| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,134,314 | A→C | 11.4% | intergenic (‑37/+32) | PP_1892 ← / ← fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,134,314 | 0 | A | C | 11.4% | 87.5 / 4.4 | 35 | intergenic (‑37/+32) | PP_1892/fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/20); new base C (2/2); total (13/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
AGGAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTGCA > NC_002947/2134165‑2134461 | aGGAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGa < 2:756392/150‑1 (MQ=255) ttcttcTGGCATCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTTGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCg < 1:487236/150‑1 (MQ=255) tGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGttt > 1:24226/1‑147 (MQ=255) tGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGttt < 2:24226/147‑1 (MQ=255) gCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTcgc < 1:235918/150‑1 (MQ=255) tgctctgctTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCGCGGTTTCTCGCGAAgg < 1:947641/150‑1 (MQ=255) tctgctTCACCCAGCACCACCAGAATGGTGCGCACGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTTATATTCCGAGTATGGGTTGGCCATGTAATGAGTCCTCTGTATGTCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGTTc < 1:1179573/150‑1 (MQ=255) cccAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGCGTATAc > 2:1097810/1‑114 (MQ=255) cccAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGCGTATAc < 1:1097810/114‑1 (MQ=255) 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ggAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTgca < 2:637252/150‑1 (MQ=255) | AGGAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTGCA > NC_002947/2134165‑2134461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |