Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,793,457 | A→G | 7.0% | L370S (TTG→TCG) | PP_3355 ← | beta‑ketothiolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,793,457 | 0 | A | G | 7.0% | 170.3 / 2.5 | 57 | L370S (TTG→TCG) | PP_3355 | beta‑ketothiolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/26); new base G (2/2); total (29/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
AGCCAGTGTTGCAGGACGAACTGCATGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTGGGCCACCGCCAGCACTTGGGC > NC_002947/3793308‑3793605 | aGCCAGTGTTGCAGGACGAACTGCATGTCGCGAAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCa < 1:707552/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGTTGCAGGACGAACTGCATGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCaa < 2:651000/150‑1 (MQ=255) gtgtTGCAGGACGAACTGCATGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTg > 1:524316/1‑150 (MQ=255) cAGGACGAACTGCATGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTcg > 2:485321/1‑150 (MQ=255) aGGACGAACTGCATGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTcgc < 2:524316/150‑1 (MQ=255) aCTGCATGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTg > 2:1182584/1‑150 (MQ=255) tGCATGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGAc < 1:480235/150‑1 (MQ=255) gCATGTCGCGCGGGGGCCCCTTCCAGGTTATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCTATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACg < 2:1164498/150‑1 (MQ=255) cATGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACgg > 1:715324/1‑150 (MQ=255) aTGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACggg < 1:29112/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCGAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAg > 1:314548/1‑150 (MQ=255) gcgcAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCGAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAg > 1:315023/1‑150 (MQ=255) gcgcAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAg < 1:1000432/150‑1 (MQ=255) gcAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACgg > 2:841331/1‑142 (MQ=255) gcAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACgg < 1:841331/142‑1 (MQ=255) gcAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGc < 2:997324/144‑1 (MQ=255) gcAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGc > 1:997324/1‑144 (MQ=255) gcAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGgt > 1:660459/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCGAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGAc < 2:314548/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCGAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGAc < 2:315023/150‑1 (MQ=255) aGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAg > 1:835679/1‑150 (MQ=255) ggTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGa < 1:485321/150‑1 (MQ=255) gTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTgg < 1:351825/137‑1 (MQ=255) gTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTgg > 2:351825/1‑137 (MQ=255) gTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGAc > 1:805174/1‑150 (MQ=255) gTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGAc < 1:137569/150‑1 (MQ=255) tCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCaa < 1:525291/150‑1 (MQ=255) ggCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGAcc < 2:660459/150‑1 (MQ=255) gCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCa > 1:1077684/1‑150 (MQ=255) gCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCa > 2:1179399/1‑150 (MQ=255) aaCGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAg > 1:58400/1‑150 (MQ=255) aCGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAgg < 1:1182584/150‑1 (MQ=255) ggAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGTCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGAGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATa < 2:835679/149‑1 (MQ=255) aGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAggg > 1:144327/1‑143 (MQ=255) aGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAggg < 2:144327/143‑1 (MQ=255) aGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAgc > 1:378630/1‑150 (MQ=255) ggTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAgcgc > 1:1106583/1‑150 (MQ=255) gTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGcgcc < 1:982747/150‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATgg > 2:422291/1‑150 (MQ=255) gcagcGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCa > 1:1036337/1‑93 (MQ=255) gcagcGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCa < 2:1036337/93‑1 (MQ=255) cgcCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAg < 2:990147/150‑1 (MQ=255) ccACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACg < 2:571731/59‑1 (MQ=255) ccACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACg > 1:571731/1‑59 (MQ=255) ccACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAg > 2:1056062/1‑66 (MQ=255) ccACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAg < 1:1056062/66‑1 (MQ=255) cACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGa < 2:716018/72‑1 (MQ=255) cACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGa > 1:716018/1‑72 (MQ=255) aCCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTCGTCCACATCGAg > 1:140303/1‑150 (MQ=255) gccgATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCCTGTCCACATCGAGTTc < 1:1179399/150‑1 (MQ=255) atgcCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCt > 1:458245/1‑150 (MQ=255) tgcCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTg > 1:331381/1‑150 (MQ=255) gcCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTCGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTgg < 2:140303/150‑1 (MQ=255) cTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTGGGCCa > 2:441631/1‑150 (MQ=255) gATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTGGGCCACCGc < 1:1163528/150‑1 (MQ=255) gATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTGGGCCACCGc > 2:274161/1‑150 (MQ=255) cgcAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTGGGCCACCGCCAGCACTTgg < 1:274161/150‑1 (MQ=255) cgcAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTGGGCCACCGCCAGCACTTgg < 2:805174/150‑1 (MQ=255) cAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTGGGCCACCGCCAGCACTTGggc > 2:703503/1‑150 (MQ=255) | AGCCAGTGTTGCAGGACGAACTGCATGTCGCGCAGGGGCGCCTTCCAGGTCATCGGATACCTCCGGGTCAGGCAACGAAATGAGGGTTTTCGATCAGCAGCGCCATGCCTTGGCCACCGCCGATGCATGCCGCTGCGATGCCATAGCGCAAGTTGCCGTCGCGCAATTGACGGGCCAAGGTGTGGACCAGGCGCAGACCTGTAGCGGCCAATGGGTGACCAAGGGCGATAGCGCCGCCATGGACATTGAGCTTGTCCACATCGAGTTCGAGCGCCTGGGCCACCGCCAGCACTTGGGC > NC_002947/3793308‑3793605 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |