| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 14,180 | T→A | 10.7% | L284Q (CTG→CAG) | gyrB → | DNA gyrase subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 14,180 | 0 | T | A | 10.7% | 167.1 / 9.4 | 56 | L284Q (CTG→CAG) | gyrB | DNA gyrase subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/27); new base A (3/3); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
GCCGGTCAACTCCCAGGTGTTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACCGCGATCATCTCGGTGAAGGTACCGGAC > NC_002947/14034‑14322 | gCCGGTCAACTCCCAGGTGTTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTCCCCACCtggt < 2:1204047/150‑1 (MQ=255)gCCGGTCAACTCCCAGGTGTTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCtggt > 1:1091857/1‑150 (MQ=255) aaCTCCCAGGTGTTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGTGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCAGGTGGGtacc < 1:1095034/150‑4 (MQ=255) aCTCCCAGGTGTTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTcc < 2:150838/150‑1 (MQ=255) cTCCCAGGTGTTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCg > 2:408988/1‑150 (MQ=255) cTCCCAGGTGTTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCATCAACGAAAACATCGCAG‑GCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCg < 1:1053039/150‑1 (MQ=255) ccAGGTGTTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTc > 1:419213/1‑150 (MQ=255) gtTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCt > 1:355501/1‑150 (MQ=255) ccACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGAc < 2:355501/150‑1 (MQ=255) cACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTTAcc > 2:722034/1‑150 (MQ=255) cACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGAcc < 1:679392/150‑1 (MQ=255) cAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAg > 2:230698/1‑150 (MQ=255) gTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCtt < 2:449930/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCtggtgg > 2:786090/1‑120 (MQ=255) ttCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCtggtgg < 1:786090/120‑1 (MQ=255) gCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAg < 1:230698/150‑1 (MQ=255) cGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGc < 2:1040611/150‑1 (MQ=255) gTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCt > 1:490018/1‑150 (MQ=255) gATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATc > 2:103505/1‑150 (MQ=255) ggCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAg > 2:637903/1‑150 (MQ=255) aaGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTgg > 1:956550/1‑150 (MQ=255) gTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACa > 1:912164/1‑124 (MQ=255) gTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACa < 2:912164/124‑1 (MQ=255) cGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCaa < 2:536884/150‑1 (MQ=255) tGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGACCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAg < 1:280989/150‑1 (MQ=255) aaCGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTg < 1:103505/150‑1 (MQ=255) aGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAAcc > 1:649199/1‑150 (MQ=255) ttCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTAAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACt > 1:781049/1‑150 (MQ=255) tCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTg < 2:522063/150‑1 (MQ=255) tCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTg < 2:681848/150‑1 (MQ=255) cAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTgg < 2:1091857/150‑1 (MQ=255) cGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGcga > 2:477224/1‑150 (MQ=255) cGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAACATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCTCCTGGTGGGTTT‑CGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCCTGGTCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGcgac < 1:937380/150‑1 (MQ=255) gtgCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGa > 1:86948/1‑150 (MQ=255) gCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAg < 1:637903/150‑1 (MQ=255) tttACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGc > 1:578711/1‑150 (MQ=255) aacaaTATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTg > 1:1096854/1‑96 (MQ=255) aacaaTATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTg < 2:1096854/96‑1 (MQ=255) aacaaTATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGa > 1:400096/1‑148 (MQ=255) aacaaTATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGa < 2:400096/148‑1 (MQ=255) aacaaTATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGAcc > 1:157165/1‑150 (MQ=255) acaaTATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACcg > 1:843715/1‑150 (MQ=255) atTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACCGCGatc < 1:746112/150‑1 (MQ=255) cGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCaagaa > 1:758965/1‑94 (MQ=255) cGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCaagaa < 2:758965/94‑1 (MQ=255) tGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGCCCGAGATCATCACTGTGaa < 2:649199/150‑1 (MQ=255) tGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACCGCGATCATCTCGGTGaa > 1:150392/1‑150 (MQ=255) tGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACCGCGATCATCTCGGTGaa < 1:255732/150‑1 (MQ=255) gATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACCGCGATCATCTCGGTGAAg < 2:843715/150‑1 (MQ=255) gATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACCGCGATCATCTCGGTGAAg < 1:477224/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAg < 2:252745/92‑1 (MQ=255) aTGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAg > 1:252745/1‑92 (MQ=255) cggaaaCCCACCAGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGc < 2:341314/117‑1 (MQ=255) cggaaaCCCACCAGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGc > 1:341314/6‑122 (MQ=255) ggaaaCCCACCAGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACt < 2:644135/96‑1 (MQ=255) ggaaaCCCACCAGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACt > 1:644135/5‑100 (MQ=255) gaaaCCCACCAGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACCGCGATCATCTCGGTGAAGGTACCg > 2:477718/4‑150 (MQ=255) tcccACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACCGCGATCATCTCGGTGAAGGTACCGGAc < 1:408988/149‑1 (MQ=255) aCCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCaagaa < 2:41305/77‑1 (MQ=255) aCCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCaagaa > 1:41305/1‑77 (MQ=255) tggtggGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAgaagaa > 1:23908/1‑73 (MQ=255) tggtggGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAgaagaa < 2:23908/73‑1 (MQ=255) | GCCGGTCAACTCCCAGGTGTTCCACTTCAACGTTCAGCGTGACGATGGCGTGGGTGTTGAAGTCGCCCTGCAATGGAACGACAGCTTCAACGAAAACCT‑GCTGTGCTTTACCAACAATATTCCGCAGCGTGATGGCGGTACCCACCTGGTGGGTTTCCGTTCCTCGCTGACCCGTAGCCTTAACAGCTACATCGAGCAGGAAGGCCTGGCCAAGAAGAACAAGGTGGCAACCACTGGCGACGACGCCCGTGAAGGCCTGACCGCGATCATCTCGGTGAAGGTACCGGAC > NC_002947/14034‑14322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |