| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,635,606 | T→G | 100% | T66P (ACC→CCC) | uvrY ← | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,635,606 | 0 | T | G | 100.0% | 191.3 / NA | 58 | T66P (ACC→CCC) | uvrY | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (28/30); total (28/30) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
TGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAA > NC_002947/4635464‑4635752 | tGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTcc > 1:277543/1‑150 (MQ=255) gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAg > 2:913170/1‑150 (MQ=255) gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAg > 1:191940/1‑150 (MQ=255) gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAg > 1:427553/1‑150 (MQ=255) tctCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑gccgc < 1:435328/148‑1 (MQ=255) gTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGAt < 2:191940/150‑1 (MQ=255) gCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCggg > 2:871420/1‑150 (MQ=255) gCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCAtt > 1:1107511/1‑150 (MQ=255) tAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGc < 1:180940/150‑1 (MQ=255) aGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGca < 1:913170/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAAc < 1:767597/150‑1 (MQ=255) gCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACg > 2:1029857/1‑150 (MQ=255) gcCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCCCATCCATCCGCACAACGTCCgg < 2:1107511/150‑1 (MQ=255) gcCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCgg < 1:483413/150‑1 (MQ=255) cTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCCTTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAg > 1:624902/1‑150 (MQ=255) cTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAg > 2:996747/1‑150 (MQ=255) aacaaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCCG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTcc < 2:783854/150‑1 (MQ=255) aacaaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTcc > 2:604206/1‑150 (MQ=255) aacaaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTcc > 1:1075447/1‑150 (MQ=255) aacaaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTcc < 1:604206/150‑1 (MQ=255) aaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACATCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGt > 1:610816/1‑138 (MQ=255) aaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACATCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGt < 2:610816/138‑1 (MQ=255) aaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCgg > 2:809334/1‑150 (MQ=255) tgtgGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGCGCCTCCCG‑TACACCGCTCTCTGGCATTCTCACTGTCTTCAGCACAACGTCCTGTTTCAGCTCCCGGGCCAg < 2:441081/150‑1 (MQ=255) gggAACGGGTCTTCCCCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTc > 2:60337/1‑150 (MQ=255) agAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCa < 1:177445/149‑1 (MQ=255) gAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGc < 1:587984/92‑1 (MQ=255) gAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGc > 2:587984/1‑92 (MQ=255) gggTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGcc < 2:1075447/150‑1 (MQ=255) tCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGt < 1:530167/144‑1 (MQ=255) tCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGt > 2:530167/1‑144 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCa > 1:61195/1‑100 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCa < 2:61195/100‑1 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCg > 2:713527/1‑150 (MQ=255) acacCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCgg > 1:955462/1‑109 (MQ=255) acacCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCgg < 2:955462/109‑1 (MQ=255) acacCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAt > 1:262051/1‑150 (MQ=255) acacCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAt < 2:427553/150‑1 (MQ=255) tCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCt < 2:39270/150‑1 (MQ=255) aCCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTca > 1:1160857/1‑150 (MQ=255) caccACGACCTTGAGGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTcacc < 2:1160857/148‑1 (MQ=255) gCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTcaccc > 2:981295/1‑150 (MQ=255) tACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCg < 1:60939/105‑1 (MQ=255) tACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCg > 2:60939/1‑105 (MQ=255) tACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGAGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAGCTCCCTCACCcaccac < 2:277543/150‑1 (MQ=255) cTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGTATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTg > 1:429443/1‑150 (MQ=255) tGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCa < 1:981295/150‑1 (MQ=255) gATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGCACCGCC‑AGCCCCGTCGTTGTCACATCCATCAGCAGAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAg < 1:871420/150‑1 (MQ=255) gATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTccc < 2:111000/98‑1 (MQ=255) gATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTccc > 1:111000/1‑98 (MQ=255) tCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCg > 1:41151/1‑150 (MQ=255) tGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCgg < 1:809334/150‑1 (MQ=255) cagcagTTTGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCaa > 1:1039941/1‑150 (MQ=255) tttGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGt > 2:690416/1‑137 (MQ=255) tttGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGt < 1:690416/137‑1 (MQ=255) ttGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCgt < 1:713527/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCgt < 2:624902/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGGGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCgt < 1:996747/150‑1 (MQ=255) ggggggCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTaa > 1:522752/1‑150 (MQ=255) | TGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAG‑GCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAA > NC_002947/4635464‑4635752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |