| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,978,160 | C→T | 12.4% | R162H (CGC→CAC) | flgH ← | flagellar L‑ring protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,978,160 | 0 | C | T | 12.4% | 120.1 / 7.1 | 48 | R162H (CGC→CAC) | flgH | flagellar L‑ring protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/24); new base T (3/3); total (21/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
AACGAACCGGTACCGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTC‑AGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACC > NC_002947/4978013‑4978305 | aacgaacCGGTACCGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTC‑AGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCgcgc > 1:680786/1‑150 (MQ=255) tgTACCGGGCCAGGTGAGGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTCTC‑TTCACGCTGCTGCCAATTTCCAACCATGCCGCTTGTGCGACCCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGCGTCAGCCAATTCTCGCCGCGCACGGCgat < 1:876027/149‑1 (MQ=255) ggTACCGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTC‑AGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCgat < 1:497771/150‑1 (MQ=255) ccGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTC‑AGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGatgatg < 2:103067/150‑1 (MQ=255) tGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTC‑AGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCa < 1:794769/150‑1 (MQ=255) tGATGCGCGCGTCGGCCACACCGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTC‑AGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCa < 2:510180/150‑1 (MQ=255) gCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTC‑AGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCacg < 1:1048131/150‑1 (MQ=255) acacGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTC‑AGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCacggtg > 2:655893/1‑150 (MQ=255) 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2:198244/98‑1 (MQ=255) gcgAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCt < 2:587911/150‑1 (MQ=255) gcgAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCt > 2:224442/1‑150 (MQ=255) ccATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGc < 1:9055/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTc < 1:107303/89‑1 (MQ=255) aTGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGccc < 1:655893/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGCAATGCGAACAAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTc > 2:107303/1‑89 (MQ=255) 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2:1040480/1‑124 (MQ=255) ttCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCTTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCtata > 2:1149199/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCAGGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCg < 1:472843/150‑1 (MQ=255) ccGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTgg < 1:853576/127‑1 (MQ=255) ccGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTgg > 2:853576/1‑127 (MQ=255) ccGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCg > 2:353007/1‑150 (MQ=255) 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atcatcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAg < 2:762802/134‑1 (MQ=255) catcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGcc > 1:543713/3‑100 (MQ=255) catcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGcc < 2:543713/98‑1 (MQ=255) catcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCta < 1:1106947/120‑1 (MQ=255) catcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCta > 2:1106947/3‑122 (MQ=255) gccgcGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCAcc > 1:1012074/1‑150 (MQ=255) | AACGAACCGGTACCGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTC‑AGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACC > NC_002947/4978013‑4978305 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |