| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,333,397 | G→A | 11.8% | P151L (CCG→CTG) | PP_2931 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,333,397 | 0 | G | A | 11.8% | 129.9 / 8.8 | 51 | P151L (CCG→CTG) | PP_2931 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/24); new base A (3/3); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
GCTCCTGCATGACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGT > NC_002947/3333254‑3333541 | gcTCCTACATGACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCa < 1:595245/150‑1 (MQ=255) tGCATGACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAgctgc > 1:153045/1‑150 (MQ=255) gcgcACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGaaa < 1:430628/150‑1 (MQ=255) cgcACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAg < 1:414408/150‑1 (MQ=255) gACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGTTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGgcagc < 1:22660/150‑1 (MQ=255) ccTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGctgctg > 1:964969/1‑130 (MQ=255) ccTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGctgctg < 2:964969/130‑1 (MQ=255) cTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCAGCTGTAGCCGCTggg > 1:533979/1‑130 (MQ=255) cTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCAGCTGTAGCCGCTggg < 2:533979/131‑2 (MQ=255) tCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGCCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCACGCCGGTGACgc > 2:570387/1‑149 (MQ=255) tCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGaaa < 2:814056/118‑1 (MQ=255) tCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGaaa > 1:814056/1‑118 (MQ=255) ccGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGgt > 2:1005060/1‑150 (MQ=255) gCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGgca > 1:498631/1‑125 (MQ=255) gCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGgca < 2:498631/125‑1 (MQ=255) ccccTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGtt > 2:1177926/1‑150 (MQ=255) cccTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTg < 2:961606/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGAc < 1:1027404/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGAc > 2:761281/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTACATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGc > 2:870938/1‑150 (MQ=255) gcgctgcAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGG‑CCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTg > 1:417600/1‑150 (MQ=255) ggcggcCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGGCGCACAGGCTGGCGAAcag < 1:941520/150‑3 (MQ=255) gcggcCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGG‑CCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGt < 2:417600/150‑1 (MQ=255) cTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGcc > 1:543294/1‑150 (MQ=255) tGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCg > 2:650594/1‑150 (MQ=255) gCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGctgctg > 1:761381/1‑69 (MQ=255) gCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGctgctg < 2:761381/69‑1 (MQ=255) atcaGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAg > 2:661162/1‑150 (MQ=255) gcagcTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCAGCTGCAGCCGCTgggg < 1:927835/64‑3 (MQ=37) gcagcTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCAGCTGCAGCCGCTgggg < 1:326169/64‑3 (MQ=37) gcagcTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCAGCTGCAGCCGCTgggg > 2:927835/1‑62 (MQ=37) gcagcTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCAGCTGCAGCCGCTgggg > 2:326169/1‑62 (MQ=37) gcTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCg < 2:543294/150‑1 (MQ=255) gCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGt > 1:722232/1‑150 (MQ=255) cAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTAACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTa < 1:699200/150‑1 (MQ=255) ggTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGc < 2:153045/150‑1 (MQ=255) cGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGTTAGATCAGCTTCAGGGCAGCAGCCATGCCGGTGAAGCCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGc < 1:570387/150‑1 (MQ=255) gTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGgt < 1:1109053/78‑1 (MQ=255) gTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGgt > 2:1109053/1‑78 (MQ=255) gTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCg < 1:836678/150‑1 (MQ=255) aCCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTc < 2:381568/113‑1 (MQ=255) aCCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTc > 1:381568/1‑113 (MQ=255) cGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCttt > 2:925930/1‑150 (MQ=255) gCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGaa < 1:642224/83‑1 (MQ=255) gCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGaa > 2:642224/1‑83 (MQ=255) gCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTg < 1:761281/150‑1 (MQ=255) ccccAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTggg < 2:451229/150‑1 (MQ=255) ccccAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTggg > 2:303357/1‑150 (MQ=255) ccccAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTggg < 2:722232/150‑1 (MQ=255) ccccAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTggg < 1:1005060/150‑1 (MQ=255) ccAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGt > 1:952702/1‑150 (MQ=255) | GCTCCTGCATGACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGT > NC_002947/3333254‑3333541 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |