| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,813,442 | T→C | 10.5% | G293G (GGT→GGC) | frmA → | glutathione‑dependent formaldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,813,442 | 0 | T | C | 10.5% | 95.1 / 3.3 | 38 | G293G (GGT→GGC) | frmA | glutathione‑dependent formaldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/17); new base C (2/2); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
GCCCGATCCAGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGCTGGACACC > NC_002947/1813297‑1813586 | gccgcagccAGGAAGTTATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGACTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCg < 2:32872/143‑1 (MQ=255) cccGATCCAGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCgg > 2:817690/1‑150 (MQ=255) gATCCAGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCa < 1:186021/150‑1 (MQ=255) 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1:462595/150‑1 (MQ=255) cacaAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTg > 2:1195018/1‑150 (MQ=255) aaGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTg < 1:901396/75‑1 (MQ=255) aaGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTg > 2:901396/1‑75 (MQ=255) tGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTcc < 2:134763/150‑1 (MQ=255) gagTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGaaa < 2:1032082/150‑1 (MQ=255) agTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAg < 2:1034604/150‑1 (MQ=255) gTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGa > 2:227279/1‑125 (MQ=255) gTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGa < 1:227279/125‑1 (MQ=255) gTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGt > 2:243979/1‑78 (MQ=255) gTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGt < 1:243979/78‑1 (MQ=255) tcGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGc > 2:473263/1‑150 (MQ=255) gCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGCTGGACAcc > 1:1010522/1‑150 (MQ=255) | GCCCGATCCAGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGCGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGCTGGACACC > NC_002947/1813297‑1813586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |