| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,215,713 | C→T | 8.3% | L529F (CTC→TTC) ‡ | mexD → | multidrug RND transporter MexD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,215,713 | 0 | C | T | 8.3% | 134.0 / 2.8 | 48 | L529F (CTC→TTC) ‡ | mexD | multidrug RND transporter MexD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/22); new base T (2/2); total (24/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
TCTCCGGCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCTTGGCTATAGCGTCGTGGATGTGCA > NC_002947/3215570‑3215855 | tctcCGGCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATAAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACa > 1:698101/1‑150 (MQ=255) tcCGGCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGACACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGc > 1:1151548/1‑150 (MQ=255) cGGCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGa > 2:527139/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACtggt < 1:882828/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACtggt < 2:1151548/150‑1 (MQ=255) tGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACtggtgg < 2:518335/150‑1 (MQ=255) ccTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAGAGGCCGGTATCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACg > 2:691520/1‑150 (MQ=255) cTTCACGCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCGCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTgccgg > 2:15996/1‑150 (MQ=255) cTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACtgg < 2:787892/137‑1 (MQ=255) cTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACtgg > 1:787892/1‑137 (MQ=255) ttCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTgccggc < 1:537990/150‑1 (MQ=255) ttCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTACAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTgccggc > 1:811265/1‑150 (MQ=255) ccccGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCt < 1:851001/150‑1 (MQ=255) ccccGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCt < 1:656568/150‑1 (MQ=255) cccGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCgctgct < 2:685841/117‑1 (MQ=255) cccGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCgctgct > 1:685841/1‑117 (MQ=255) cccGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTc < 2:1070627/118‑1 (MQ=255) cccGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTc > 1:1070627/1‑118 (MQ=255) cccGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTg > 1:1044798/1‑150 (MQ=255) cTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATAAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTg < 2:698101/150‑1 (MQ=255) cACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTAtgt < 1:229609/150‑1 (MQ=255) aaGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTc < 1:1174779/93‑1 (MQ=255) aaGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTc > 2:1174779/1‑93 (MQ=255) cccATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTgg < 1:527139/150‑1 (MQ=255) cccATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTgg > 1:461844/1‑150 (MQ=255) caccaTGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGTTGAGCAGCGaata < 1:830918/86‑3 (MQ=255) caccaTGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGTTGAGCAGCGaata > 2:830918/1‑84 (MQ=255) tGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCt > 1:1103922/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTg > 1:712753/1‑150 (MQ=255) gTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACa > 2:960699/1‑63 (MQ=255) gTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACa < 1:960699/63‑1 (MQ=255) tcttcGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAgg > 2:593656/1‑150 (MQ=255) gcCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCtgg > 2:1033306/1‑106 (MQ=255) gcCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCtgg < 1:1033306/106‑1 (MQ=255) ttCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTgccg > 1:384305/1‑150 (MQ=255) ttCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCCGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTgccg > 2:783696/1‑150 (MQ=255) aaCCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGAATTTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTgcgggcc > 1:253519/1‑150 (MQ=255) cGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAg < 2:556083/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCtt > 1:1189805/1‑150 (MQ=255) tCGCCCTTGTAACCTAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCAAACTGGTGGCACCGGCCGGCCGCTGGATTCTGACCTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGTTCTTCCTACCTGCGCGTGCCGTGGGTCTTCGTGCCTGCTTAGGACCttt < 2:1103922/150‑2 (MQ=255) cGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCTTgg < 1:1198165/150‑1 (MQ=255) cGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCCGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCTTgg < 1:783696/150‑1 (MQ=255) cGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCTTGGCTATAGcgtcgt < 2:461844/150‑1 (MQ=255) cGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCTTGGCTATAGCGTCGTGGAt < 1:691520/150‑1 (MQ=255) gCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTGTGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTAt > 2:133654/1‑86 (MQ=255) gCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTGTGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTAt < 1:133654/86‑1 (MQ=255) cTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCTTGGCTATAGCGTCGTGGAtgt < 1:15996/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGTTGAGCAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTgccg > 2:250040/1‑115 (MQ=255) ttCGCTGTTGAGCAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTgccg < 1:250040/115‑1 (MQ=255) ttCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCTTGGCTATAGCGTCGTGGATGTGCa > 1:742238/1‑150 (MQ=255) | TCTCCGGCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCTTGGCTATAGCGTCGTGGATGTGCA > NC_002947/3215570‑3215855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |