| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,298,647 | G→A | 10.1% | D506D (GAC→GAT) | sbcC ← | exonuclease subunit SbcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,298,647 | 0 | G | A | 10.1% | 121.3 / 3.6 | 47 | D506D (GAC→GAT) | sbcC | exonuclease subunit SbcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/20); new base A (3/2); total (24/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGCC > NC_002947/2298512‑2298796 | cagcaTGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGAtcggctcggc > 1:411669/1‑150 (MQ=255) ctgctgctgCCGTTCCCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTg < 2:207267/150‑1 (MQ=255) tgctgcCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAgg < 2:513067/123‑1 (MQ=255) tgctgcCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAgg > 1:513067/1‑123 (MQ=255) gTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCTTGCAACATGCCGCCGAGCAGATCGacc < 1:32497/122‑3 (MQ=255) gTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCt > 1:883181/1‑150 (MQ=255) gTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGATCGacc > 2:32497/1‑120 (MQ=255) ttCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTgg > 1:929714/1‑139 (MQ=255) ttCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTgg < 2:929714/139‑1 (MQ=255) gCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTCATCTTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGAATTATTTTGCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACgg < 1:937039/150‑1 (MQ=255) cATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTgg < 2:404478/141‑1 (MQ=255) cATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTgg > 1:404478/1‑141 (MQ=255) aTCCAGTTGCCGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTCACATTTCCTCTACGGCGCCCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGACGGGCAGGTCGATCTGCTCGGTCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGaa < 1:783739/150‑1 (MQ=255) gctgctGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAacaaca < 2:667525/150‑1 (MQ=255) cgccagcAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTc < 1:933835/145‑1 (MQ=255) cTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTc > 1:874943/1‑150 (MQ=255) cAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAgcg > 2:266420/1‑150 (MQ=255) gCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGaa > 1:946579/1‑111 (MQ=255) gCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGaa < 2:946579/111‑1 (MQ=255) tttCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGc < 1:705142/148‑1 (MQ=255) tttCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGc > 2:705142/1‑148 (MQ=255) tctACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCctggctg > 2:221301/1‑150 (MQ=255) ctACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCctggctgg < 1:90072/150‑1 (MQ=255) ctACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTACAACATGCACACAAGCAGATCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGTAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCctggctgg > 1:813164/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTggcctg > 1:423622/1‑150 (MQ=255) ctgTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAg > 2:728288/1‑150 (MQ=255) tgTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTc > 1:862182/1‑101 (MQ=255) tgTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTc < 2:862182/101‑1 (MQ=255) tgTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCCCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCGGCAgg > 2:1072920/1‑150 (MQ=255) tttGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGcc > 2:105809/1‑150 (MQ=255) gCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCggg < 2:883181/150‑1 (MQ=255) gCGGTTGTCCTGCAACAGGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCggg < 1:105809/150‑1 (MQ=255) ttGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTggcctg < 1:242964/131‑1 (MQ=255) ttGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTggcctg > 2:242964/1‑131 (MQ=255) cTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGc > 2:1205899/1‑60 (MQ=255) cTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGc < 1:1205899/60‑1 (MQ=255) cTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGaacaac < 2:233726/73‑1 (MQ=255) cTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGaacaac > 1:233726/1‑73 (MQ=255) cTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCt > 1:962656/1‑98 (MQ=255) cTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCt < 2:962656/98‑1 (MQ=255) gCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCctgg > 2:1120392/1‑116 (MQ=255) gCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCctgg < 1:1120392/116‑1 (MQ=255) cAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCg > 2:154063/1‑150 (MQ=255) tGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTCGACGGCTCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCt > 1:80783/1‑150 (MQ=255) gccgccGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCACGCCGCGTAGCTCTTCTCGGCCCtt < 2:411669/150‑1 (MQ=255) ccgccgAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTTGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTg < 2:874943/150‑1 (MQ=255) cgAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCa < 1:1088217/150‑1 (MQ=255) cgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGcc > 2:1193182/1‑124 (MQ=255) cgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGcc < 1:1193182/124‑1 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGcc > 1:235819/1‑150 (MQ=255) | CAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGCC > NC_002947/2298512‑2298796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |