Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,745,432 | C→G | 13.0% | V98L (GTA→CTA) | PP_2400 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,745,432 | 0 | C | G | 13.0% | 109.6 / 6.8 | 38 | V98L (GTA→CTA) | PP_2400 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/13); new base G (2/3); total (22/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
CTTGAGCAGCAGTGGCAGCAACGCCACCAGGTAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCCGCGGGCAGCAGGTTGAAGGGGAACGGGAAGCTGGACTGCA > NC_002947/2745289‑2745581 | cTTGAGCAGCAGTGGCAGCAACGCCACCAGGTAGATCAGCGGCAACTTTTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGt < 1:1086695/150‑1 (MQ=255) gcagcaACGCCACCAGGTAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAAc > 1:197884/1‑150 (MQ=255) agcaACGCCACCAGGTAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCACTGGCCCGGAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAAccc > 1:991129/1‑150 (MQ=255) caACGCCACCAGGTAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGAACGAACGGTCACCACCATCAAACCCaa < 1:766077/150‑1 (MQ=255) caccaGGTAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCTCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAatgattc > 2:442394/1‑148 (MQ=255) caccaGGTAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTAc < 2:485318/120‑1 (MQ=255) caccaGGTAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTAc > 1:485318/1‑120 (MQ=255) ccaGGTAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTcac < 2:1007545/127‑1 (MQ=255) ccaGGGAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTcac > 1:1007545/1‑127 (MQ=255) tCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTAc < 2:195307/150‑1 (MQ=255) aaCTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTc > 1:98637/1‑108 (MQ=255) aaCTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTc < 2:98637/108‑1 (MQ=255) ttGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGc > 1:847629/1‑150 (MQ=255) ttGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGc > 2:526432/1‑150 (MQ=255) aTTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAAcag < 1:967700/150‑1 (MQ=255) tGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAAcagca < 1:837830/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGt > 1:466786/1‑150 (MQ=255) ggTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTa < 1:643647/150‑1 (MQ=255) gTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAAc < 2:976931/129‑1 (MQ=255) gTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAAc > 1:976931/1‑129 (MQ=255) tGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCgg < 2:847629/150‑1 (MQ=255) gggCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGcc > 1:664103/1‑106 (MQ=255) gggCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGcc < 2:664103/106‑1 (MQ=255) ggCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTAGAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCATCAACGGCAGCAActggt > 1:1199623/1‑121 (MQ=255) ggCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTAGAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCATCAACGGCAGCAActggt < 2:896695/125‑5 (MQ=255) ggCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTAGAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCATCAACGGCAGCAActggt < 2:1199623/125‑5 (MQ=255) ggCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTAGAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCATCAACGGCAGCAActggt > 1:896695/1‑121 (MQ=255) gCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGc > 1:121451/1‑150 (MQ=255) cAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTg > 2:715277/1‑150 (MQ=255) gTTCCGCCAGGCCCGACAAGTGCGCCGGCCAGGGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACGAACAAACCCAATGAAGCCAGCCGGGGACACAGGCCCAGCAACAACAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCAGATCGAGAGCGGcc > 2:70428/1‑150 (MQ=255) atgCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGc < 2:466786/148‑1 (MQ=255) cGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCCGCGGGCAGCAGGtt > 1:954415/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCCGCGGGCAGCAGGTTGa > 1:460492/1‑150 (MQ=255) aGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAg > 1:1191166/1‑122 (MQ=255) aGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAg < 2:1191166/122‑1 (MQ=255) aGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCCGCGGGCAGCAGGTTGAAgg > 1:1037047/1‑150 (MQ=255) aCTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCCGCGGGCAGCAGGTTGAAGGGGAAc > 2:200124/1‑150 (MQ=255) tGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCCGCGGGCAGCAGGTTGAAGGGGAACgg > 2:244433/1‑150 (MQ=255) cTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCTGCCGTTTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCcgcg < 1:1113513/116‑1 (MQ=255) cTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCcgcg > 2:1113513/1‑116 (MQ=255) cAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGcc < 1:356808/83‑1 (MQ=255) cAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGcc > 2:356808/1‑83 (MQ=255) cAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCCGCGGGCAGCAGGTTGAAGGGGAACGGGAAGCTGGACTGCa < 2:460492/150‑1 (MQ=255) | CTTGAGCAGCAGTGGCAGCAACGCCACCAGGTAGATCAGCGGCAACTTGTAATTGCCGAAGCCCTGGTCGGTAATGGCATAGCCTTGGGCCAGTTCCGCCAGGCCCGACCAGTGCGCCGGCCAGTGCACTGCCACTATCGCTACAACGGTCACCACCATCAAACCCAATGATGCCAGCCGGGTACCCAGGCCCAGCAACAGCAGCAACGGCAGTACCAACTCGGCCCACATCGACAGCTGCCAGTTCAGCTCCGCGGGCAGCAGGTTGAAGGGGAACGGGAAGCTGGACTGCA > NC_002947/2745289‑2745581 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |