Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,435,829 | A→T | 15.1% | C48S (TGC→AGC) | PP_1256 ← | alpha‑ketoglutarate semialdehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,435,829 | 0 | A | T | 15.1% | 140.2 / 14.3 | 52 | C48S (TGC→AGC) | PP_1256 | alpha‑ketoglutarate semialdehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/22); new base T (4/4); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCTTGGGCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGCATGTAGCCTC > NC_002947/1435682‑1435978 | ccTTGGGCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAgg > 2:628231/1‑150 (MQ=255) ggCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTgg < 1:1014773/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTgg < 1:1071108/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGAGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTgg < 2:800528/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCCGGCTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGACTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTgg < 1:707227/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCTGCGCGCTGGCCTggg < 1:723614/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTggg < 2:547358/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCAc < 2:1127979/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCAc < 1:1128553/150‑1 (MQ=255) ttCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGTCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTc < 2:186497/150‑1 (MQ=255) ttCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTc > 2:490971/1‑150 (MQ=255) cGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGt > 2:503320/1‑150 (MQ=255) ccGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAAc < 1:241763/150‑1 (MQ=255) cTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGAcc > 1:997035/1‑150 (MQ=255) cTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGAcc > 2:397477/1‑150 (MQ=255) cTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGAcc > 2:917036/1‑150 (MQ=255) tCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGccgccg < 1:610099/119‑1 (MQ=255) tCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGccgccg > 2:610099/1‑119 (MQ=255) tgtgGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCCCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑Tgg < 2:807619/150‑1 (MQ=255) tgGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑Tgggg > 2:1049779/1‑149 (MQ=255) gCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCg > 1:965438/1‑150 (MQ=255) gATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCTGCGCGCTGGCCTggg > 1:1171305/1‑86 (MQ=255) gATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCTGCGCGCTGGCCTggg < 2:1171305/86‑1 (MQ=255) aTGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATg > 2:360467/1‑150 (MQ=255) aTGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCCCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCCATg > 2:928558/1‑150 (MQ=255) cTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCAc > 1:1059000/1‑150 (MQ=255) ttCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCTCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCAGAc < 1:977612/128‑1 (MQ=255) ttCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCAGAc > 2:977612/1‑128 (MQ=255) cAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGa < 1:280499/150‑1 (MQ=255) aaGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGAt > 2:418323/1‑150 (MQ=255) aGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCAGCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATg > 1:307520/1‑150 (MQ=255) tctGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCt < 2:890749/115‑1 (MQ=255) tctGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCt > 1:890749/1‑115 (MQ=255) tCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCACCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGCCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCt > 2:263292/1‑150 (MQ=255) tgttCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCg < 1:917036/150‑1 (MQ=255) gCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTAGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCg > 2:260671/1‑150 (MQ=255) tCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTgg < 2:965438/150‑1 (MQ=255) gTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGAt < 1:206483/150‑1 (MQ=255) aTCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGTTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATcagcag < 1:643859/150‑1 (MQ=255) gAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGtt < 2:1059000/150‑1 (MQ=255) ccgccCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATcagcag < 2:761717/142‑1 (MQ=255) ccgccCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATcagcag > 1:761717/1‑142 (MQ=255) cgccCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTTTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCtgt < 1:1102736/150‑1 (MQ=255) cccAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGa > 2:953728/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCTGCGCGCTGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGc > 1:282120/1‑121 (MQ=255) ccAGGCCTGCGCGCTGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGc < 2:282120/121‑1 (MQ=255) ccAGGCCTGCGCGCTGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAg > 1:15186/1‑150 (MQ=255) aGGCCTGCGCGCTGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGc > 2:743597/1‑97 (MQ=255) aGGCCTGCGCGCTGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGc < 1:743597/97‑1 (MQ=255) gCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGc > 1:761588/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGCa > 2:835448/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGCAGGTCTGGGCCCCGAGTCCGGGTTGCCCTCCGATTTAGGCCGGCTCCAACGT‑AGAAGCGTGCTCTTGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGCAt < 1:928558/150‑1 (MQ=255) aGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGCATGTAGcctc < 1:260671/150‑1 (MQ=255) | CCTTGGGCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAGGCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGT‑TGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGCATGTAGCCTC > NC_002947/1435682‑1435978 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |