| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,968,296 | C→T | 6.8% | G189D (GGC→GAC) | gph ← | phosphoglycolate phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,968,296 | 0 | C | T | 6.8% | 169.6 / 2.7 | 59 | G189D (GGC→GAC) | gph | phosphoglycolate phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/26); new base T (2/2); total (31/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
CCCGCTCCTACAAAAGGGCGGTGCCCGGTCATCGGTCTGGGTTCAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCGGGTTTGCTGTTTTT > NC_002947/1968148‑1968444 | cccGCTCCTAGAAAAGGGCAGTGCCCGGTCGTCGGTATGGGTTTAATCACCGGACAGCTCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGcc < 2:74033/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACAAAAGGGCGGTGCCCGGTCATCGGTCTGGGTTCAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTa > 2:1092783/1‑150 (MQ=255) aCAAAAGGGCGGTGCCCGGTCATCGGTCTGGGTTCAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCGTATCGACGAGTATATCCCTAGCGCAc > 2:1163702/1‑150 (MQ=255) ccGGTCATCGGTCTGGGTTCAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGt < 2:215357/144‑1 (MQ=255) ccGGTCATCGGTCTGGGTTAAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGt > 1:215357/1‑144 (MQ=255) aTCGGTCTGGGTTCAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCcgc < 2:929807/150‑1 (MQ=255) ggTTCAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGAcc > 1:360167/1‑150 (MQ=255) gTTCAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCa < 1:189941/150‑1 (MQ=255) ttCAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAg > 2:857502/1‑150 (MQ=255) gCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTc > 2:1205225/1‑150 (MQ=255) aCCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGa > 2:1089127/1‑150 (MQ=255) gCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTc > 2:1144870/1‑150 (MQ=255) gCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTc > 1:724887/1‑150 (MQ=255) 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caccaccacGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGtt > 1:576759/1‑150 (MQ=255) caccaccacGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGtt < 1:1144548/150‑1 (MQ=255) caccaccacGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGtt > 2:697060/1‑150 (MQ=255) accacGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAgg < 2:360167/150‑1 (MQ=255) ccacGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGAc > 2:523587/1‑87 (MQ=255) ccacGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGAc < 1:523587/87‑1 (MQ=255) cacGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGt > 2:1006839/1‑150 (MQ=255) gTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCtt > 2:889544/1‑150 (MQ=255) tCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTg < 2:385494/150‑1 (MQ=255) cGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGc < 1:1089127/150‑1 (MQ=255) ggCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGTCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCa > 2:766993/1‑150 (MQ=255) 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gttgttGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGAt < 1:1006839/150‑1 (MQ=255) gttgGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAg > 2:201744/1‑150 (MQ=255) ggTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCa > 1:89594/1‑138 (MQ=255) ggTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCa < 2:89594/138‑1 (MQ=255) ttGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCg < 2:1169040/150‑1 (MQ=255) tctGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAg < 1:741470/74‑1 (MQ=255) tctGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAg > 2:741470/1‑74 (MQ=255) tctGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCg > 2:515590/1‑150 (MQ=255) tctGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCg > 1:274315/1‑150 (MQ=255) ggATGAATATAGTCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCg < 2:193578/147‑1 (MQ=255) ggATGAATATAGTCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCg > 1:193578/1‑147 (MQ=255) gATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCGGGtt > 2:458556/1‑150 (MQ=255) aTGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCGGGttt < 2:291004/150‑1 (MQ=255) tGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAg < 2:686549/104‑1 (MQ=255) tGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAg > 1:686549/1‑104 (MQ=255) aaTATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGGCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCGGGTTTGCt > 2:986986/1‑150 (MQ=255) aaTATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCGGGTTTGCt < 1:1092783/150‑1 (MQ=255) aaTATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGGCGGGtttaga > 1:67975/1‑147 (MQ=255) ataGTCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCGGGTTTGCTGtt < 1:766993/150‑1 (MQ=255) taGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCGGGTTTGCTGttt < 1:1144870/150‑1 (MQ=255) gCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCGGGTTTGCTGttttt > 1:724159/1‑150 (MQ=255) ccGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGcaca < 2:852026/81‑1 (MQ=255) ccGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGcaca > 1:852026/1‑81 (MQ=255) | CCCGCTCCTACAAAAGGGCGGTGCCCGGTCATCGGTCTGGGTTCAGCACCCGCACAGCGCGCTGTCGATCACTTTGCGCAGTTCCAGCGGGTGGTCCACCACCACGTCGGCACCCCAGTTGTTGGGGTTGTCCTCTGGATGAATATAGCCGTAGCGCACTGCTGCCGTGCGGGTACCCGCGTCGCGACCAGACTCGATGTCGCGCAGGTCGTCGCCAACGAACAGCACACTGGCCGGGTCCAGGTTCAGGGTCTTGCAGGCCAGGATCAGTGGCTCGGGGTCGGGTTTGCTGTTTTT > NC_002947/1968148‑1968444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |