| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,228,340 | A→G | 14.3% | H379R (CAC→CGC) ‡ | PP_2828 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,228,340 | 0 | A | G | 14.3% | 77.5 / 6.7 | 35 | H379R (CAC→CGC) ‡ | PP_2828 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/11); new base G (3/2); total (22/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
AGCAAGCAGCGTGACGCCGTGCCGTTGCTATTTGGCAAAGCCTACGGCATCAACCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGCGGCAAATTTATGATGGGCAGTTGCCGTTGGCGG > NC_002947/3228207‑3228489 | agcaagcaGCGTGACGCCGTGCCGTTGCTATTTGGCAAAGCCTACGGCATCAACCAGGCTCAACTGGTGTACCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACAgggtggtg > 2:97923/1‑150 (MQ=255) agcGTGACGCCGTGCCGTTGCTATTTGGCAAAGCCTACGGCATCAACCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGc < 1:318803/150‑1 (MQ=255) gACGCCGTGCCGTTGCTATTTGGCAAAGCCTACGGCATCAACCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTAc < 1:185165/150‑1 (MQ=255) gACGCCGTGCCGTTGCTATTTGGCAAAGCCTACGGCATCAACCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTAc > 2:185165/1‑150 (MQ=255) tGCTATTTGGCAAAGCCTACGGCATCAACCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCt < 1:846021/150‑1 (MQ=255) tttGGCAAAGCCTACGGCATCAACCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCaa < 2:92930/150‑1 (MQ=255) gCAAAGCCTACGGCATCAACCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCa > 2:1207366/1‑150 (MQ=255) tACGGCATCAACCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGTGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGGGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCGAGGGAAACCGTGc > 1:412710/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAg > 1:172769/1‑150 (MQ=255) gCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCGTGCCGACact > 2:499103/1‑85 (MQ=255) gCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCGTGCCGACact < 1:499103/87‑3 (MQ=255) aaCTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCct > 2:442402/1‑150 (MQ=255) tGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCctggc > 1:982280/1‑150 (MQ=255) gtgCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCTTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGt < 1:882746/150‑1 (MQ=255) caggcaggGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGcc < 1:908763/144‑1 (MQ=255) caggcaggGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGcc > 2:908763/1‑144 (MQ=255) aggcaggGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGAAAATGTGTTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTgggg > 1:336607/1‑150 (MQ=255) ggcaggGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGc > 1:855936/1‑150 (MQ=255) ggAAAAACCGCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGc > 2:650012/1‑150 (MQ=255) gAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGCg > 1:552887/1‑150 (MQ=255) ccTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGt > 1:474451/1‑111 (MQ=255) ccTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGt < 2:474451/111‑1 (MQ=255) 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atgtCGGCGTGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGCGGCAAATTTATGATGGGCAGTTGcc < 1:601794/149‑1 (MQ=255) tCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGCGGCAAATTTATGATGGGCAGTTGCCGtt > 2:477553/1‑150 (MQ=255) gCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGCGGCaaa > 2:1008948/1‑125 (MQ=255) gCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGCGGCaaa < 1:1008948/125‑1 (MQ=255) gCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGCGGCAAAttt < 1:214570/128‑1 (MQ=255) gCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGAGGCAAAttt > 2:214570/1‑128 (MQ=255) aCGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCCGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGCGGCAAATTTATGATGGGCAGTTGCCGTTGGCgg > 2:294753/1‑150 (MQ=255) | AGCAAGCAGCGTGACGCCGTGCCGTTGCTATTTGGCAAAGCCTACGGCATCAACCAGGCCCAACTGGTGTGCCTGCTGTTCAGCCCGTTTGCCAGGCAGGGGAAAAACCTCGAGCGGTTCTTGCAGTGTCGGCACGCCGACATGGTGGTGGCGTTGCCGTACCTGCACAGGGCCTTGCAAGGCAAACCCTGCCCCGATGCAGTCAAAGCCTGGCTGGTGAATACCAGTGGCTTGCCGTTGGGGCAACTGCGGCAAATTTATGATGGGCAGTTGCCGTTGGCGG > NC_002947/3228207‑3228489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |