| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,705,109 | G→T | 10.2% | A312A (GCC→GCA) | paaZ ← | bifunctional oxepin‑CoA hydrolase/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA semialdehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,705,109 | 0 | G | T | 10.2% | 112.1 / 2.6 | 39 | A312A (GCC→GCA) | paaZ | bifunctional oxepin‑CoA hydrolase/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA semialdehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/15); new base T (2/2); total (22/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
AGCTGGTCACAACTCTGCAGCAGGCTGCGCACCCGCTCGCCGACATCGCGCTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGTCCGGACTCACGTCCGGGCCGAGGATGG > NC_002947/3704960‑3705251 | aGCTGGTCACAACTCTGCAGCAGGCTGCGCACCCGCTCGCCGACATCGCGCTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACg > 1:356134/1‑150 (MQ=255) aaCTCTGCAGCAGGCTGCGCACCCGCTCGCCGACATCGCGCTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGt < 1:1207300/150‑1 (MQ=255) tctGCAGCAGGCTGCGCACCCGCTCGCCGACATCGCGCTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCCTCCAGGTGcc > 2:396388/1‑150 (MQ=255) cgcACCCGCTCGCCGACATCGCGCTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATc < 1:740389/150‑1 (MQ=255) ccGCTCGCCGACATCGCGCTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACg > 2:651851/1‑150 (MQ=255) cGACATCGCGCTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATgg > 1:766273/1‑150 (MQ=255) aTCGCGCTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGt < 2:766273/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCa > 1:1046514/1‑150 (MQ=255) gctgGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCt < 1:802472/150‑1 (MQ=255) gggAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGt < 2:807217/143‑1 (MQ=255) gggAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGt > 1:807217/1‑143 (MQ=255) aGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAg < 1:651851/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTgg > 2:227439/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGt > 2:990774/1‑150 (MQ=255) cccATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGGCATTTCa < 2:356134/150‑1 (MQ=255) ccATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCAc < 1:227439/150‑1 (MQ=255) ccATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGACAGTACGATCGCACGGCGTATGGCTGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCAc > 1:1104031/1‑150 (MQ=255) tGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCGCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGCGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGca < 1:389649/150‑1 (MQ=255) gcACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGcacca > 1:221019/1‑150 (MQ=255) aaGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGAt > 1:970869/1‑150 (MQ=255) aGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATg < 2:1046514/150‑1 (MQ=255) gCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGt > 2:330900/1‑150 (MQ=255) ccAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAAc > 1:927408/1‑150 (MQ=255) ccAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAAc > 2:304657/1‑150 (MQ=255) ccACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGAt < 2:59747/133‑1 (MQ=255) ccACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGAt > 1:59747/1‑133 (MQ=255) ccTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGt > 1:569477/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGTCCgg > 1:422798/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGTCCgg > 1:304395/1‑150 (MQ=255) cgcAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCATGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACTGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGTCCGGa < 1:515353/148‑1 (MQ=255) cAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCt > 1:727169/1‑141 (MQ=255) cAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCt < 2:727169/141‑1 (MQ=255) aGGCGCTTGCGCAGGCGTGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCTGTGCACTTCTATACGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCCCCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGTCCGGACTc < 1:990774/150‑1 (MQ=255) tCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGGTCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGTCCGGACTCACGTcc > 2:161952/1‑150 (MQ=255) tCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGTCCGGACTCACGTcc > 2:108166/1‑150 (MQ=255) gTGGCAACTGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCaaa < 1:888157/113‑1 (MQ=255) gTGGCAACTGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCaaa > 2:888055/1‑113 (MQ=255) gTGGCAACTGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCaaa > 2:888157/1‑113 (MQ=255) gTGGCAACTGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCaaa < 1:888055/113‑1 (MQ=255) tGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGTCCGGACTCACGTCCGGGCCGAGGATgg < 2:809991/150‑1 (MQ=255) | AGCTGGTCACAACTCTGCAGCAGGCTGCGCACCCGCTCGCCGACATCGCGCTGCTGGTCATGGGAGGCCAGGGCGCCCATGCGCACACCTTCAAGCGACGGGTCGCCAACCACGACCTTGCTCAGGCGCTCGCGCAGGCGGGTGGCAACGGCATCCAGGTGCCTGGCCGGGACGATCGCACGGCGTATGGCGGTGCACTTCTGTCCGGCTTTAGTGGTCATTTCACGCACCACTTCCTTGATGTACAGGTCAAACTCTTCGCTGTCCGGACTCACGTCCGGGCCGAGGATGG > NC_002947/3704960‑3705251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |