Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,237,681 | C→A | 8.5% | E205* (GAG→TAG) ‡ | catB ← | muconate cycloisomerase 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,237,681 | 0 | C | A | 8.5% | 149.3 / 2.2 | 47 | E205* (GAG→TAG) ‡ | catB | muconate cycloisomerase 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/19); new base A (2/2); total (26/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
TTCGATCGACTCATCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAGCATGTGC > NC_002947/4237535‑4237829 | ttCGATCGACTCATCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTc < 2:45345/150‑1 (MQ=255) tcgaCTCATCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACGAGTCCCAgg < 2:690275/150‑2 (MQ=255) aTCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTgg > 1:1017605/1‑148 (MQ=255) aTCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTgg < 2:1017605/148‑1 (MQ=255) cATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTc > 1:1087464/1‑150 (MQ=255) aTGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCg > 2:154151/1‑150 (MQ=255) ggAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGc < 1:36414/150‑1 (MQ=255) caaccGCGCTGGC‑CAGGTGCGCCTGAA‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCa > 2:661837‑M1/6‑122 (MQ=255) caaccGCGCTGGC‑CAGGTGCGCCTG‑AACCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCa < 1:661837‑M1/117‑1 (MQ=255) gACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTgg > 1:533747/1‑150 (MQ=255) aCTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGgc < 2:562043/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGgcgc > 1:35858/1‑150 (MQ=255) gcACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGt > 1:492305/1‑117 (MQ=255) gcACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGt < 2:492305/117‑1 (MQ=255) gcACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCa > 1:224454/1‑140 (MQ=255) gcACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCa < 2:224454/140‑1 (MQ=255) aCCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCgcgc < 1:429068/150‑1 (MQ=255) ccTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCt > 1:227313/1‑150 (MQ=255) agcgcGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATcgc < 2:533747‑M2/145‑1 (MQ=255) gcGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTg < 2:161196‑M2/116‑1 (MQ=255) gcGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTg > 1:161196‑M2/3‑118 (MQ=255) gcGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGAc < 1:154151‑M2/148‑1 (MQ=255) gTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTAATGGTTGACGTTGACCCGCGCCCTCTCTCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCAc > 2:865083/1‑150 (MQ=255) cgAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAg < 2:227313/150‑1 (MQ=255) gAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAgg < 2:1087464/150‑1 (MQ=255) gctgctCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACGAGTCCCAgg < 1:1047578/72‑2 (MQ=255) gctgctCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACGAGTCCCAgg > 2:1047578/1‑71 (MQ=255) tGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCAcc < 2:418981/91‑1 (MQ=255) tGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCAcc > 1:418981/1‑91 (MQ=255) cGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCtt < 2:679915/118‑1 (MQ=255) cGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCtt > 1:679915/1‑118 (MQ=255) ttGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTc > 2:722456/1‑150 (MQ=255) tCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGc < 2:35858/150‑1 (MQ=255) tCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGc > 1:365273/1‑150 (MQ=255) cccAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTg > 1:885510/1‑132 (MQ=255) cccAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTg < 2:885510/132‑1 (MQ=255) cccAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGCGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTg > 2:122556/1‑150 (MQ=255) cccAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCCGCCACCCAGCTCGCGCTTGCTACCGCCGACGTGCGGGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTg > 1:570700/1‑150 (MQ=255) ccTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACAcgc < 1:865083/150‑1 (MQ=255) tGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCgg > 1:344913/1‑150 (MQ=255) cgcgGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGc < 1:722456/150‑1 (MQ=255) cTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAg > 1:1027867/1‑150 (MQ=255) cTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAg > 1:205155/1‑150 (MQ=255) cTGGGACGAGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAg > 2:240876/1‑150 (MQ=255) ggACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAGCAt > 1:1196194/1‑150 (MQ=255) cTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAGCAtgtg > 1:627691/1‑150 (MQ=255) tCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAGCAtgtgc > 2:888335/1‑150 (MQ=255) | TTCGATCGACTCATCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTG‑G‑CCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAGCATGTGC > NC_002947/4237535‑4237829 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |