| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,476,736 | G→C | 7.4% | R264R (CGG→CGC) | PP_1290 → | polysaccharide deacetylase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,476,736 | 0 | G | C | 7.4% | 164.3 / 5.2 | 54 | R264R (CGG→CGC) | PP_1290 | polysaccharide deacetylase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/25); new base C (2/2); total (27/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.59e-01 | |||||||||||
TTCTTCACGCTTGGTAACCGCTTGCAGCAACGCCGTGATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTTGTGGGACATCGATGCCC > NC_002947/1476587‑1476878 | ttcttcACGCTTGGTAACCGCTTGCAGCAACGCCGTGATGGTGACT‑GGCGATCGGCGTTTTGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTgcgg < 2:635067/150‑1 (MQ=255) ttcACGCTTGGTAACCGCTTGCAGCAACGCCGTGATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGgcgc < 1:696913/150‑1 (MQ=255) gCTTGGTAACCGCTTGCAGCAACGCCGTGATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGGAGTGGAAGGCCTGGTATGATTCGCTGCGGCGCAGCCa > 2:281020/1‑150 (MQ=255) ttGCAGCAACGCCGTGATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAg < 1:195703/150‑1 (MQ=255) gcagcaACGCCGTGATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGc > 1:321790/1‑150 (MQ=255) cagcaACGCCGTGATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCTGGTGCAGGCt > 1:1090870/1‑150 (MQ=255) agcaACGCCGTGATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTg > 2:819751/1‑150 (MQ=255) caACGCCGTGATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGAt < 2:406588/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAg > 1:63692/1‑150 (MQ=255) gTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGt < 2:731457/150‑1 (MQ=255) gTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGt < 2:63692/150‑1 (MQ=255) tGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTa < 2:14841/150‑1 (MQ=255) nc‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCANTGCGTGGGNATCCAGGGGNGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCGAGGCGCGGGGGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGt > 1:484152/2‑150 (MQ=255) ccTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCa > 1:412788/1‑133 (MQ=255) ccTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCa < 2:412788/133‑1 (MQ=255) cTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGCGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTAccc > 2:713626/1‑127 (MQ=255) cTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGCGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTAccc < 1:713626/127‑1 (MQ=255) tGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTc < 1:339401/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCt > 2:982791/1‑150 (MQ=255) ctctATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTAt > 1:238356/1‑150 (MQ=255) ctctATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTAt < 1:819751/150‑1 (MQ=255) tctATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATg < 2:238356/150‑1 (MQ=255) tATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGc > 2:833223/1‑150 (MQ=255) aTGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGcc < 1:259877/150‑1 (MQ=255) gggCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAgcgc > 2:878701/1‑150 (MQ=255) gTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGAGGGTGCAGGCTGATCTAc < 2:1108078/97‑1 (MQ=255) gTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGAGGGTGCAGGCTGATCTAc > 1:1108078/1‑97 (MQ=255) gggTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGGGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACgg > 2:154426/1‑150 (MQ=255) ggTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGc < 2:321790/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAgg > 1:61361/1‑150 (MQ=255) gggTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCAACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTc < 1:325682/150‑1 (MQ=255) gTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCAt > 1:656435/1‑150 (MQ=255) aCCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAg < 2:985603/116‑1 (MQ=255) aCCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAg > 1:985603/1‑116 (MQ=255) ccGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGgc > 2:595010/1‑54 (MQ=255) ccGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGgc < 1:595010/54‑1 (MQ=255) ccGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCca < 1:833223/150‑1 (MQ=255) gCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCcagc < 2:1090870/150‑1 (MQ=255) tCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCcagcag > 2:704598/1‑150 (MQ=255) cATGCGCATTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGc < 1:907591/128‑1 (MQ=255) cATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGc > 2:907591/1‑128 (MQ=255) aTGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCCCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGc > 1:279789/1‑150 (MQ=255) ccGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCAGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTtgt < 1:1157319/150‑1 (MQ=255) gACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTTGTgg < 1:35866/150‑1 (MQ=255) aCTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGccc > 2:115371/1‑123 (MQ=255) aCTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGccc < 1:115371/123‑1 (MQ=255) ggCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTAc < 2:147484/48‑1 (MQ=255) ggCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTAc > 1:147484/1‑48 (MQ=255) gCAGGATTCGCTGCGGCACAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGc > 1:1016896/1‑108 (MQ=255) gCAGGATTCGCTGCGGCACAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGc < 2:1016896/108‑1 (MQ=255) ctggCTGCGCCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTTGTgg > 2:624390/4‑139 (MQ=255) ctggCTGCGCCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTTGTgg < 1:624390/136‑1 (MQ=255) ctggCTGCGCCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTTGTgg > 1:1122522/4‑139 (MQ=255) ctggCTGCGCCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTTGTgg < 2:1122522/136‑1 (MQ=255) cGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTTGTGGGACATCGATGccc < 2:61361/150‑1 (MQ=255) cGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCAGATGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTTGTGGGACATCGATGccc > 1:802077/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCg > 1:151767/1‑124 (MQ=255) gcgcAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCg < 2:151767/124‑1 (MQ=255) | TTCTTCACGCTTGGTAACCGCTTGCAGCAACGCCGTGATGGTGCCTCGGCAAAC‑GCCTTGCGCCAGCTCTATGACGGGCAGTGCGTGGGTATCCAGGGGTGGGAGTACCGCTCCCATGCGCAGTGGACCGACTGGCAGGATTCGCTGCGGCGCAGCCAGGCGCGGGTGCAGGCTGATCTACCCGAGCAGTATGTGCCGCTGTTCCGTCCACCTTATGGCCAGCGCCGGGCTGACGGCGAGGCGTTCATGGCCCGCCAGCAGTTGCGGGTATCGTTGTGGGACATCGATGCCC > NC_002947/1476587‑1476878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |