| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,557,078 | A→C | 9.8% | L148R (CTG→CGG) | gntZ ← | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,557,078 | 0 | A | C | 9.8% | 181.5 / 13.6 | 72 | L148R (CTG→CGG) | gntZ | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/34); new base C (3/4); total (34/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
TACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTG > NC_002947/4556931‑4557227 | taccctaTGTCGTTACTCACCCTTTTCACGCGATGCCCGGCGCCCGCTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCTGCACGCTGGTGCTCGCCCCTGCTTCCATGGGTACGCCTGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGc < 2:463984/144‑1 (MQ=255)tACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGc < 1:372085/150‑1 (MQ=255) tGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCa < 1:405887/150‑1 (MQ=255) gCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAg < 1:214096/150‑1 (MQ=255) cGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGgc < 2:1046879/150‑1 (MQ=255) gTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCGGgcg > 2:469532/1‑150 (MQ=255) ttATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCATGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGgcgc > 1:855155/1‑150 (MQ=255) ttATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGgcgc < 2:285333/150‑1 (MQ=255) tATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCt < 2:1158167/150‑1 (MQ=255) cACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTCCGCGGCATGTCTCCCACGCACGCCGCCAGGTCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTTGaa > 2:584971/1‑150 (MQ=255) cACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGaa < 2:57304/150‑1 (MQ=255) ccATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAaca > 1:602096/1‑150 (MQ=255) cATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAacac < 2:855155/150‑1 (MQ=255) ttttCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGt > 1:984297/1‑150 (MQ=255) tttCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTc < 2:984297/150‑1 (MQ=255) ttCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTcc < 2:790925/150‑1 (MQ=255) aCGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCttt < 1:880230/150‑1 (MQ=255) cccGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCagcgcc > 1:170744/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGgc > 1:119096/1‑124 (MQ=255) ccGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGgc < 2:119096/124‑1 (MQ=255) ccGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCACCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGccgccg > 1:840957/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCCGGCTGTTGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGccgccg > 1:510192/1‑150 (MQ=255) gcCCGGTGGACCGGCATGGATGTACATCTGGACGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGatcat > 1:937441/1‑150 (MQ=255) ggTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCGGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATg < 1:469532/150‑1 (MQ=255) gTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGc > 1:1085007/1‑150 (MQ=255) tGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCACCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCa < 2:840957/150‑1 (MQ=255) ccGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATTTCTCCCACGCCCGGCACCAGCGCCTTGATCAGCGGTTCCAGGCGCTCGAAAACCGCCTGGTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAg < 1:634580/150‑1 (MQ=255) ggCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGAGGTCCGCCGCACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGcc < 2:937441/150‑1 (MQ=255) gCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAg > 2:1049021/1‑144 (MQ=255) 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2:350280/82‑1 (MQ=255) gTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCca < 1:1126710/150‑1 (MQ=255) cTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCacac < 2:602096/150‑1 (MQ=255) tCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCTTCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACAcg > 1:766323/1‑150 (MQ=255) tCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAg < 2:1141234/77‑1 (MQ=255) tCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAg > 1:1141234/1‑77 (MQ=255) tCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACAcg > 2:821473/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGAAGCGGTCCAGGCCCCACACgccgccag > 1:622650/1‑148 (MQ=255) gTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATACAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGt > 2:276901/1‑150 (MQ=255) gCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTGGAACCGCTGTTCAAGgcgc > 1:482276/1‑77 (MQ=37) gCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTGGAACCGCTGTTCAAGgcgc < 2:482276/77‑1 (MQ=37) tCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCg > 1:526285/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCg > 2:540529/1‑150 (MQ=255) gcTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTc < 2:105592/150‑1 (MQ=255) cTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTcc > 2:224412/1‑150 (MQ=255) cGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGa < 1:826154/150‑1 (MQ=255) ggCCATGGGTACGAGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGAt > 1:24071/1‑150 (MQ=255) ccATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATaa < 2:766323/150‑1 (MQ=255) tACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGTCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGc < 2:643699/150‑1 (MQ=255) gCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCCCCGCCGATCATGGGGTGGTAGCGGCGGTCCAGGCCCCACACGGCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCGTGGCCAg > 2:346791/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAg > 1:199451/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTTCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGAAAGTCCCGACACCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCgcggc < 2:170744/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCgcggc > 2:332215/1‑150 (MQ=255) 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aGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTg > 2:992274/1‑150 (MQ=255) | TACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTG > NC_002947/4556931‑4557227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |