| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,706,378 | T→G | 7.9% | M134R (ATG→AGG) | PP_1500 → | lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,706,378 | 0 | T | G | 7.9% | 136.2 / 2.7 | 52 | M134R (ATG→AGG) | PP_1500 | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/22); new base G (2/2); total (27/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
AACGGCGGTAACCTGCCAGGGCACCTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGGTGTTCGATGGTGT > NC_002947/1706230‑1706522 | aaCGGCGGTAACCTGCCAGGGCACCTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATg > 1:152320/1‑150 (MQ=255) ggTAACCTGCCAGGGCACCTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑Tgg < 2:637712/150‑1 (MQ=255) tAACCTGCCAGGGCACCTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACGCGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCt > 2:595355/1‑150 (MQ=255) aCCTGCCAGGGCACCTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTgc < 1:595355/150‑1 (MQ=255) tGCCAGGGCACCTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTgcagc > 1:1006139/1‑150 (MQ=255) aGGGCACCTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGgc > 2:363312/1‑150 (MQ=255) ggCACCTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGgcgc < 2:820160/150‑1 (MQ=255) cTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCTCCCGAg > 2:176254/1‑150 (MQ=255) cTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAg < 2:225134/150‑1 (MQ=255) gTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAgg > 2:772621/1‑150 (MQ=255) tGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGACGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTgg > 2:867375/1‑150 (MQ=255) ggAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCaa > 2:390323/1‑138 (MQ=255) ggAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCaa < 1:390323/138‑1 (MQ=255) gAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTActg > 2:667144/1‑150 (MQ=255) cAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCTCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTActgctg < 1:176254/150‑1 (MQ=255) aGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTgg < 1:1183454/150‑1 (MQ=255) aGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTgg > 2:42920/1‑150 (MQ=255) gggCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTggg < 1:42920/150‑1 (MQ=255) gggCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTggg < 2:517501/150‑1 (MQ=255) gTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAg > 1:1201278/1‑117 (MQ=255) gTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAg < 2:1201278/117‑1 (MQ=255) tgatgaTCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGACAGAGCCTGGGCg > 2:991320/1‑150 (MQ=255) gatgatCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTAACAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCgg > 2:370159/1‑150 (MQ=255) atgatCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGCCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGt > 1:181968/1‑150 (MQ=255) tCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCa < 2:421746/150‑1 (MQ=255) tCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTAACAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCa < 1:370159/150‑1 (MQ=255) aTTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAgg > 1:882988/1‑105 (MQ=255) aTTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAgg < 2:882988/105‑1 (MQ=255) aTTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTTCCATgg < 1:90483/150‑1 (MQ=255) aTTACCCCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATgg < 1:244873/150‑1 (MQ=255) ttACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGc < 1:667144/150‑1 (MQ=255) ttACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCACCAGATCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGc < 1:991320/150‑1 (MQ=255) gCTTGTCTCAGGGCAAGCCGAGCCTGCCGGATGTGTACCATGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGACCCGTGGCGGTGCCATGTCCATTCATTACCTgg > 2:379583/1‑150 (MQ=255) tGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTggcgg < 2:1006139/150‑1 (MQ=255) aGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCAcc > 2:905611/1‑150 (MQ=255) ccAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTg > 1:1117779/1‑88 (MQ=255) ccAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTg < 2:1117779/88‑1 (MQ=255) cGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGTGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCGATTCATTACCTGGCCGCCAAGCCATAGGAGCGACCGCGCt > 1:380445/1‑150 (MQ=255) tACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGcc < 2:680109/150‑1 (MQ=255) ccAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCt < 2:181968/150‑1 (MQ=255) cAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTg > 1:1127181/1‑150 (MQ=255) gACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTAAATGCCGCCCCCCCCCGAGCAGCGGCAGCGCTTCAGCGCCCTGgtg > 1:268823/1‑150 (MQ=255) aTTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGGTGTTc > 2:134799/1‑150 (MQ=255) ctgctgcAGCCAGGTCA‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCg < 2:309104/80‑1 (MQ=255) ctgctgcAGCCAGGTCA‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCg > 1:309104/2‑81 (MQ=255) ctgctgcAGCCA‑GGCCATGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGCCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGccc > 1:431148/2‑141 (MQ=255) ctgctgcAGCCA‑GGCCATGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGCCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGccc < 2:431148/140‑1 (MQ=255) tgctgcAGCCA‑GGCCATGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGGTGTTCGa > 2:609585/1‑150 (MQ=255) tgcAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCACCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGGTGTTCGATgg > 2:419319/1‑150 (MQ=255) tgcAGCCAGGCCA‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGGTGTTCGATgg > 2:970005/1‑150 (MQ=255) gcAGCCAGGCCA‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGGTGTTCGATGgt < 1:970005/150‑1 (MQ=255) aGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGGTGTTCGATGgtgt < 1:905611/150‑1 (MQ=255) tGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGgt > 1:486831/1‑133 (MQ=255) tGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGgt < 2:486831/133‑1 (MQ=255) | AACGGCGGTAACCTGCCAGGGCACCTGGGGGGTAGCTACTGGCTGCCGGAGCAGGGCTACCAGGTGCTGATGATCGATTACCGCGGCTATGGCTTGTCTCAGGGCCAGCCGAGCCTGCCGGAGGTGTACCAGGACATTGCTGCAGCCATGGCC‑TGGCTGCAGCAGGCGCCCGAGGTCAAGGGCAAGCCGCTGGTACTGCTGGGGCAGAGCCTGGGCGGTGCCATGGCCATTCATTACCTGGCGGCCCACCCCGAGCAGCGTCAGCGCTTCAGCGCCCTGGTGTTCGATGGTGT > NC_002947/1706230‑1706522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |