Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,759,091 | A→C | 9.3% | L39R (CTG→CGG) | PP_2412 ← | ParA family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,759,091 | 0 | A | C | 9.3% | 117.4 / 2.6 | 43 | L39R (CTG→CGG) | PP_2412 | ParA family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/19); new base C (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
GGTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAGGTCGGGGTCAATCCTATG > NC_002947/2758946‑2759240 | ggTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTACCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCaa > 1:166762/1‑150 (MQ=255) gTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTCACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGTGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAg < 1:682584/150‑1 (MQ=255) ccACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGt < 1:798689/150‑1 (MQ=255) ccACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATGGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGt > 2:645333/1‑150 (MQ=255) gcgGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGcc < 1:460574/150‑1 (MQ=255) ttcttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCgg > 1:405968/1‑138 (MQ=255) ttcttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCgg < 2:405968/138‑1 (MQ=255) ttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCTGGTCGACCTCGACCCGCa < 1:671222/127‑1 (MQ=255) ttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCTGGTCGACCTCGACCCGCa > 2:671222/1‑127 (MQ=255) ttGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGgcggcg > 2:781609/1‑150 (MQ=255) cGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGtt < 2:1140176/150‑1 (MQ=255) aCAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTgtcga < 1:645333/150‑5 (MQ=255) aCAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAgg < 1:559174/150‑1 (MQ=255) ggTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCTGGTCGACCTCGACCCGCa < 1:198160/101‑1 (MQ=255) ggTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCTGGTCGACCTCGACCCGCa > 2:198160/1‑101 (MQ=255) ccGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTc < 1:781609/150‑1 (MQ=255) cGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGc < 1:204531/141‑1 (MQ=255) cGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGc > 2:204531/1‑141 (MQ=255) ggTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCGTTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGa < 1:701383/150‑1 (MQ=255) gTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGAt > 1:1176474/1‑150 (MQ=255) tGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGAtt < 2:1176474/150‑1 (MQ=255) tGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGaaaa > 2:570158/1‑150 (MQ=255) tCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACcaca > 2:83702/1‑150 (MQ=255) gTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACacg > 1:169722/1‑150 (MQ=255) ttGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACacga > 1:1018199/1‑150 (MQ=255) gCCCGGTGATGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCTGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATga < 1:284341/150‑1 (MQ=255) gCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATga < 1:90315/150‑1 (MQ=255) ttcgAAGGTGGCATTGGCCTGCGAGTCGAGGGCGACTAGCAAGAGTGGATGGCCCTCGGCGGCGCTGTCAGCGGTGAGGTTGCAGGCTATGCTGGATTCGCCGACCCCACCTTTCTGGTTTAAAGCAACACGATCCATGAGAGGCTcgtt > 2:495444/4‑147 (MQ=255) gTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACacga > 1:729017/1‑133 (MQ=255) gTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACacga < 2:729017/133‑1 (MQ=255) tAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATcc > 1:470559/1‑150 (MQ=255) ggTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGaa > 2:429683/1‑150 (MQ=255) cATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGc < 2:854766/90‑1 (MQ=255) cATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGc > 1:854766/1‑90 (MQ=255) tGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTCCGCTCCCGCACCGATTCTCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCAAGTCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAAt < 1:570158/150‑1 (MQ=255) ttgctggtcgacctcgaCCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTcc > 1:69767/6‑149 (MQ=255) tGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAg > 2:733722/1‑150 (MQ=255) gggTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAGGTc > 2:392662/1‑150 (MQ=255) gtcgaggtcgaCCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCa > 1:977366/1‑144 (MQ=255) gtcgaggtcgaCCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCa < 2:977366/144‑1 (MQ=255) tcgaggtcgaCCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACca < 2:63961/103‑1 (MQ=255) tcgaggtcgaCCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACca > 1:63961/1‑103 (MQ=255) cgaCCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAGGTCGGGGTCAATc < 1:961877/150‑1 (MQ=255) aGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAGGTCGGGGTCAATCCTATg > 1:457438/1‑150 (MQ=255) | GGTGATTGCCACGCGGTGCTTCTTGCCGGCGGCGGTAACCGGCGACAAGGTCTGGCGGAAGAAGTCGGCGATGCCGGGTGGAATGGTGTCGTTGACCAGCCCGGTGAGGTAGAAGGTGGCATTGGCCTGCGGGTCGAGGTCGACCAGCAAGGTTCGGTAGCCCTCGGCGGCGCTGGCAGCGGCGAGGTTGCAGGCGATGCTGGATTTGCCGACGCCACCTTTCTGATTGAAAACCACACGACGCATGAGACGCTCATCCATGAAGTAAAAATGTCAGGTCGGGGTCAATCCTATG > NC_002947/2758946‑2759240 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |