| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 284,588 | T→A | 15.5% | intergenic (+34/+29) | betT‑II → / ← atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 284,588 | 0 | T | A | 15.5% | 127.2 / 16.1 | 51 | intergenic (+34/+29) | betT‑II/atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/19); new base A (4/4); total (28/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
ACCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCT > NC_002947/284439‑284735 | aCCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCtt > 2:1033399/1‑150 (MQ=255)aCCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCtt < 1:598120/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTg > 1:802105/1‑150 (MQ=255) gCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAagag > 1:299472/1‑150 (MQ=255) ccAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCa < 2:33768/150‑1 (MQ=255) ccAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCa > 1:33768/1‑150 (MQ=255) tATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGc < 2:1113467/150‑1 (MQ=255) cTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAgg > 2:890575/1‑150 (MQ=255) aCAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTg < 1:262128/150‑1 (MQ=255) cAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATc > 2:355738/1‑150 (MQ=255) aGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCaa < 1:947015/150‑1 (MQ=255) gCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAg < 1:924779/150‑1 (MQ=255) gATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGAt < 2:25697/150‑1 (MQ=255) gATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGAt > 1:377636/1‑150 (MQ=255) aCGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCGAaga > 2:974609/1‑101 (MQ=255) aCGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCGAaga < 1:974609/101‑1 (MQ=255) cATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTg < 2:377636/150‑1 (MQ=255) aTCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑c > 1:76299/1‑150 (MQ=255) ccTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CAt > 2:1146303/1‑150 (MQ=255) ccTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CAt > 1:363150/1‑150 (MQ=255) tCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTA‑CATCa > 1:213125/1‑150 (MQ=255) cGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCAc < 1:1033399/150‑1 (MQ=255) cGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCGTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTtcggt > 2:875539/1‑150 (MQ=255) caggtGCAGTACCGGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTtcggtcgg > 2:1202594/5‑150 (MQ=255) acaTGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTcggtcggt > 2:1063605/1‑150 (MQ=255) aTGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTaa < 2:363150/150‑1 (MQ=255) gCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAatc > 1:912956/1‑150 (MQ=255) gCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAatc < 2:802105/150‑1 (MQ=255) gCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAatc < 1:1063605/150‑1 (MQ=255) gCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAatc < 2:1028181/150‑1 (MQ=255) gCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAatc > 1:1028181/1‑150 (MQ=255) gTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAatcatc > 1:1015312/1‑150 (MQ=255) aCCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAatc < 2:995035/145‑1 (MQ=255) aCCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAatc > 1:995035/1‑145 (MQ=255) cttGGTCAGCGGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCaaa > 1:94300/3‑150 (MQ=255) gCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTtcgg < 1:231609/121‑1 (MQ=255) gCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTtcgg > 2:231609/1‑121 (MQ=255) gCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTggg > 2:553416/1‑150 (MQ=255) cAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCCAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTCCGGACGGTAAGCATCCACCGCAAAATGATGGGTCAcgc > 1:891049/1‑150 (MQ=255) ctctCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGtt < 1:408369/150‑1 (MQ=255) tcctgtcctgGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTc > 1:781013/1‑150 (MQ=255) cctgtcctgGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTcc < 2:781013/150‑1 (MQ=255) cctgGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGaa < 1:355738/150‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAAGCAACCGCTAGAAAGTTGCATCCGCAAGGATGGGCGCCCGGTGCCAACA‑ACGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGTACGCCAc > 1:990890/1‑150 (MQ=255) ctctTCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACccgc < 1:736944/88‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACccgc > 2:736944/1‑88 (MQ=255) ctctTCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTaa > 2:536394/1‑103 (MQ=255) ctctTCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTaa < 1:536394/103‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCt < 1:838581/121‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCt > 2:838581/1‑121 (MQ=255) ttCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATgg < 1:957271/65‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATgg > 2:957271/1‑65 (MQ=255) cTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCt < 1:553416/150‑1 (MQ=255) | ACCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTG‑CATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCT > NC_002947/284439‑284735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |