Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,912,464 | C→T | 6.3% | R350R (CGG→CGA) | PP_1712 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,912,464 | 0 | C | T | 6.3% | 187.5 / 2.2 | 65 | R350R (CGG→CGA) | PP_1712 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/31); new base T (2/2); total (31/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
AGCGCACTGCCAGGTTGAAGTAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGACCAGTGGTGGCCCACCTCGCCGAAT > NC_002947/1912316‑1912605 | aGCGCACTGCCAGGTTGAAGTAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGcc < 1:715401/150‑1 (MQ=255) gcACTGCCAGGTTGAAGTAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGt > 1:1168020/1‑150 (MQ=255) tGCCAGGTTGAAGTAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTagag > 2:732714/1‑150 (MQ=255) ggcAGGTTGAAGTAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGCCTCACCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAgg > 2:600147/3‑150 (MQ=255) ccAGGTTGAAGTAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAggg > 1:1155080/1‑150 (MQ=255) aGGTTGAAGTAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGta > 1:440650/1‑149 (MQ=255) tGAAGTACAAGAACCCTCCGTACCCGTCAACCCCGCCCTTGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCGTCCAGACG‑TG‑TGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGtt < 1:1113813/150‑1 (MQ=255) tAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTg > 1:832135/1‑150 (MQ=255) tAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACACGAGAGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTg > 1:734588/1‑150 (MQ=255) aaaaGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGc < 1:598316/150‑1 (MQ=255) aaaGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCg > 2:86473/1‑150 (MQ=255) aaGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGcc < 2:775523/127‑1 (MQ=255) aaGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGcc > 1:775523/1‑127 (MQ=255) aaaCCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGAtcg > 2:1189521/1‑150 (MQ=255) accaccGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGAtcgtc < 1:86473/150‑1 (MQ=255) caccGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGAtcgtcgt < 2:804669/150‑1 (MQ=255) ccGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGag < 2:987276/150‑1 (MQ=255) tAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTg < 1:467088/150‑1 (MQ=255) aGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGc < 1:724501/150‑1 (MQ=255) 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atatGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGTCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGtcgatc < 1:507981/120‑1 (MQ=255) atatGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGTCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGtcgatc < 1:507922/120‑1 (MQ=255) atatGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGTCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGtcgatc > 2:507981/1‑120 (MQ=255) atatGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGTCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGtcgatc > 2:507922/1‑120 (MQ=255) atatGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGt < 2:832135/150‑1 (MQ=255) gggACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGgc < 2:540814/150‑1 (MQ=255) 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ggTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGt < 2:209782/150‑1 (MQ=255) ggTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGt < 1:173269/150‑1 (MQ=255) aaCTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGAc < 1:1189521/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGAc < 1:100475/147‑1 (MQ=255) tCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGAc > 2:100475/1‑147 (MQ=255) gcgGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGACCAgtg < 2:1155080/150‑1 (MQ=255) gggCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGA‑CAgtggt > 1:707887/1‑149 (MQ=255) gggCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGA‑CAgtggt < 2:707887/149‑1 (MQ=255) ggCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGagta < 2:594228/66‑1 (MQ=255) ggCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGagta > 1:594228/1‑66 (MQ=255) aGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGACCAGTGGTGGcc < 1:732714/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTg < 2:530753/88‑1 (MQ=255) gCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTg > 1:530753/1‑88 (MQ=255) gCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGACCAGTGGTGGCCCa > 2:286716/1‑150 (MQ=255) gCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGt < 1:155449/128‑1 (MQ=255) gCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGt > 2:155449/1‑128 (MQ=255) tAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCAATCGTAGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGACCAGTGGTGGCCCACCTCGCCGAAt < 2:862278/150‑1 (MQ=255) cAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATtga < 1:507322/104‑1 (MQ=255) cAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATtga > 2:507322/1‑104 (MQ=255) | AGCGCACTGCCAGGTTGAAGTAAAAGAAACCACCGTACCCGATTAGCCCCCCCTCGGTTTCTTCAATATGGGACCACCCG‑CC‑GTCGATGCCGAAACGCACTACCTGCCCCTGGTTGAACTCGCGGGCAGGCTCGCCAGCATAGTCCAGCCGGTAGAGGGTCGGTTGGCTGCGATCGTCGTCGATCGAGTAGTGCTGGCCGTACAACGTGATGCGTTGGCTGCTGTCTTCTACCGTGAAGCCGCTATTGATGATCCCTTCGTCTGACCAGTGGTGGCCCACCTCGCCGAAT > NC_002947/1912316‑1912605 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |