Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,774,290 | C→G | 12.8% | A317G (GCC→GGC) | PP_5743 → | TonB‑dependent receptor protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,774,290 | 0 | C | G | 12.8% | 110.4 / 9.1 | 39 | A317G (GCC→GGC) | PP_5743 | TonB‑dependent receptor protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/19); new base G (3/2); total (18/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 |
AACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCA > NC_002947/3774147‑3774430 | aaCGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGGCAGCCt > 2:700393/1‑150 (MQ=255) gCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGGCAGCCTGac < 1:700393/150‑2 (MQ=255) gATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATCTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTTGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCAt < 1:777103/150‑1 (MQ=255) aTGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGAACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATg < 2:394002/150‑1 (MQ=255) ggtggtGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGCCAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAg > 1:219787/1‑150 (MQ=255) gtggtgCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGGCAGCCTGacgg < 2:217825/120‑4 (MQ=255) gtggtgCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGGCAGCCTGacgg > 1:217825/1‑117 (MQ=255) gtgCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAca < 1:1021111/150‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTAGCCGGCGTAAGGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAcatcc < 1:1047703/150‑1 (MQ=255) gTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCtt < 2:930010/137‑1 (MQ=255) gTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCtt > 1:930010/1‑137 (MQ=255) gTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAcatccat > 2:946244/1‑150 (MQ=255) gTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAcatccat > 1:1153867/1‑150 (MQ=255) aGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCAtcgtc < 2:1080344/150‑1 (MQ=255) cAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAcatccat < 2:282577/144‑1 (MQ=255) cAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAcatccat > 1:282577/1‑144 (MQ=255) aTGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTc < 1:66921/150‑1 (MQ=255) gCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGt < 1:311541/150‑1 (MQ=255) gCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGt < 2:133671/150‑1 (MQ=255) aGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTg < 2:835933/150‑1 (MQ=255) gTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCa < 1:1137067/96‑1 (MQ=255) gTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCa > 2:1137067/1‑96 (MQ=255) gTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGa > 2:1139004/1‑150 (MQ=255) cTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTgg < 2:1153867/150‑1 (MQ=255) ttCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCGTCGTCGGTAACCTCATGTGGGAGCTTGGGCAAAgg < 2:318397/150‑1 (MQ=255) aCAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGc > 2:281453/1‑150 (MQ=255) cAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTgg < 1:1161122/138‑1 (MQ=255) cAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGATTgg > 2:1161122/1‑138 (MQ=255) gggAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGAcggc > 1:1128072/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGcggccggc < 2:219787/150‑1 (MQ=255) gtggtgTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAAc > 1:1040024/1‑150 (MQ=255) ggTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGt > 2:126443/1‑112 (MQ=255) ggTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGt < 1:126443/112‑1 (MQ=255) ttCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGtt > 2:294477/1‑90 (MQ=255) ttCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGtt < 1:294477/90‑1 (MQ=255) gCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCgg < 1:965517/150‑1 (MQ=255) gCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCgg > 1:334143/1‑150 (MQ=255) ccGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCgg > 1:898619/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCTGGCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGca > 1:793880/2‑150 (MQ=255) | AACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCA > NC_002947/3774147‑3774430 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |