Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,759,076 | G→T | 9.5% | P44Q (CCG→CAG) | PP_2412 ← | ParA family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,759,076 | 0 | G | T | 9.5% | 125.5 / 2.8 | 42 | P44Q (CCG→CAG) | PP_2412 | ParA family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/19); new base T (2/2); total (21/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 |
TGTTGTAGCGGGTTTCGGTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAGGTC > NC_002947/2758930‑2759225 | tgttgtAGCGGGTTTCGGTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGggt > 1:1140176/1‑150 (MQ=255) gtAGCGGGTTCCGGTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAAACGGCGACCGGCTGGTCCTCGGGAAGTCGGCCATGCCGGTTGGAATCGTCACGCTATCCAGCTCCGTTTGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGggtcgag < 1:574643/150‑1 (MQ=255) tAGCGGGTTTCGGTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGggtcga > 1:651576/1‑148 (MQ=255) tAGCGGGTTTCGGTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGggtcga < 2:651576/148‑1 (MQ=255) ggTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTACCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCaa > 1:166762/1‑150 (MQ=255) gTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTCACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGTGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAg < 1:682584/150‑1 (MQ=255) ccACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGt < 1:798689/150‑1 (MQ=255) ccACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATGGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGt > 2:645333/1‑150 (MQ=255) gcgGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGcc < 1:460574/150‑1 (MQ=255) ttcttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCgg < 2:405968/138‑1 (MQ=255) ttcttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCgg > 1:405968/1‑138 (MQ=255) ttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCTGGTCGACCTCGACCCGCa > 2:671222/1‑127 (MQ=255) ttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCTGGTCGACCTCGACCCGCa < 1:671222/127‑1 (MQ=255) ttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGgcggcg > 2:781609/1‑150 (MQ=255) 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tGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGaaaa > 2:570158/1‑150 (MQ=255) tCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACcaca > 2:83702/1‑150 (MQ=255) gTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACacg > 1:169722/1‑150 (MQ=255) ttGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACacga > 1:1018199/1‑150 (MQ=255) gCCCGGTGATGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCTGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATga < 1:284341/150‑1 (MQ=255) gCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGggtcgag > 2:278004/1‑40 (MQ=255) gCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGggtcgag < 1:278004/40‑1 (MQ=255) gCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATga < 1:90315/150‑1 (MQ=255) ttcgAAGGTGGCATTGGCCTGCGAGTCGAGGGCGACTAGCAAGAGTGGATGGCCCTCGGCGGCGCTGTCAGCGGTGAGGTTGCAGGCTATGCTGGATTCGCCGACCCCACCTTTCTGGTTTAAAGCAACACGATCCATGAGAGGCTcgtt > 2:495444/4‑147 (MQ=255) gTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACacga > 1:729017/1‑133 (MQ=255) gTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACacga < 2:729017/133‑1 (MQ=255) tAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATcc > 1:470559/1‑150 (MQ=255) ggTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGaa > 2:429683/1‑150 (MQ=255) cATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGc > 1:854766/1‑90 (MQ=255) cATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGc < 2:854766/90‑1 (MQ=255) tGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTCCGCTCCCGCACCGATTCTCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCAAGTCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAAt < 1:570158/150‑1 (MQ=255) tGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAg > 2:733722/1‑150 (MQ=255) gggTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAGGTc > 2:392662/1‑150 (MQ=255) | TGTTGTAGCGGGTTTCGGTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAGGTC > NC_002947/2758930‑2759225 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |