Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,154,103 | T→A | 7.3% | intergenic (+113/+97) | PP_1908 → / ← PP_1909 | putative Peptidase/septum formation protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,154,103 | 0 | T | A | 7.3% | 170.3 / 4.2 | 57 | intergenic (+113/+97) | PP_1908/PP_1909 | putative Peptidase/septum formation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/26); new base A (2/2); total (29/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.60e-01 |
GATGGGGTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGGTCAGCATATCCACCAGCCGAATCAGC > NC_002947/2153960‑2154251 | gATGGGGTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATGGCGCGCGGGCTAGCTCATCGATCAGAGTGCACAGCGGTATTTTGTAGGCGCGGGTTTACCcgc < 1:27114/150‑1 (MQ=255) gATGGGGTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCcgc > 1:1020298/1‑150 (MQ=255) gATGGGGTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCcgc > 2:1129887/1‑150 (MQ=255) gATGGGGTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCcgc < 1:1161775/150‑1 (MQ=255) gATGAGGTTCCAGGGTCCGCAGTTCCGTTGAGTTCATCTCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCcgc < 2:1164590/150‑1 (MQ=255) tGGGGTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGAATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGa > 2:83771/1‑150 (MQ=255) gTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCCCCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATAAGGGTGCCCAGCGGTATGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAg > 1:678174/1‑150 (MQ=255) gTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCTCGCGCTGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGAATGTTGTAGGAGAGGGTTTACCCGTGAATAg > 1:380116/1‑150 (MQ=255) gTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAg > 2:1047741/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTAAACCcgcgccta > 1:452421/1‑144 (MQ=255) ttCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTAAACCcgcgccta < 2:452421/148‑5 (MQ=255) ggggCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGa > 2:766431/1‑150 (MQ=255) gCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACct < 1:309330/150‑1 (MQ=255) cGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACctgc > 2:1147404/1‑150 (MQ=255) tGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGGCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCa < 1:1036531/150‑1 (MQ=255) gTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACctgct > 1:890803/1‑142 (MQ=255) gTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACctgct < 2:890803/142‑1 (MQ=255) tcgtcgCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGa < 1:1147404/150‑1 (MQ=255) tcgCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCg > 1:792452/1‑150 (MQ=255) ttCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCa < 1:338112/131‑1 (MQ=255) ttCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCa > 2:338112/1‑131 (MQ=255) tCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCAccc > 1:992653/1‑150 (MQ=255) ttGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTc > 2:813500/1‑150 (MQ=255) ttGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTc > 2:90151/1‑150 (MQ=255) tgtgGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTcc < 2:792452/150‑1 (MQ=255) tgtgGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTACAGCATCCCTGATCGTTCACCCTcc < 1:766431/150‑1 (MQ=255) gtgCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCa > 2:973303/1‑123 (MQ=255) gtgCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCa < 1:973303/123‑1 (MQ=255) cAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCt > 1:78091/1‑150 (MQ=255) aaGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTg < 1:1129887/150‑1 (MQ=255) gccgccCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCgg > 1:242427/1‑150 (MQ=255) cgcccgcGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGgc < 1:813500/150‑1 (MQ=255) ccgcGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATccc > 1:701435/1‑107 (MQ=255) ccgcGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATccc < 2:701435/107‑1 (MQ=255) aTCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCcca < 2:1020298/150‑1 (MQ=255) gcgcgcgGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTc > 1:175157/1‑102 (MQ=255) gcgcgcgGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTc < 2:175157/102‑1 (MQ=255) cgcgGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAgg < 1:1018368/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGACCGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAgg < 1:208750/150‑1 (MQ=255) cgctcATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGaa < 1:300608/150‑1 (MQ=255) cATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCATGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCAt < 2:476175/150‑1 (MQ=255) aTCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATc > 1:282796/1‑150 (MQ=255) tCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCa < 2:992653/150‑1 (MQ=255) ggTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCccttcc < 2:1187272/150‑1 (MQ=255) cAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGATTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGGTc > 2:728285/1‑150 (MQ=255) aGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCccttcctt < 1:1146506/145‑1 (MQ=255) aGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCccttcctt > 2:1146506/1‑145 (MQ=255) gTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGc < 1:453386/92‑1 (MQ=255) gTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGc > 2:453386/1‑92 (MQ=255) ttgtAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATc < 2:855649/57‑1 (MQ=255) ttgtAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATc > 1:855649/1‑57 (MQ=255) tgtAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGGTCAGCATATccac > 2:378209/1‑150 (MQ=255) ctattcgcgGGTAAACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGGTCAGCatat < 1:926894/140‑1 (MQ=255) ctattcgcgGGTAAACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGGTCAGCatat > 2:926894/6‑145 (MQ=255) ggCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGCTCAGCATATCCACCAGc < 2:678174/150‑1 (MQ=255) tcgcgGGTACACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGGTCAGCATATCCACCAGcc > 2:544304/2‑150 (MQ=255) cgcgGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGGTCAGCATATCCACCAGCCg > 1:207883/1‑150 (MQ=255) ttACCCGCGAATAGGCCGGCCCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCGTCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGGTCAGCATATCCACCAGCCGAATCAGc < 1:1047741/150‑1 (MQ=255) | GATGGGGTTCCAGGGGCCGCAGTTGCGTTGAGTTCGTCGCAGTTCTTGTGGTGCCTGGCAGATCAAGCGCCGCCCGCGCGGCGCATCGCGCGCGGGCTCGCTCATCGATCAGGGTGCCCAGCGGTATGTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCTGCTGTCCAGCATCCCTGATCGTTCACCCTCCCGGGCGGCGCTCGATCTGCCGGGCGCCCCAAATCCCCAGCCAGGTTACGGAACCATCACCCCTTCCTTGGTCAGCATATCCACCAGCCGAATCAGC > NC_002947/2153960‑2154251 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |