Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,563,362 | G→A | 10.5% | T181T (ACC→ACT) | vgrG‑III ← | type VI secretion system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,563,362 | 0 | G | A | 10.5% | 100.0 / 2.5 | 38 | T181T (ACC→ACT) | vgrG‑III | type VI secretion system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/16); new base A (2/2); total (20/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
GCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCTTTTCAGC > NC_002947/4563214‑4563509 | gaaGGCATGCGCGGGCCTCGCCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCGCCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCCTCCAGCCAAAGCGCCTCGGCGTCCTCTGCTTTAAGCGCGCCCCGGTTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGcggtcgg < 2:1077688/148‑1 (MQ=255) cgGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGc < 2:964728/150‑1 (MQ=255) gCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCgtg > 2:1029685/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGtgtg < 1:235814/150‑1 (MQ=255) tgctgtaccacTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGcggtcg > 2:996476/7‑130 (MQ=255) tgctgtaccacTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGcggtcg < 1:996476/124‑1 (MQ=255) caccacTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCgtgt < 1:336297/141‑1 (MQ=255) caccacTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCgtgt > 2:336297/1‑141 (MQ=255) tGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAg < 2:509551/150‑1 (MQ=255) tACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCACCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCgg < 1:1133190/150‑1 (MQ=255) aGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAg > 1:728225/1‑150 (MQ=255) gCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAACGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGa < 2:855149/150‑1 (MQ=255) ccccTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCCAGTCGGTGTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCAGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGGTCGAAGCGGTAGAc > 2:471148/3‑150 (MQ=255) cACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTTCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCAGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGAc > 2:471691/1‑150 (MQ=255) ggggCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCctc < 1:102037/150‑1 (MQ=255) tcatcctcatccAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGATCCCCTCTTCAGCGGCa > 2:885286/1‑150 (MQ=255) tcctcatccAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGa > 2:725932/1‑127 (MQ=255) tcctcatccAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGa < 1:725932/127‑1 (MQ=255) ctcatccAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCg > 1:538719/1‑150 (MQ=255) aGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCgatggatg > 2:94922/1‑150 (MQ=255) aaaGCGCCTCGTCGTCCACGTCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGt > 2:956346/1‑150 (MQ=255) ccTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGt > 1:550618/1‑150 (MQ=255) gtcgtcCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGt < 2:550618/150‑1 (MQ=255) tcgtcCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGtt < 2:546565/150‑1 (MQ=255) gtcCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTc > 1:178411/1‑150 (MQ=255) tcCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAg > 2:288955/1‑93 (MQ=255) tcCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAg < 1:288955/93‑1 (MQ=255) tcCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCa > 2:195043/1‑150 (MQ=255) aGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGCTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCg < 1:397611/105‑1 (MQ=255) aGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGACGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCg > 2:397611/1‑105 (MQ=255) cccGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTCCACCGTCAAGTCACTGACTGATGTTTAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACAGAAAACt > 2:585374/1‑150 (MQ=255) caccgCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACt > 2:658394/5‑150 (MQ=255) cAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTccc > 1:791172/1‑138 (MQ=255) cAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTccc < 2:791172/138‑1 (MQ=255) aCAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCGCCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTgcgcgc < 2:178411/150‑1 (MQ=255) aGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCgctg > 1:427918/1‑150 (MQ=255) aaGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCtt < 2:728225/150‑1 (MQ=255) aaGCGGTCAGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCtt < 1:471148/150‑1 (MQ=255) aaGCGGTCAGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCtt < 1:471691/150‑1 (MQ=255) gCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCtttt < 2:538719/150‑1 (MQ=255) gCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTAGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGGCCTCCtttt > 2:163790/1‑150 (MQ=255) ggtcggtAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGATCCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCTTTTCa < 1:885286/150‑1 (MQ=255) gtcggtAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCTTTTCAg > 2:880680/1‑150 (MQ=255) gtcggtAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAACTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCTTTTCAg < 2:868638/150‑1 (MQ=255) tcggtAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCTTTTCAGc > 1:795708/1‑150 (MQ=255) | GCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTCCTCTGCCTTAAGCGCGCCCCGGCTGAGCAGCCCAAACGACAGCAAGCGGTCGGTAACGATCAGCGTGTGCTGCCGGGCGCAGTGTTCGAAGCGGTAGACGAACCCCTCTTCAGCGGCAAGGCGATGGATGAAGTCGAGGTCGGTTTCACCCGCCTGAACACAAAACTCCCGCACTTGGTGCTGCGCGCTGCTTTTCAGC > NC_002947/4563214‑4563509 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |