Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,281,403 | G→A | 9.4% | T22I (ACC→ATC) ‡ | PP_3751 ← | cyanate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,281,403 | 0 | G | A | 9.4% | 141.7 / 5.2 | 54 | T22I (ACC→ATC) ‡ | PP_3751 | cyanate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/27); new base A (3/2); total (24/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 |
GCCATGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAGAAATGAAGAGATT > NC_002947/4281255‑4281540 | gccATGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGt > 1:488759/1‑150 (MQ=255) ccATGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTc < 2:766397/150‑1 (MQ=255) aTGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAg > 1:1099293/1‑150 (MQ=255) gCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGa < 1:608335/150‑1 (MQ=255) cTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATCCTGACCAGTATCGGc < 2:445346/150‑1 (MQ=255) gACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCg < 2:693616/150‑1 (MQ=255) ccAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAg > 1:242065/1‑150 (MQ=255) cAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAgg > 1:747116/1‑150 (MQ=255) tCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCaa < 1:179780/150‑1 (MQ=255) cACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCcagc < 1:136126/150‑1 (MQ=255) aCGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCcagca > 2:1117507/1‑150 (MQ=255) aCGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCcagca < 1:916406/150‑1 (MQ=255) cAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCAc < 1:903591/150‑1 (MQ=255) aCAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCa > 2:832436/1‑150 (MQ=255) aGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATCCTGACCAGTATCGGccc < 1:139020/122‑2 (MQ=255) aGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATCCTGACCAGTATCGGccc > 2:139020/1‑121 (MQ=255) cACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAg < 1:302401/150‑1 (MQ=255) aCCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAgg > 2:188993/1‑150 (MQ=255) gCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAg < 1:1117507/150‑1 (MQ=255) ccATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCcagcag < 1:97324/127‑1 (MQ=255) ccATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCcagcag > 2:97324/1‑127 (MQ=255) acaGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAAAAGCACGAAATTGGTCAGGAGCGGCCGCAGGTTAAACCCCCGCAGGATAACCAGCAACAGGTTCAGTACAgcgc > 1:21317/1‑150 (MQ=255) aGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCa > 2:53257/1‑91 (MQ=255) aGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCa < 1:53257/91‑1 (MQ=255) cGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCa < 2:884052/122‑1 (MQ=255) cGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCa > 1:884052/1‑122 (MQ=255) cGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATtgt < 1:211634/150‑1 (MQ=255) gTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCca > 1:413424/1‑108 (MQ=255) gTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCca < 2:413424/108‑1 (MQ=255) atcagcCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGAAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAg > 1:347368/5‑150 (MQ=255) cgcCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCg < 1:188993/150‑1 (MQ=255) cAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACAGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTtctc < 1:1042858/150‑1 (MQ=255) aaGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGt > 1:906090/1‑150 (MQ=255) aGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTa < 2:630176/150‑1 (MQ=255) ccgccTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACa > 2:957415/1‑150 (MQ=255) ctgctgGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGaa < 2:747116/150‑1 (MQ=255) tgctgGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAAc < 2:1099293/150‑1 (MQ=255) tgctgGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAAc < 2:21317/150‑1 (MQ=255) ggTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGc < 2:488759/150‑1 (MQ=255) aaCCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACa > 1:1018193/1‑138 (MQ=255) aaCCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACa < 2:1018193/138‑1 (MQ=255) aGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATcc < 2:906090/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCcg < 1:832436/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCTGGGTCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCCAAACTGCTAAAGCTACACACCAGACTCCACGCTTTCCGTATCAGCAGCTATTGAGTTAGTACAGCGCTTATTGTGTGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATcccag < 2:439226/150‑3 (MQ=255) tGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGt < 2:482320/114‑1 (MQ=255) tGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGt > 1:482320/1‑114 (MQ=255) ggCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGctg > 1:925402/1‑150 (MQ=255) gggTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAg < 1:476438/150‑1 (MQ=255) gTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAGaa > 2:679768/1‑150 (MQ=255) gAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGCCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAGAAATGa > 1:578089/1‑150 (MQ=255) cggCCGATCCTGACCAGTATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTAATAGAAGGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCACGGATGGCCTGGCAGAAATGAAGAGAtt > 1:677463/2‑150 (MQ=255) gCCGATCCTGACCAGTATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATtgt > 2:17523/1‑78 (MQ=38) tGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGc > 2:855742/1‑99 (MQ=255) tGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGc < 1:855742/99‑1 (MQ=255) | GCCATGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAGAAATGAAGAGATT > NC_002947/4281255‑4281540 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |