Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,195,811 | A→T | 9.8% | L100Q (CTG→CAG) | dhaT ← | 1,3‑propanediol dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,195,811 | 0 | A | T | 9.8% | 143.9 / 7.2 | 51 | L100Q (CTG→CAG) | dhaT | 1,3‑propanediol dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/21); new base T (2/3); total (27/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 |
GTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGCCTGCTGCCTT > NC_002947/3195673‑3195959 | gTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATa > 1:211229/1‑150 (MQ=255) tCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATAc < 2:211229/150‑1 (MQ=255) cGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGACGTCGTGTGGGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCTGCTGGCCGtgggtggc < 2:286481/150‑8 (MQ=255) gggATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCTTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATAccc > 1:400290/1‑150 (MQ=255) gggATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATAccc < 2:587941/150‑1 (MQ=255) tGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGc > 1:992795/1‑150 (MQ=255) gacgaTGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCg > 2:195662/1‑150 (MQ=255) gggCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCAGATTTGCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAgcg > 1:146085/1‑150 (MQ=255) gCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCt < 2:976837/150‑1 (MQ=255) ggATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTggg > 1:250273/1‑150 (MQ=255) cATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGgtgt < 2:43389/150‑1 (MQ=255) tGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTgg < 1:188756/150‑1 (MQ=255) atacGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGAt < 1:709979/147‑1 (MQ=255) aaGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGAt < 2:532068/150‑1 (MQ=255) aaCGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGGCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGgtgt > 1:73510/1‑136 (MQ=255) aaCGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGgtgt < 2:73510/136‑1 (MQ=255) gACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGtgtg > 2:1175622/1‑134 (MQ=255) gACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGtgtg < 1:1175622/134‑1 (MQ=255) gACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTg < 1:195662/150‑1 (MQ=255) cccTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCcagca < 1:1137776/92‑1 (MQ=255) cccTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCcagca > 2:1137776/1‑92 (MQ=255) ccTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTgcgc < 2:250273/150‑1 (MQ=255) ccTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTgcgc > 2:33908/1‑150 (MQ=255) gTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGtt < 1:33908/150‑1 (MQ=255) tAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGa < 1:1069213/108‑1 (MQ=255) tAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTg > 2:607020/1‑150 (MQ=255) tAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATACATCGTGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGa > 2:1069213/1‑108 (MQ=255) aGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTgg > 2:1170440/1‑150 (MQ=255) ccTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGAt < 2:69550/105‑1 (MQ=255) ccTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGAt > 1:69550/1‑105 (MQ=255) cTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCTGCTGGCCGtgggt > 2:340577/1‑86 (MQ=255) cTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCTGCTGGCCGtgggt < 1:340577/90‑5 (MQ=255) cGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGa < 1:315570/150‑1 (MQ=255) aTACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATg > 1:782930/1‑150 (MQ=255) tACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGt > 1:836865/1‑150 (MQ=255) cGGCCGTCGTGGGTGAGCGGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGGCAGGAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTcc < 1:209081/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGAGGGATGGTCTTGATGTCCGc > 2:936488/1‑150 (MQ=255) agcagcAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAg < 1:607020/150‑1 (MQ=255) gcagcaGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAgg > 1:42981/1‑150 (MQ=255) ggCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATAc > 2:433379/1‑150 (MQ=255) gATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGAt > 1:104872/1‑120 (MQ=255) gATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGAt < 2:104872/120‑1 (MQ=255) atccatcGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGc < 1:433379/150‑1 (MQ=255) atcGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAg > 2:509090/1‑150 (MQ=255) tGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGt > 1:1119441/1‑150 (MQ=255) tcgacGGCCTGCTGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGa > 1:76391/4‑136 (MQ=255) tcgacGGCCTGCTGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGa < 2:76391/133‑1 (MQ=255) cccacGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAgg < 2:782930/150‑1 (MQ=255) ccacGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGc > 2:368446/1‑150 (MQ=255) ccacGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGc > 2:939313/1‑150 (MQ=255) cacGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGcc > 1:54750/1‑150 (MQ=255) cacGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGcc > 1:723742/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGCctgctg < 2:992795/150‑1 (MQ=255) agcagGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGCCTGCTGcc < 2:723742/150‑1 (MQ=255) cagGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGCctgctggaca < 2:50832/150‑5 (MQ=255) cagGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGCCTGCTGCCtt < 2:1119441/150‑1 (MQ=255) | GTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGCCAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGCCTGCTGCCTT > NC_002947/3195673‑3195959 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |