Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,840,256 | G→T | 8.1% | A193S (GCC→TCC) | ccoN‑II → | cbb3‑type cytochrome c oxidase subunit 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,840,256 | 0 | G | T | 8.1% | 150.5 / 2.2 | 49 | A193S (GCC→TCC) | ccoN‑II | cbb3‑type cytochrome c oxidase subunit 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/18); new base T (2/2); total (29/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
CTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTCGGCAACTGGTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGCCGATCTACTCGTATCGCTTGTC > NC_002947/4840109‑4840401 | cTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGTACATCTATGTCGGCAACTGGTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACACCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGcc < 2:121417/150‑1 (MQ=255) gtTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTCGGCAACTGGTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTc > 1:371041/1‑150 (MQ=255) ttcttcGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTCGGCAACTGGTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTcc > 2:231215/1‑150 (MQ=255) 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aaCTGGTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTg < 2:371041/150‑1 (MQ=255) aCTGGTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAgtggtg > 1:268237/1‑130 (MQ=255) aCTGGTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAgtggtg < 2:268237/130‑1 (MQ=255) tGGTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGc < 2:998310/150‑1 (MQ=255) gTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGctt > 1:1042829/1‑150 (MQ=255) 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aCCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTgggg > 2:382842/1‑150 (MQ=255) aCCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTgggg > 1:952533/1‑150 (MQ=255) ccGCGATGCTGAACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGga < 1:248677/150‑1 (MQ=255) gctgcACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGTGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGta < 2:1042829/150‑1 (MQ=255) gctgcACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGta < 1:382842/150‑1 (MQ=255) gctgcACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGta > 2:479378/1‑150 (MQ=255) gcACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGCTGATGtacta > 2:99752/1‑150 (MQ=255) caTCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACtt > 1:95623/1‑150 (MQ=255) acaTCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGc > 2:234845/1‑150 (MQ=255) caTCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGTGCCACCGACGCGATGATCCAgtggtg > 2:264333/1‑75 (MQ=255) caTCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGTGCCACCGACGCGATGATCCAgtggtg < 1:264333/75‑1 (MQ=255) caTCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTAGTACTCGGCCGACGCGCGGGCCGCGTACGCGCTGATCCATTTGTCGTTGGCGTCCACTTCGACTTGGG‑‑TCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTGCAACTCCGGTCCCAAGCa > 1:1177832/1‑150 (MQ=255) gCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGTCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCCCCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACGTCGTGCCCAAGCAGGCCGa < 2:617305/150‑1 (MQ=255) cTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCATGCTGAGGATGATGTAATACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAg > 1:62981/1‑150 (MQ=255) cGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGc < 2:826132/150‑1 (MQ=255) gAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGTCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGCCGAt < 1:466258/150‑1 (MQ=255) gAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGCCGAt < 2:95623/150‑1 (MQ=255) ccTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGCCGATCTa > 1:1115985/1‑150 (MQ=255) tGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTgg > 1:329298/1‑75 (MQ=255) tGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTgg < 2:329298/75‑1 (MQ=255) tGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCg > 2:86674/1‑93 (MQ=255) tGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCg < 1:86674/93‑1 (MQ=255) gTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGCCGATCTACTCGTATCg > 2:573091/1‑150 (MQ=255) gTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGCCGATCTACTCGTATCg > 2:957702/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGCCGATCTACTCGTATCGCTTGt > 1:693299/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGCCGATCTACTCGTATCGCTTGTc < 1:860850/150‑1 (MQ=255) | CTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTCGGCAACTGGTTCTACGGTGCGTTCATCGTGGTCACCGCGATGCTGCACATCGTCAACCACATCTCGCTGCCGGTGAGCCTGTTCAAGTCGTACTCGGCCTACTCCGGCGCCACCGACGCGATGATCCAGTGGTGGT‑‑ACGGCCACAACGCCGTGGGCTTCTTCCTCACCACCGGCTTCCTGGGGATGATGTACTACTTCGTGCCCAAGCAGGCCGAGCGGCCGATCTACTCGTATCGCTTGTC > NC_002947/4840109‑4840401 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |