| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,488,073 | T→A | 11.5% | Y86F (TAC→TTC) | degS ← | serine endoprotease DegS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,488,073 | 0 | T | A | 11.5% | 152.3 / 7.9 | 52 | Y86F (TAC→TTC) | degS | serine endoprotease DegS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/24); new base A (2/4); total (24/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGAAAACGCTGGATGA > NC_002947/1487926‑1488217 | agcagGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTAc < 2:90831/150‑1 (MQ=255) gTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTTTAGCAGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCAAGGTGGTGAACaaaag < 1:146595/150‑5 (MQ=255) aGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGAAGGTGAACGGCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTgg < 1:677388/150‑1 (MQ=255) 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1:1092306/1‑130 (MQ=255) tGTACACCACCAAGGTGGTGAACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCg > 1:320490/1‑150 (MQ=255) ttCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGa > 2:196687/1‑150 (MQ=255) caccacCAAGGTGGTGAACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCAcggcgtcgg > 1:43408/1‑59 (MQ=38) caccacCAAGGTGGTGAACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCAcggcgtcgg < 2:43408/59‑1 (MQ=37) accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAg < 1:293055/110‑1 (MQ=255) accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAg > 2:293055/1‑110 (MQ=255) accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGaaaa < 1:196687/150‑1 (MQ=255) 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AGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGT‑‑CTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGAAAACGCTGGATGA > NC_002947/1487926‑1488217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |