Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,488,065 | T→A | 16.3% | K89* (AAG→TAG) ‡ | degS ← | serine endoprotease DegS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,488,065 | 0 | T | A | 16.3% | 121.2 / 17.5 | 49 | K89* (AAG→TAG) ‡ | degS | serine endoprotease DegS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/21); new base A (4/4); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.51e-01 |
TTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGAAAACGCTG > NC_002947/1487920‑1488212 | ttgGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGTTTATCGCCTAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTtcgtg < 2:185540/150‑1 (MQ=255) gttCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTggtggt > 2:601199/3‑150 (MQ=255) agcagGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTAc < 2:90831/150‑1 (MQ=255) gTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTTTAGCAGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCAAGGTGGTGAACaaaag < 1:146595/150‑5 (MQ=255) aGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGAAGGTGAACGGCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTgg < 1:677388/150‑1 (MQ=255) ccTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTACACCACCAAGgtggtgaac > 2:309294/1‑137 (MQ=255) ccTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTACACCACCAAGGTGGTGAAc < 1:309294/140‑1 (MQ=255) ctctGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTACCGTCG‑TCGGCATG‑GTGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCAc > 2:635092/1‑150 (MQ=255) ttACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCa > 1:606933/1‑150 (MQ=255) tACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAg < 2:162375/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAgg < 1:897031/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAgg < 1:1133546/150‑1 (MQ=255) ccgAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCa > 2:716609/1‑150 (MQ=255) 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2:196687/1‑150 (MQ=255) caccacCAAGGTGGTGAACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCAcggcgtcgg < 2:43408/59‑1 (MQ=37) caccacCAAGGTGGTGAACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCAcggcgtcgg > 1:43408/1‑59 (MQ=38) accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAg > 2:293055/1‑110 (MQ=255) accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAg < 1:293055/110‑1 (MQ=255) accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGaaaa < 1:196687/150‑1 (MQ=255) ccaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCCGCCGGGGTCACGGCGTCGGCGTACGAAACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGaaaag > 2:20439/1‑149 (MQ=255) caccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGAAAACg > 1:1164587/1‑150 (MQ=255) caccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGAAAACg > 1:745921/1‑150 (MQ=255) cTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGAAAACGCTg < 2:1164587/150‑1 (MQ=255) | TTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGAAAACGCTG > NC_002947/1487920‑1488212 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |