| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,799,214 | A→G | 8.0% | intergenic (‑185/+31) | PP_2452 ← / ← ansB | hypothetical protein/glutaminase‑asparaginase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,799,214 | 0 | A | G | 8.0% | 142.5 / 2.9 | 50 | intergenic (‑185/+31) | PP_2452/ansB | hypothetical protein/glutaminase‑asparaginase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/23); new base G (2/2); total (25/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
TATTTCACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCG > NC_002947/2799065‑2799359 | tATTTCACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCaga < 2:486357/150‑1 (MQ=255) tttCACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGc > 1:4436/1‑150 (MQ=255) cACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCgg < 2:1200346/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGt > 1:641692/1‑98 (MQ=255) aaCGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCAc > 1:598393/1‑150 (MQ=255) cTCAGGGCCGGTGCGCCGGCTCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTc > 2:568366/1‑150 (MQ=255) cTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTc < 1:289952/150‑1 (MQ=255) tCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTg < 2:358711/59‑1 (MQ=255) tCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTg > 1:358711/1‑59 (MQ=255) tCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTAc > 2:427038/1‑95 (MQ=255) tCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTAc < 1:427038/95‑1 (MQ=255) tCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCg > 2:736241/1‑150 (MQ=255) | TATTTCACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCG > NC_002947/2799065‑2799359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |