Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,731,726 | T→C | 9.6% | N361D (AAT→GAT) | sucB ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase dihydrolipoyltranssuccinylase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,731,726 | 0 | T | C | 9.6% | 137.1 / 3.3 | 51 | N361D (AAT→GAT) | sucB | 2‑oxoglutarate dehydrogenase dihydrolipoyltranssuccinylase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/23); new base C (2/3); total (24/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGGGTTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGTTTGC > NC_002947/4731579‑4731875 | agGGTTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGa < 2:540044/150‑1 (MQ=255) gTTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATgg < 2:157362/150‑1 (MQ=255) ttAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGc < 2:440435/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCgg < 2:1203741/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCgg > 1:1203741/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCgg > 1:24397/1‑150 (MQ=255) tCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCggg > 1:809400/1‑150 (MQ=255) tCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCAAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCggg > 1:152540/1‑150 (MQ=255) cagcagcagGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGgcg > 2:787240/1‑150 (MQ=255) cagcagcagGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATAAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGgcg > 1:569341/1‑150 (MQ=255) cGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGatgatg < 2:425503/150‑1 (MQ=255) aCGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGAtgttgt < 1:493934/150‑1 (MQ=255) ttattGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATGGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATggcg < 1:1202940/147‑1 (MQ=255) ttCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATggcg < 2:290461/150‑1 (MQ=255) gATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTg > 1:479659/1‑150 (MQ=255) aCCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCggg < 1:558601/150‑1 (MQ=255) ccAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGt > 1:487526/1‑150 (MQ=255) ccAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATCAATGGCCag < 1:992368/100‑2 (MQ=255) ccAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATCAATGGCCag > 2:992368/1‑99 (MQ=255) gAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAc < 2:274683/150‑1 (MQ=255) ggTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GAt < 2:24397/150‑1 (MQ=255) ccGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACAGATCgga > 1:1162744/1‑149 (MQ=255) cTTGCCGTCGATCAGCCGGAGAGGGCAGGGCGGCGCTAGGGACATCATAGGGCGAATCGCGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGAcat < 2:152540/150‑1 (MQ=255) cGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCg > 2:287287/1‑150 (MQ=255) tCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCAATCGATGCTCTTTTTCTGTTTGGGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGaa > 1:745045/1‑150 (MQ=255) aGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAg > 1:748273/1‑150 (MQ=255) ggCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAgg < 2:569341/150‑1 (MQ=255) gCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGt > 1:1086899/1‑150 (MQ=255) tACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTtg > 2:330609/1‑150 (MQ=255) tACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTtg > 1:568120/1‑150 (MQ=255) aCGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCATCGTtgg < 2:598956/150‑1 (MQ=255) gACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATggcgg < 1:582366/91‑1 (MQ=255) gACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATggcgg > 2:582366/1‑91 (MQ=255) aGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGTCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAg < 1:787240/150‑1 (MQ=255) aGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGaa > 1:533159/1‑125 (MQ=255) aGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGaa < 2:533159/125‑1 (MQ=255) gTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGt < 2:256801/150‑1 (MQ=255) gTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCAACAGTGTCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGt > 1:918723/1‑150 (MQ=255) tACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAAc < 1:935698/118‑1 (MQ=255) tACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAAc > 2:935698/1‑118 (MQ=255) atcGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCg < 2:748273/150‑1 (MQ=255) tCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCtt < 2:487526/150‑1 (MQ=255) tCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCtt < 1:279063/150‑1 (MQ=255) cACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTc > 1:1055224/1‑150 (MQ=255) cGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGa < 2:1086899/150‑1 (MQ=255) aCCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATg < 1:330609/150‑1 (MQ=255) gatGGCCATCAATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAg < 1:320311/123‑1 (MQ=255) gatGGCCATCAATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAg > 2:320311/3‑125 (MQ=255) cTGGCCATCGATCGCCCTCGCGCGCTGGTTGGTGCTCGGGTGTCGGCGAAGGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGTCACCGGTCATCTCTTCGATGGa < 2:918723/150‑1 (MQ=255) cATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGtt > 1:603754/1‑150 (MQ=255) cATAGATGGCCATCGGGCTCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GGTCGGGGTCGGCATCCTCGAACCGAAGGTTCCACCGTTGGAGTTGGTGCAACCGCCACCGGGCATCGATTCGAGAGACAGtt > 2:965286/1‑150 (MQ=255) tGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGTTTGc < 2:809400/150‑1 (MQ=255) | AGGGTTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGAC‑GATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGTTTGC > NC_002947/4731579‑4731875 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |