTGCGa > 1:791480/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTGCCGCCTTCAACTGCGa < 2:250872/150‑1 (MQ=255) cAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGgcgtcg > 1:496069/1‑93 (MQ=255) cAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGgcgtcg < 2:496069/96‑4 (MQ=255) aGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTGCCGCCTTCAACTGCGAgg > 2:1051438/1‑150 (MQ=255) tCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTGCCGCCTTCAACTGCGAGGAAc < 2:502229/150‑1 (MQ=255) | CGTCGGCCAGGGTGATGCGGATGCTCGGGTGCGGCTCGACCACGGCGTCGGTGTTGGCGCGGGTGGCACGCTCCTTGGCGCGCTGGTCACGGTAGATCACGTAGTCGCGGGCGACTTTCTGCTCGCCGGCGCGCATCAGGGCCAGTTCGACCTGG‑TCCTGGATTTCTTCGATGTGGATGGTGCCACCCGATGGCATGCGACGCTTGAACGTTGCGGTAACCTGCTCGGTCAGGCGCGCGACGGTGTCGTGGATGCGCGACGAAGCGGCGGCGGTGCCGCCTTCAACTGCGAGGAAC > NC_002947/1354920‑1355215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |