Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,859,193 | T→C | 9.7% | C127C (TGT→TGC) ‡ | PP_2511 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,859,193 | 0 | T | C | 9.7% | 105.3 / 2.4 | 42 | C127C (TGT→TGC) ‡ | PP_2511 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/19); new base C (2/2); total (20/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
GTTGGCGTGCTGCCGATGTGGGCCTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGCGGCAAAAGCGATGCAGTACTTGTGCAAC > NC_002947/2859048‑2859333 | gTTGGCGTGCTGCCTATGTGGGCCTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACg > 2:724955/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGTGCTGCCGATGTGGGCCTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACg > 1:526450/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGCTGCCGATGTGGGCCTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGt < 1:1131651/150‑1 (MQ=255) tGGCGTGCTGCCGATGTGGGCCTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGt < 1:242306/150‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCCGATGTGGGCCTTTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTACAACGGTgc < 2:249139/150‑2 (MQ=255) gCGTGCTGCCGATGTGGGCCTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTga < 1:137953/150‑1 (MQ=255) tgcCGATGTGGGCCTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTc > 2:1034458/1‑150 (MQ=255) tgcCGATGTGGGCCTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTc < 2:364851/150‑1 (MQ=255) ccTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGCCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTAGAGGCTGTTCTGTCCAGAAAGACCACACGTGTCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACAt > 1:146710/1‑150 (MQ=255) ggTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTa < 2:15161/150‑1 (MQ=255) cgcgCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGcc < 2:526450/150‑1 (MQ=255) cgcCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGa < 1:1032988/150‑1 (MQ=255) cGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGaaa < 1:724955/150‑1 (MQ=255) tCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGCGCACTACCATGAAATCCTGATCGGt > 1:842030/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTg < 1:632982/150‑1 (MQ=255) gTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGGCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGCGCAGCGGTGGAACGGTGATGATTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGt < 1:146938/150‑1 (MQ=255) gTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTgagga < 2:1038504/86‑1 (MQ=255) gTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTgagga > 1:1038504/1‑86 (MQ=255) tttACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCa > 2:453697/1‑150 (MQ=255) aGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTAcc < 1:412717/111‑1 (MQ=255) aGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTAcc > 2:412717/1‑111 (MQ=255) ttCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGaaa > 1:1053520/1‑111 (MQ=255) ttCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGaaa < 2:1053520/111‑1 (MQ=255) aTTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGac > 2:122612/1‑150 (MQ=255) aTTGAGGCCAAACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGac > 1:790329/1‑150 (MQ=255) gCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACAccccc > 2:132590/1‑150 (MQ=255) cacaCTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGcc < 1:501231/79‑1 (MQ=255) cacaCTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGcc > 2:501231/1‑79 (MQ=255) acTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCg > 1:108808/1‑150 (MQ=255) ttGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTg > 2:1151365/1‑150 (MQ=255) tGGTCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGc < 2:146710/150‑1 (MQ=255) tACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGCGGCAAAAGc > 2:123544/1‑150 (MQ=255) acaTCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAATCCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGCGGCAAAAGCGATg < 2:842030/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGCGGCAAAAGCGATGCAGTACtt < 1:453697/150‑1 (MQ=255) tcctcACCGTTACAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCa > 2:484829/5‑92 (MQ=255) tcctcACCGTTACAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCa < 1:484829/88‑1 (MQ=255) tcctcACCGTTACAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGCGGCAAAAGCGATGCAGTACTTGTGc > 1:963979/5‑150 (MQ=255) gggCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAgg > 1:26915/1‑100 (MQ=255) gggCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAgg < 2:26915/100‑1 (MQ=255) gCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGCGGCAAAAGCGATGCAGTACTTGTGCAAc < 2:790329/150‑1 (MQ=255) cACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGc < 2:507288/121‑1 (MQ=255) cACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGc > 1:507288/1‑121 (MQ=255) | GTTGGCGTGCTGCCGATGTGGGCCTGTGGGTCGCGCCACTGGCTTGGCGTCCGCTACGTCCCCTGTTTTCGGTTCTTTACAGGCTGTTCTGTCGATTGAGGCCACACTTGGCCTGGCTACCACATCCCGATGGCGGGCACCGTTGTAACGGTGAGGAGTCCAAATGTCACATTCGTTAGCCGAGCACTACCATGAAATCCTGGTCGGTATTGGTGAAAACCCGCAGCGCGAAGGGCTTCTGGACACCCCCCGGCGTGCGGCAAAAGCGATGCAGTACTTGTGCAAC > NC_002947/2859048‑2859333 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |