| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,281,957 | G→A | 6.8% | intergenic (‑490/+228) | PP_3751 ← / ← PP_3753 | cyanate transporter/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,281,957 | 0 | G | A | 6.8% | 173.4 / 2.7 | 59 | intergenic (‑490/+228) | PP_3751/PP_3753 | cyanate transporter/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/25); new base A (2/2); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
CTGCGCCTACTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCC > NC_002947/4281808‑4282102 | cTGCGCCTACTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCg > 1:1132355/1‑150 (MQ=255) gcCTACTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTg > 1:876940/1‑150 (MQ=255) ccTACTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGc < 2:1008682/150‑1 (MQ=255) ccTACTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGc < 2:876940/150‑1 (MQ=255) ccTACTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGc < 2:1132355/150‑1 (MQ=255) cTACTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGcc > 2:1009302/1‑150 (MQ=255) aCTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTg > 1:1117724/1‑150 (MQ=255) aCTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTg > 1:1195626/1‑150 (MQ=255) cGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGAGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACg > 1:765030/1‑150 (MQ=255) gTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACgg > 2:1061798/1‑150 (MQ=255) tCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACggg < 1:1009302/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACggg < 2:477713/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAAACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACggg < 1:553834/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGt < 2:279923/150‑1 (MQ=255) aCCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTg < 1:921738/150‑1 (MQ=255) aaCGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAagag > 2:394023/1‑150 (MQ=255) gcgcAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGccgaggag < 2:488980/126‑7 (MQ=255) gcgcAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGccgaggag > 1:488980/1‑120 (MQ=255) cgcAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGaa < 1:260885/150‑1 (MQ=255) gcAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTACGCAGCACGAGAGATATGAAg > 2:372985/1‑150 (MQ=255) aaGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGcc < 1:394023/150‑1 (MQ=255) cGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCa < 2:531421/150‑1 (MQ=255) gagaCCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGaa < 1:1061798/150‑1 (MQ=255) gagaCCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGaa < 1:82685/150‑1 (MQ=255) gCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGAAGGACACCAGATACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCGGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAg > 2:1042958/1‑150 (MQ=255) aCGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGcc < 2:476158/130‑1 (MQ=255) aCGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGcc > 1:476158/1‑130 (MQ=255) gACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGt > 2:1176797/1‑150 (MQ=255) aCCTTGTGCGTGTGGCAGGACACTAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGACTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTg > 2:105452/1‑150 (MQ=255) ccTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTgg > 2:1191416/1‑150 (MQ=255) cAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGcgccgc < 2:445221/88‑1 (MQ=255) cAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGcgacgc > 1:445221/1‑88 (MQ=255) ccAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAAGTg > 1:1047065/1‑150 (MQ=255) cAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCaa > 2:1426/1‑146 (MQ=255) cAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCaa < 1:1426/146‑1 (MQ=255) aGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTTCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGCGTCTGACCCGCTTCCCTGAACGGGATGAGCAGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGCAAACTTTGAGCCGTGCGAGGTGGACAACCTGAGCTTGCCAATTGcc > 2:180864/1‑150 (MQ=255) gCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGc > 1:280072/1‑60 (MQ=255) gCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGc < 2:280072/60‑1 (MQ=255) gCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTAGCAAGTGcca < 2:1047065/150‑1 (MQ=255) ttCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAg > 2:721109/1‑88 (MQ=255) ttCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAg < 1:721109/88‑1 (MQ=255) gccgcGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGTGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGc > 1:752171/1‑150 (MQ=255) ccgcGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGcc < 1:1042958/150‑1 (MQ=255) cgcgTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCt < 2:1117724/150‑1 (MQ=255) gTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGa > 2:284086/1‑150 (MQ=255) gAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAAc > 1:400461/1‑150 (MQ=255) cccTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCg > 1:496413/1‑150 (MQ=255) ctggcctggGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTc < 1:1191416/150‑1 (MQ=255) ctggGTCGAGAGCCTGACCCACTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACtt < 2:856199/75‑1 (MQ=255) ctggGTCGAGAGCCTGACCCACTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACtt < 2:856169/75‑1 (MQ=255) ctggGTCGAGAGCCTGACCCACTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACtt > 1:856199/1‑75 (MQ=255) ctggGTCGAGAGCCTGACCCACTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACtt > 1:856169/1‑75 (MQ=255) cGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCt < 1:71451/93‑1 (MQ=255) cGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCt > 2:71451/1‑93 (MQ=255) gagaGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATg > 2:117484/1‑150 (MQ=255) gagaGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACACAATCGGCGTCGGCTTTGCCATg > 1:967435/1‑150 (MQ=255) ccTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGcc > 1:348957/1‑150 (MQ=255) ccTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGAAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGcc > 2:1069803/1‑150 (MQ=255) gACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGc < 1:372985/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGcc > 2:204900/1‑150 (MQ=255) | CTGCGCCTACTGCGTCAACCTGCATGCCAACGATGCGCGCAAGGCCGGTGAGACCGAAGCACGCCTGCAGACCTTGTGCGTGTGGCAGGACACCAGCTACTTCACGCCGCGTGAACGTGCTGCCCTGGCCTGGGTCGAGAGCCTGACCCGCTTGCCTGAACGGGGTGCGCCGCAAGAGCAATATGAAGCCCTGCAGGAACACTTCGAGCCGGGCGAGGTGGCCAACCTGACCTTGGCAATTGCCACCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCC > NC_002947/4281808‑4282102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |