| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,287,319 | T→C | 13.8% | intergenic (+17/+24) | PP_2889 → / ← xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,287,319 | 0 | T | C | 13.8% | 62.5 / 3.8 | 29 | intergenic (+17/+24) | PP_2889/xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/10); new base C (2/2); total (17/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
GCAGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATGCG > NC_002947/3287176‑3287468 | gCAGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTGTGGGGTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCaaga > 1:368609/1‑147 (MQ=255) ggcggggtGGAGGCGGGGTACTGGTCGCAGGGGGTTTATAGTTTTGCCGTGGGCAGGGGGGGGGGGGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCAcc < 2:884238/143‑1 (MQ=255) gcgGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAAc > 1:66365/1‑150 (MQ=255) gTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTccagccag > 1:741944/1‑150 (MQ=255) cTTTTCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGAc > 1:522677/1‑150 (MQ=255) tttGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAGCTAGTTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACg > 1:63111/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCtttt > 2:812085/1‑150 (MQ=255) ggTAAGGGCGGCGGCCGATCTGCGAGGGAGAGGGGGGGGGGGGGCGTTAAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTcc < 2:63111/150‑1 (MQ=255) gCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCAt < 2:816282/112‑1 (MQ=255) gCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCAt > 1:816282/1‑112 (MQ=255) ggggTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATccc > 1:599068/1‑124 (MQ=255) ggggTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATccc < 2:599068/124‑1 (MQ=255) gggTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGcc > 2:1011591/1‑61 (MQ=255) gggTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGcc < 1:1011591/61‑1 (MQ=255) gtGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTTCACCTGGGGCCCGTCACCCTAATCCGCCCGTTCCCAGCCATATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCa < 1:812085/149‑1 (MQ=255) ggTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTCCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAg > 1:738718/1‑150 (MQ=255) ttGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCACTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCtgtg > 1:591150/1‑150 (MQ=255) tgGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGAt < 2:377993/58‑1 (MQ=255) tgGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGAt > 1:377993/1‑58 (MQ=255) gCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCa < 1:755624/150‑1 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGgcg < 1:827678/59‑1 (MQ=255) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTccagc > 2:490713/1‑49 (MQ=25) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTccagc < 1:490713/49‑1 (MQ=25) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCtt > 2:202256/1‑114 (MQ=255) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCtt < 1:202256/114‑1 (MQ=255) accAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGgcg > 2:827678/2‑59 (MQ=255) ccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCAt > 2:1171155/1‑143 (MQ=255) ccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCAt < 1:1171155/143‑1 (MQ=255) ccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAgg > 2:345500/1‑150 (MQ=255) tgtgCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTGTTCCATCCCGCGCAGCTCATATTCCACGCCCACTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATg < 2:591150/150‑1 (MQ=255) tgCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCGTAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAgg > 1:850123/1‑142 (MQ=255) tgCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCGTAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAgg < 2:850123/142‑1 (MQ=255) tgCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATgcg > 2:1063905/1‑150 (MQ=255) | GCAGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATGCG > NC_002947/3287176‑3287468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |