Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,811,902 | T→C | 7.8% | Y61Y (TAT→TAC) | PP_3368 → | MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,811,902 | 0 | T | C | 7.8% | 147.4 / 2.9 | 52 | Y61Y (TAT→TAC) | PP_3368 | MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/26); new base C (2/2); total (23/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.68e-01 |
AAAAACACCGTCGCCAAGATGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGCCTGGTCGCATT > NC_002947/3811753‑3812051 | aaaaaCACCGTCGCCAAGATGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACAGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGTAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTAt < 2:481917/150‑1 (MQ=255) acCGTCGCCAAGATGGAAGCCGCCCGGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTg > 1:1069126/1‑150 (MQ=255) ccAAGATGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAACGGGTAGGCTCTGGGGGTaa < 2:1200020/150‑1 (MQ=255) ccAAGATGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCAATCATGGGCCTGATGCCCGACCTTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTaa > 1:905502/1‑150 (MQ=255) aTGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATgcgc > 2:809644/1‑136 (MQ=255) aTGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATgcgc < 1:809644/136‑1 (MQ=255) aTGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGtt < 1:260024/150‑1 (MQ=255) aTGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGtt < 1:150243/150‑1 (MQ=255) ccgccATGGCACGGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAGTTCGCCATCGTGGGCCTGATGCCCGACATTGCGACCAATTTGCAGGTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCCCGTATGCGCCGGGGGCACTGCTTGGCGccc > 2:375806/1‑150 (MQ=255) gccATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGtt > 2:711718/1‑141 (MQ=255) gccATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGtt < 1:711718/141‑1 (MQ=255) gCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTg < 1:780493/150‑1 (MQ=255) ggCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCAtt > 2:508094/1‑150 (MQ=255) gCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATtc < 1:92565/150‑1 (MQ=255) ccATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCATACGCGCTgatg < 2:792489/110‑4 (MQ=255) ccATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCATACGCGCTgatg > 1:792489/1‑107 (MQ=255) cATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCATACGCGCTgatg > 2:624714/1‑106 (MQ=255) cATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCATACGCGCTgatg < 1:624714/109‑4 (MQ=255) ccGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACtgctgc < 2:1101700/150‑1 (MQ=255) gCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGt > 1:383138/1‑100 (MQ=255) gCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGt < 2:383138/100‑1 (MQ=255) gAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATCGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAg > 1:886007/1‑150 (MQ=255) aataccgcatcatGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGGACGTCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGc < 2:886007/143‑1 (MQ=255) aTTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGTCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTCGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGca < 2:347965/150‑1 (MQ=255) ccATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAAATAGCAGTTGAGCTAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACAtgc < 1:984496/150‑1 (MQ=255) atGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACAtgctgctg < 1:452097/150‑1 (MQ=255) tGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTGTGTGCCTAACTGCTGCGCAAGCACAtgctgctgc > 2:96307/1‑150 (MQ=255) ggCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATgg > 2:397918/1‑88 (MQ=255) ggCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATgg < 1:397918/88‑1 (MQ=255) cTGGTGCCCGACATTGCCAGTAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGGCACCAGAGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCTCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAGGCACAtgctgctgcgggtg < 2:1198930/150‑6 (MQ=255) cTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTg > 1:505429/1‑150 (MQ=255) cTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTg < 2:1199117/150‑1 (MQ=255) tGATGCCAGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGa < 2:505429/150‑1 (MQ=255) ccGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTTCTGTTGAtgctgc > 1:549120/1‑150 (MQ=255) ccAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCg > 1:103666/1‑150 (MQ=255) cAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGt > 1:690887/1‑150 (MQ=255) aaGCAATTTGCAGTGGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGt > 2:266243/2‑150 (MQ=255) aGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTg < 2:549120/150‑1 (MQ=255) aGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTg < 2:690887/150‑1 (MQ=255) cAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTg < 1:508094/150‑1 (MQ=255) aGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTgg < 1:96307/150‑1 (MQ=255) cGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGACACGGTGGGATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTg > 2:699222/1‑150 (MQ=255) gtaGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGc < 2:86110/148‑1 (MQ=255) gTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGccccc > 2:1189610/1‑150 (MQ=255) gggCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTc < 2:103666/150‑1 (MQ=255) gccatgccatCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGt > 2:524900/1‑150 (MQ=255) catgccatCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTc > 1:1054021/1‑150 (MQ=255) catgccatCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTc < 1:1189610/150‑1 (MQ=255) tgccatCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCgg > 2:707718/1‑150 (MQ=255) gccatCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGt < 1:707718/150‑1 (MQ=255) gcgcGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGCCTgg > 1:1112870/1‑150 (MQ=255) cgcgTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGCCTGGt < 2:1112870/150‑1 (MQ=255) tATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGCCTGGTCGCa < 1:524900/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGCCTGGTCGCAtt < 2:1054021/150‑1 (MQ=255) | AAAAACACCGTCGCCAAGATGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGCCTGGTCGCATT > NC_002947/3811753‑3812051 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |