| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,788,320 | C→G | 14.7% | A200A (GCC→GCG) ‡ | ahpF → | alkyl hydroperoxide reductase subunit F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,788,320 | 0 | C | G | 14.7% | 105.5 / 12.4 | 41 | A200A (GCC→GCG) ‡ | ahpF | alkyl hydroperoxide reductase subunit F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/17); new base G (3/3); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
GTTGCCATCGACGGTGCGCTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCT > NC_002947/2788171‑2788466 | gTTGCCATCGACGGTGCGCTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGcgcc > 2:460877/1‑150 (MQ=255) ttGCCATCGACGGTGCGCTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGcgccc < 2:821798/150‑1 (MQ=255) ccATCGACGGTGCGCTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGcgcccgcc > 2:643207/1‑150 (MQ=255) cGGTGCGCTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGGGCGCCAgcgttg < 1:816286/150‑6 (MQ=255) cgcTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGagaaga < 2:1096077/150‑1 (MQ=255) gcTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGGGCGCCAgcgt > 1:906268/1‑139 (MQ=255) gcTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGGGCGCCAgcgt < 2:906268/142‑4 (MQ=255) gcTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGAt > 1:374515/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAAc < 1:648806/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCACCAGGCCGAGAAGATCAAc > 2:472412/1‑150 (MQ=255) ccAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGc > 1:916993/1‑150 (MQ=255) cAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGcc > 2:271945/1‑150 (MQ=255) aGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGGGCGCCAgcgtt < 2:1194297/135‑5 (MQ=255) aGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGGGCGCCAgcgtt > 1:1194297/1‑131 (MQ=255) aGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCa > 1:594814/1‑150 (MQ=255) ggACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCaa < 2:916993/150‑1 (MQ=255) ggACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCaa > 1:799189/1‑150 (MQ=255) gAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTTGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGaa > 2:950702/1‑150 (MQ=255) tCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGAc > 1:1069273/1‑150 (MQ=255) cAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCt < 1:271945/150‑1 (MQ=255) cAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCt < 1:325477/150‑1 (MQ=255) gATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTg < 2:531317/148‑1 (MQ=255) gATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTg > 1:531317/1‑148 (MQ=255) aTGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGgtcgtc > 1:496612/1‑150 (MQ=255) gAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCACCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGccc < 1:472412/150‑1 (MQ=255) tCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTAGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTg < 1:643207/150‑1 (MQ=255) tACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGgc < 2:905911/150‑1 (MQ=255) cAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAATATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGcgccga < 2:1069273/150‑2 (MQ=255) aGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGccc < 1:460877/150‑1 (MQ=255) gaagaaATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGACTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCAcc > 1:599875/1‑150 (MQ=255) agaaATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGCGCTACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCgg > 1:688399/1‑150 (MQ=255) agaaATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCgg > 2:813932/1‑150 (MQ=255) cAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATc < 1:437077/130‑1 (MQ=255) cAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATc > 2:437077/1‑130 (MQ=255) cAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑a < 2:19808/150‑1 (MQ=255) aGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑Agc < 2:103639/150‑1 (MQ=255) gATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑Agcg < 2:496612/150‑1 (MQ=255) aTCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑Agcgc > 2:954984/1‑150 (MQ=255) gACACCAACGCTTGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTc < 1:950702/150‑1 (MQ=255) gACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTc > 2:397000/1‑150 (MQ=255) gcgccAACGGTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTcg < 2:374515/147‑1 (MQ=255) cAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTGGCCGCCGAAGCGC‑Tcggcgg > 1:434576/1‑150 (MQ=255) ggccTGGCGGGCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGcc > 1:1019593/4‑150 (MQ=255) gcgcCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGc > 1:681597/1‑150 (MQ=255) cgcacgcaAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCt < 2:688399/150‑1 (MQ=255) | GTTGCCATCGACGGTGCGCTGTTCCAGGACGAAGTGGAATCGCGCAAGATCATGGCGGTACCGAGTATCTACCTCAACGGTGAGGTGTTTGGTCAGGGCCGTATGGGCCTGGAAGAAATCCTTGGCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCT > NC_002947/2788171‑2788466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |