Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,768,312 | C→A | 8.1% | R182L (CGC→CTC) | PP_4218 ← | lipase/esterase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,768,312 | 0 | C | A | 8.1% | 156.2 / 3.1 | 49 | R182L (CGC→CTC) | PP_4218 | lipase/esterase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/22); new base A (2/2); total (25/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
GGCACCGTGGCGTATTGCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCACTGGCT > NC_002947/4768165‑4768458 | ggCACCGTGGCGTATTGCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCgcgc > 1:969100/1‑150 (MQ=255) ccGTGGCGTATTGCTAGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCGCGAGCTgcc < 2:1112897/150‑2 (MQ=255) tGGTCGAACCCCTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTg < 1:474543/150‑1 (MQ=255) gTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGc > 2:591329/1‑150 (MQ=255) aCCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGaa > 2:56088/1‑150 (MQ=255) aCCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGACATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGaa < 1:63799/150‑1 (MQ=255) cACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATg > 2:1126374/1‑150 (MQ=255) aCTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATgg < 1:1000487/150‑1 (MQ=255) aCTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTACGATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCCCCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATgg > 1:401444/1‑150 (MQ=255) tCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTa < 1:366592/150‑1 (MQ=255) gggTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCa < 2:387847/150‑1 (MQ=255) cTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTaccac > 2:948730/1‑150 (MQ=255) cTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCGCGAGCTgcc < 1:606860/111‑2 (MQ=255) cTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCGCGAGCTgcc > 2:606860/1‑110 (MQ=255) cAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGGGGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGa < 2:401444/150‑1 (MQ=255) gTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTc < 1:591329/150‑1 (MQ=255) aaCCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTacc > 1:343824/1‑136 (MQ=255) aaCCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTacc < 2:343824/136‑1 (MQ=255) gCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCcaccac < 2:157378/150‑1 (MQ=255) ccATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTc > 1:788758/1‑140 (MQ=255) ccATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTc < 2:788758/140‑1 (MQ=255) aTAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGc < 2:695756/150‑1 (MQ=255) aCCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGc < 1:214485/140‑1 (MQ=255) aCCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGc > 2:214485/1‑140 (MQ=255) gccgGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGc > 1:40797/1‑150 (MQ=255) cAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTacca > 2:220569/1‑102 (MQ=255) cAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCGCTCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTacca < 1:220569/102‑1 (MQ=255) aTCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTc > 2:624577/1‑122 (MQ=255) aTCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTc < 1:624577/122‑1 (MQ=255) aTCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGc > 2:698303/1‑150 (MQ=255) cGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCt > 1:1112035/1‑150 (MQ=255) ggTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGaa < 2:918166/66‑1 (MQ=255) ggTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGaa > 1:918166/1‑66 (MQ=255) gTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGcc > 2:1008553/1‑96 (MQ=255) gTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGcc < 1:1008553/96‑1 (MQ=255) aGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGaccaacc > 2:345590/1‑150 (MQ=255) tCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAgc > 2:973027/1‑150 (MQ=255) aTTGCCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCAACGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGATGAGCCAgcgg > 1:956735/1‑149 (MQ=255) aTTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAgcgc < 1:973027/150‑1 (MQ=255) tACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCa > 2:1062903/1‑150 (MQ=255) aCCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAg < 2:1112035/150‑1 (MQ=255) tGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCa > 1:18751/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCa > 1:578486/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAg < 1:1126374/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGGGCCAGGCATCCAGGGCAt > 2:167649/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGGGCCAGGCATCCAGGGCATc < 1:167649/150‑1 (MQ=255) tgcgCAGCGCGAGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGt > 2:827141/4‑150 (MQ=255) aGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCACTg < 2:40797/150‑1 (MQ=255) aGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCACTg < 1:345590/150‑1 (MQ=255) tCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCACTGGCt > 2:294201/1‑150 (MQ=255) | GGCACCGTGGCGTATTGCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCACTGGCT > NC_002947/4768165‑4768458 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |