Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,497,841 | T→G | 19.5% | M141R (ATG→AGG) | PP_1310 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,497,841 | 0 | T | G | 19.5% | 75.8 / 14.7 | 42 | M141R (ATG→AGG) | PP_1310 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/16); new base G (4/4); total (21/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
GCAGCATGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGCAGAATGC > NC_002947/1497693‑1497989 | gcagcaTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATg < 2:624488/150‑1 (MQ=255) gcaTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGNANGCGTCGNGTTGCAGCACCTNTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATgngc < 1:775664/150‑1 (MQ=255) gcaTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATgcgc > 2:325401/1‑150 (MQ=255) aTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCAGgcgcat > 1:964818/1‑148 (MQ=255) cTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCGTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCAGCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCAGGCGCATGAcc < 2:950038/150‑1 (MQ=255) tGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGAccg > 2:610033/1‑150 (MQ=255) tGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCAGGCGCATGAccgccgg < 2:964818/150‑2 (MQ=255) aCCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGa < 1:415840/150‑1 (MQ=255) aCCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGa > 2:1014083/1‑150 (MQ=255) tGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCa > 2:1156381/1‑150 (MQ=255) aTGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCTATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCAcc > 1:284713/1‑150 (MQ=255) ggCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCgtg < 1:325401/150‑1 (MQ=255) ttCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCTATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGAt < 2:284713/150‑1 (MQ=255) gTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCAGGCGCATGAccgccgg > 1:488851/1‑94 (MQ=255) gTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCAGGCGCATGAccgccgg < 2:488851/95‑2 (MQ=255) ttGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAg > 1:437431/1‑150 (MQ=255) gCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGCCCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCGCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAgtc < 2:740298/150‑1 (MQ=255) caGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTcgc > 1:51196/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCgcgc < 1:1148935/150‑1 (MQ=255) tGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGa > 1:415180/1‑150 (MQ=255) aaaCTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAAt < 1:1040136/150‑1 (MQ=255) cTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCACGCTTCCGATCTCTGCGACTCGCCGGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGt < 1:870882/150‑1 (MQ=255) gTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGc > 2:405411/1‑150 (MQ=255) tCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGcc < 2:415180/150‑1 (MQ=255) ttGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTcg < 2:51196/150‑1 (MQ=255) agcaCCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTc < 1:610033/150‑1 (MQ=255) gcaCCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTcc > 2:242093/1‑150 (MQ=255) caCCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGAt > 1:552636/1‑96 (MQ=255) caCCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGAt < 2:552636/96‑1 (MQ=255) gTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGa < 1:1014083/150‑1 (MQ=255) ttCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAg > 1:490167/1‑150 (MQ=255) aTGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAgctg > 2:840508/1‑150 (MQ=255) cGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGaa > 1:6386/1‑150 (MQ=255) cggcggTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTgg < 1:1156381/150‑1 (MQ=255) ggcggTCAGGCGCATGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTcgc < 1:603397/125‑1 (MQ=255) ggcggTCAGGCGCATGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTcgc > 2:603397/1‑125 (MQ=255) ggcggTCAGGCGCATGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGc > 1:614892/1‑150 (MQ=255) gcggTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGa < 1:582033/134‑1 (MQ=255) gcggTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGa > 2:582033/1‑134 (MQ=255) tCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAgtcgtc > 2:270894/1‑80 (MQ=255) tCATGCCCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAgtcgtc < 1:270894/80‑1 (MQ=255) aTGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGCAGAATGc > 1:735103/1‑150 (MQ=255) | GCAGCATGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGCAGAATGC > NC_002947/1497693‑1497989 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |