Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,077,810 | A→G | 11.1% | H164R (CAC→CGC) | PP_1853 → | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,077,810 | 0 | A | G | 11.1% | 103.8 / 4.0 | 44 | H164R (CAC→CGC) | PP_1853 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/17); new base G (3/2); total (25/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 |
GGAATTCTTGCGCCGATACCCAGCGATTACCCCGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGC > NC_002947/2077661‑2077953 | ggAATTCTTGCGCCGATACCCAGCGATTACCCCGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTCCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCa > 2:1105951/1‑150 (MQ=255) tattGCGACGTCACCCAGAGTTTCCGCCGGCTTGGGCTTTCGACAACCGACAGGTCGAGCTGATCGGCCTGGGGTTCTATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCTATCTGCCGTCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCggg < 2:470779/148‑1 (MQ=255) ccGATACCCGGCGATTTCCCCGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTtggt < 2:936851/150‑1 (MQ=255) ccAGCGATTACCCCGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGgcggcg > 2:994958/1‑150 (MQ=255) ccAGCGATTACCCCGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGgcggcg > 1:740456/1‑150 (MQ=255) gATTACCCCGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGc > 2:501081/1‑150 (MQ=255) cccGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCTAGCCACCCCATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCt < 2:937701/150‑1 (MQ=255) cccGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCt > 2:888768/1‑150 (MQ=255) cccGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCt > 1:112296/1‑150 (MQ=255) gATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAg > 1:372253/1‑150 (MQ=255) ggCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCCGCAGCGGc < 1:731387/150‑1 (MQ=255) aTTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGTGCGCCggggtca > 2:68654/1‑114 (MQ=255) aTTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGTGCGCCggggtca < 1:68654/118‑5 (MQ=255) tttCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGTTGGTTTCGAACTGCCGGCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACATTGGTGCCCCGGGAGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCAcgc > 1:379013/1‑150 (MQ=255) tttCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGTAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCAcgc > 2:619429/1‑150 (MQ=255) tttCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCAcgc > 1:911543/1‑150 (MQ=255) cAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCGGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGaa > 2:101163/1‑149 (MQ=255) cGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGTCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATagaa < 2:740456/150‑1 (MQ=255) ccAGGTTGACATAATCGGCTCGTGCTTCGTTGCCGGGATGGGCCGTGGTTTCTAGCTGGCGCCGGGGGTTGTGGTGCGCGAGCTGACCACGGCGCAGCGGGTGTTGGTGGGGGCGCCGGCCTCTCTGCAGCGGCACGCGTCGATagaaga < 2:379013/150‑1 (MQ=255) 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aGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGTAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCt < 1:619429/150‑1 (MQ=255) gCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTg < 1:888768/150‑1 (MQ=255) ttGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTGGTGc > 1:1039732/1‑150 (MQ=255) tCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGa < 1:501081/150‑1 (MQ=255) aCTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAg < 2:64494/103‑1 (MQ=255) aCTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAg > 1:64494/1‑103 (MQ=255) tGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGa < 2:278880/87‑1 (MQ=255) tGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGa > 1:278880/1‑87 (MQ=255) gccgGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCGTGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGt < 2:269595/150‑1 (MQ=255) gggggTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACcgg < 1:763567/141‑1 (MQ=255) gggggTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACcgg > 2:763567/1‑141 (MQ=255) tggtggCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGACGCCGGCCTATCTGCAGCGGCAcgcg < 1:247802/71‑1 (MQ=255) tggtggCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGACGCCGGCCTATCTGCAGCGGCAcgcg > 2:247802/1‑71 (MQ=255) 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gACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCg < 2:112296/150‑1 (MQ=255) aCCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGt > 2:250510/1‑150 (MQ=255) cGGCGAACCGGGTGATGGTGGCGGCTCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGc > 2:923367/1‑150 (MQ=255) | GGAATTCTTGCGCCGATACCCAGCGATTACCCCGGATTGGCATTTCGACAACCGCCAGGTCGACCTGATCGGCCAGGGCTTCGATGCAGCGATTGGCGGTGGTTTCGAACTGCCGCCGGGGGTGGTGGCGCGCAAGCTGACCCCGGCGCACCGGGTGTTGGTGGCGGCGCCGGCCTATCTGCAGCGGCACGCGTCGATAGAAGACCCGCAGGCGCTGCAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGC > NC_002947/2077661‑2077953 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |