| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,975,144 | A→G | 6.8% | Q40R (CAG→CGG) | ligC → | 4‑carboxy‑2‑hydroxymuconate‑6‑semialdehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,975,144 | 0 | A | G | 6.8% | 168.8 / 2.1 | 59 | Q40R (CAG→CGG) | ligC | 4‑carboxy‑2‑hydroxymuconate‑6‑semialdehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/28); new base G (2/2); total (29/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
TCATAACAACAATGACAAGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGATCGTCGCCAACCCCAACACCCTGCATGTCGCCACCGCCCTGGATTGTGTCGAGGCCGG > NC_002947/2974996‑2975288 | tCATAACAACAATGACAAGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAg < 2:782716/150‑1 (MQ=255) aTAACAACAATGACAAGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGc > 1:705927/1‑150 (MQ=255) aTAACAACAATGACAAGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGc > 2:159313/1‑150 (MQ=255) caacaaTGACAAGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAg > 1:599597/1‑150 (MQ=255) caacaaTGACAAGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAg > 2:280714/1‑150 (MQ=255) gACAAGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCg > 2:519459/1‑150 (MQ=255) cANGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCNTTCGTATTGCCTNGATTGGNGNCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTCGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCt > 1:609402/1‑150 (MQ=255) cAAGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCt < 1:519459/150‑1 (MQ=255) gagGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCTCGGCCTGCGGGCCggggtc > 1:1142657/1‑139 (MQ=255) gagGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCTCGGCCTGCGGGCCggggtc < 2:1142657/141‑6 (MQ=255) gagGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGcc > 2:447160/1‑150 (MQ=255) ggACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGa < 1:632108/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAAATGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTg > 1:440551/1‑150 (MQ=255) 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aTTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGaccac < 2:705927/150‑1 (MQ=255) cTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCa > 2:1063474/1‑150 (MQ=255) cgcCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGa < 2:931404/150‑1 (MQ=255) gcCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGa > 1:511740/1‑131 (MQ=255) gcCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGa < 2:511740/131‑1 (MQ=255) tcatGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTgc < 1:1063474/150‑1 (MQ=255) tcatGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTgc < 1:280714/150‑1 (MQ=255) catGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTgcg > 2:503734/1‑150 (MQ=255) cGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAg < 2:736259/150‑1 (MQ=255) gcagcaTTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGc > 1:396719/1‑150 (MQ=255) cagcaTTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCa < 2:1196499/150‑1 (MQ=255) gcaTTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGt > 2:625170/1‑150 (MQ=255) gcaTTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGt < 2:489046/150‑1 (MQ=255) ttACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGAt > 1:167012/1‑150 (MQ=255) tACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGAtc < 1:503734/150‑1 (MQ=255) tACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGAtc < 1:672211/150‑1 (MQ=255) 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aaTGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCttt > 1:564004/1‑87 (MQ=255) gCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGgtgt > 2:1200617/1‑69 (MQ=255) gCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGgtgt < 1:1200617/69‑1 (MQ=255) cAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGATCGTCGCCAACCCCAACACCCTGCAt < 1:853759/150‑1 (MQ=255) ccAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGc < 2:575700/114‑1 (MQ=255) ccAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGc > 1:575700/1‑114 (MQ=255) cTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGATCGTCGCCAACCCCAACACCCTGCATGTCGCCAcc < 1:167266/150‑1 (MQ=255) ggTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGATCGTCGCCAACCCCAACACCCTGCATGTCGCCACCGCCCTGGa > 1:503959/1‑150 (MQ=255) ccccGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGa > 1:884375/1‑98 (MQ=255) ccccGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGa < 2:884375/98‑1 (MQ=255) ctcGGCCTGCGGGCCGGGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGATCGTCGCCAACCCCAACACCCTGCATGTCGCCACCGCCCTGGATTGTGTCGAg > 2:745410/3‑150 (MQ=255) ctcGGCCTGCGGGCCGGGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGATCGTCGCCAACCCCAACACCCTGCATGTCGCCACCGCCCTGGATTGTGTCGAg < 1:745410/148‑1 (MQ=255) cccGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGATCGTCGCCAACCCCAACACCCTGCATGTCGCCACCGCCCTGGATTGTGTCGAg < 1:325203/150‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGATCGTCGCCAACCCCAACACCCTGCATGTCGCCACCGCCCTGGATTGTGTCGAGGCCgg < 2:219475/150‑1 (MQ=255) | TCATAACAACAATGACAAGAGGACAGGCTGTTGAACGCACCCCTTCGTATTGCCTTGATTGGCGCCGGCATCATGGGCCGGCAGCATTACCAGCACTTGCGCAATGTGCCGCAAGCCCAACTGTGTGCGGTAGCCGACCCCGGCCCGCAGGCCGAGGCCTTCGCTGCCGAGTGCGGTGTGCCATGCTTTGCCGACCACCGGCAAATGCTGGAGCAGGTGCGCCCCGAGGCAGTGATCGTCGCCAACCCCAACACCCTGCATGTCGCCACCGCCCTGGATTGTGTCGAGGCCGG > NC_002947/2974996‑2975288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |