Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,272,822 | T→C | 10.6% | D24D (GAT→GAC) | PP_3743 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,272,822 | 0 | T | C | 10.6% | 153.3 / 5.9 | 56 | D24D (GAT→GAC) | PP_3743 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/25); new base C (2/4); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
TACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTATGTG > NC_002947/4272677‑4272960 | tACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGGTACTGGAGAACACGACAGTCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTACCCTGGCCCGCGTCGATGCgg > 1:750569/1‑150 (MQ=255) ccAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGa < 2:196145/150‑1 (MQ=255) ccAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGa > 2:1187737/1‑150 (MQ=255) cAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGAc > 1:492506/1‑150 (MQ=255) aaCGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCATCGACGCGGGccagg < 2:425584/150‑5 (MQ=255) aaCGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCATCGACGCGGGccagg < 1:54537/150‑5 (MQ=255) cccccGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGc < 1:1187737/150‑1 (MQ=255) cccGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCa > 1:868249/1‑150 (MQ=255) ccgTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTc > 2:536432/1‑150 (MQ=255) tGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTcc > 1:1112828/1‑150 (MQ=255) tGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCgg < 1:607166/117‑1 (MQ=255) tGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCgg > 2:607166/1‑117 (MQ=255) cTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGa < 1:536432/150‑1 (MQ=255) tgtgCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGAc < 1:451125/150‑1 (MQ=255) cTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTc < 1:869034/150‑1 (MQ=255) ttCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCATCGACGCGGGccagg > 1:217050/1‑101 (MQ=255) ttCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCATCGACGCGGGccagg < 2:217050/105‑5 (MQ=255) tCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCaa > 2:986611/1‑150 (MQ=255) cGCTACTGGAACAAACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTTATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGga < 2:578346/150‑1 (MQ=255) gCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGgac > 1:1104974/1‑150 (MQ=255) tACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCTACCTTCAAGgacga > 1:114125/1‑150 (MQ=255) aCTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGgacgac < 2:105964/150‑1 (MQ=255) tGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACaa > 1:1188625/1‑150 (MQ=255) gaACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACaa > 1:14163/1‑146 (MQ=255) gaACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACaa < 2:14163/146‑1 (MQ=255) aaCACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGa < 2:1188625/150‑1 (MQ=255) acacGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGat < 1:249955/150‑1 (MQ=255) ccACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGc < 1:1190287/107‑1 (MQ=255) ccACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGc > 2:1190287/1‑107 (MQ=255) ccTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGa < 2:1112828/150‑1 (MQ=255) ccTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGa < 2:492506/150‑1 (MQ=255) cTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTc > 2:936723/1‑95 (MQ=255) cTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTc < 1:936723/95‑1 (MQ=255) cTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACtt > 1:1038161/1‑150 (MQ=255) tCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACttt < 2:1104974/150‑1 (MQ=255) gCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTcc > 2:362917/1‑87 (MQ=255) gCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTcc < 1:362917/87‑1 (MQ=255) gCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCACTGCCCGTGACGAACTTTCa > 1:765517/1‑150 (MQ=255) gCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCATCGACGCGGGcca < 2:184640/62‑3 (MQ=38) gCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCATCGACGCGGGcca > 1:184640/1‑60 (MQ=38) cTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGt > 2:729799/1‑150 (MQ=255) tGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCGTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGtt < 2:868249/150‑1 (MQ=255) gtggtgcTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAAc < 1:1025667/127‑1 (MQ=255) gtggtgcTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAAc > 2:1025667/7‑133 (MQ=255) tgctCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTtc < 1:702001/143‑1 (MQ=255) tgctCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTtc > 2:702001/1‑143 (MQ=255) tgctCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCa > 1:417917/1‑150 (MQ=255) tGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGgacgac < 2:664009/98‑1 (MQ=255) tGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGgacgac > 1:664009/1‑98 (MQ=255) tGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCCCGTCGATGCGGGCGACGCCGCCCCCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACNGATCATCCCNGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAgcggcg < 1:476046/150‑1 (MQ=255) tgcctgccGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTa < 2:156592/150‑1 (MQ=255) tgcCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCCGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGgcgc > 2:262311/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCAAGCGGCGGGACCATCCGCGGGGCCTa > 1:744141/1‑150 (MQ=255) gCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTAtgtg < 1:986611/150‑1 (MQ=255) ccGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCa > 1:1187153/1‑119 (MQ=255) ccGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCa < 2:1187153/119‑1 (MQ=255) | TACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTATGTG > NC_002947/4272677‑4272960 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |