Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,881,249 | T→A | 10.4% | V96D (GTC→GAC) | uacT → | uric acid permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,881,249 | 0 | T | A | 10.4% | 130.4 / 6.0 | 48 | V96D (GTC→GAC) | uacT | uric acid permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/19); new base A (3/2); total (27/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
CAGGCCGCCGGGTTGTCCCGTGAAGAAGTCGCTTTCCTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCACCGCTGGTCACCGGTAC > NC_002947/4881101‑4881396 | cAGGCCGCCGGGTTGTCCCGTGAAGAAGTCGCTTTCCTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTc > 1:1058532/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGCCGGGTTGTCCCGTGAAGAAGTCGCTTTCCTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTc < 2:78460/150‑1 (MQ=255) ccgccgGGTTGTCCCGTGAAGAAGTCGCTTTCCTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGACATCCGCATGCCGGGGATGATGGGTGCCAGTGTTGCGGCGGTCCgcg > 2:542780/1‑149 (MQ=255) cgccgGGTTGTCCCGTGAAGAAGTCGCTTTCCTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGgcag > 1:913038/1‑150 (MQ=255) ccGTGAAGAAGTCGCTTTCCTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCAt > 1:691749/1‑150 (MQ=255) gTCGCTTTCCTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGACAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATg > 2:377843/1‑150 (MQ=255) gCTTTCCTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCGGCATGCCGGTGATGATGGGTGGCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGccc > 1:302995/1‑150 (MQ=255) cTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTg > 1:213508/1‑150 (MQ=255) cTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTg < 1:832918/150‑1 (MQ=255) tGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTgg < 1:132296/150‑1 (MQ=255) cAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCt < 2:1061921/150‑1 (MQ=255) gCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTgg < 1:1002791/142‑1 (MQ=255) gCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTgg > 2:1002791/1‑142 (MQ=255) gCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATAATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAg < 2:659570/150‑1 (MQ=255) ccGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGAAgg < 2:691749/150‑1 (MQ=255) aCCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGa < 2:913038/150‑1 (MQ=255) tGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCt > 1:589761/1‑150 (MQ=255) cTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTc < 2:213508/150‑1 (MQ=255) tGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCgg < 1:1057885/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGa < 1:1097601/150‑1 (MQ=255) cTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTg > 2:469797/1‑150 (MQ=255) gatcatcCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGGGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCgg > 2:825267/2‑150 (MQ=255) catcatCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCgg > 1:802543/1‑150 (MQ=255) tcatcCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCCGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTCCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGt < 2:378322/150‑1 (MQ=255) tcCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGttct > 1:127135/1‑150 (MQ=255) tcCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGCCGGCCATGGccacc < 1:334865/95‑4 (MQ=255) tcCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGCCGGCCATGGccacc > 2:334865/1‑92 (MQ=255) gTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTgg < 1:219713/104‑1 (MQ=255) gTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTgg > 2:219713/1‑104 (MQ=255) cGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCg > 2:237043/1‑81 (MQ=255) cGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCg < 1:237043/81‑1 (MQ=255) tCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCa > 1:787848/1‑150 (MQ=255) cGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAg < 1:802827/150‑1 (MQ=255) gCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGACAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAgg < 1:377843/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGt < 2:802543/150‑1 (MQ=255) gTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTCTCCGc > 2:609923/1‑150 (MQ=255) gTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCAc > 2:1014098/1‑150 (MQ=255) tGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCCTAGCGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCAcc > 1:634987/1‑150 (MQ=255) caccatgCTGCCGACGGCAGCGTGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCACCGCTg > 2:583957/7‑150 (MQ=255) catgCTGCCGACGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATcgc > 2:274386/4‑107 (MQ=255) catgCTGCCGACGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATcgc < 1:274386/104‑1 (MQ=255) atgCTGCCGACGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCACCGc < 2:517560/142‑1 (MQ=255) atgCTGCCGACGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCACCGc > 1:517560/3‑144 (MQ=255) tGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCACCGATGGTCACCgg > 1:1093878/1‑150 (MQ=255) tGCCGTCGACAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCACCGCTGGTCACCgg > 2:565710/1‑150 (MQ=255) cGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCTGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCACCGCTGGTCACCGGTAc > 2:1011330/1‑150 (MQ=255) gTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCAt > 1:850779/1‑107 (MQ=255) gTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCAt < 2:850779/107‑1 (MQ=255) | CAGGCCGCCGGGTTGTCCCGTGAAGAAGTCGCTTTCCTGATCAACGCCGACCTGCTTGTCGCTGGCGTCGCTACCATCATCCAGTCGTTCGGTATCGGCCCGGTGGGCATCCGCATGCCGGTGATGATGGGTGCCAGTTTCGCTGCCGTCGGCAGCATGGTGGCCATGGCCGGCATGCCCGGCGTGGGCCTGCAGGGGATCTTCGGCGCGACCATCGCTGCCGGGTTCTTCGGCATGCTGATCGCGCCGTTCATGTCCAAGGTTGTCCGCTTCTTCCCACCGCTGGTCACCGGTAC > NC_002947/4881101‑4881396 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |