| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 45,680 | C→G | 12.8% | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I ← / ← PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 45,680 | 0 | C | G | 12.8% | 134.2 / 12.1 | 47 | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I/PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/21); new base G (2/4); total (22/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
CTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATAGACCTGGC > NC_002947/45534‑45824 | cTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGc > 2:845862/1‑150 (MQ=255) gggTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTACGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCa > 1:767952/1‑150 (MQ=255) aaGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATACTAAATGCCAGGCAGTGCCTGGCAttttt < 1:31975/150‑3 (MQ=255) aaGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTAt > 2:1174505/1‑150 (MQ=255) aaGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTAt > 1:170728/1‑150 (MQ=255) ggCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCAGTGCCTGGCAtttttta < 1:861075/150‑5 (MQ=255) tCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGTTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGTGGTATCTGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATtc < 2:588642/150‑1 (MQ=255) ccAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATtct < 1:481980/150‑1 (MQ=255) cAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATtctc < 2:540789/150‑1 (MQ=255) 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> 1:614933/1‑150 (MQ=255) aGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATAGACCTGGc < 1:1174505/150‑1 (MQ=255) | CTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATAGACCTGGC > NC_002947/45534‑45824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |