Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,318,049 | T→C | 8.1% | Q458R (CAG→CGG) | ilvI ← | acetohydroxybutanoate synthase/acetolactate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,318,049 | 0 | T | C | 8.1% | 137.6 / 2.8 | 49 | Q458R (CAG→CGG) | ilvI | acetohydroxybutanoate synthase/acetolactate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/24); new base C (2/2); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.50e-01 |
GATAAAGTCAGGCAGCGACTCGACGTACGAGTGCGAGTGACGACCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTGGCTTGTTGAAGCGG > NC_002947/5317901‑5318198 | gATAAAGTCAGGCAGCGACTCGACGTACGAGTGCGAGTGACGACCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTg < 2:442862/150‑1 (MQ=255) aTAAAGTCAGGCAGCGACTCGACGTACGAGTGCGAGTGACGACCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTgg < 1:823961/150‑1 (MQ=255) aaaGTCAGGCAGCGACTCGACGTACGAGTGCGAGTGACGACCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGac < 2:56674/150‑2 (MQ=255) gCAGCGACTCGACGTACGAGTGCGAGTGACGACCGCTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCt < 2:645509/150‑1 (MQ=255) gACTCGACGTACGAGTGCGAGTGACGACCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGAtg > 1:701856/1‑150 (MQ=255) tgcgagtgACGACCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACTGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTc < 2:698679/150‑1 (MQ=255) tgACGACCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAg < 1:826784/150‑1 (MQ=255) acCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCAt < 2:290245/117‑1 (MQ=255) acCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCAt > 1:290245/1‑117 (MQ=255) acCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCAc < 2:669825/150‑1 (MQ=255) ccGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACg < 2:360790/150‑1 (MQ=255) tAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGa > 1:903079/1‑150 (MQ=255) tAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGa > 1:423353/1‑150 (MQ=255) tAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGACAGGCCGTATTGCATGCTGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGa > 2:738715/1‑150 (MQ=255) gCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATcc > 2:529201/1‑150 (MQ=255) cATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCgg > 1:970271/1‑150 (MQ=255) gTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGaa < 1:673878/150‑1 (MQ=255) cTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGtt < 2:701856/150‑1 (MQ=255) gCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGa < 1:529201/150‑1 (MQ=255) ggCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGa < 2:1076469/150‑1 (MQ=255) aCCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGccc < 2:970271/150‑1 (MQ=255) cATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCAt > 1:913187/1‑150 (MQ=255) cGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGgaagc > 2:1189740/1‑150 (MQ=255) gttgttCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCt < 1:585976/71‑1 (MQ=255) gttgttCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCt > 2:585976/1‑71 (MQ=255) gttCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGATAAGATTAAAGCCCATCTCCGCCGGgaagccgaa > 1:1169274/1‑150 (MQ=255) ttCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGgaagccgaag > 1:815184/1‑150 (MQ=255) tGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATgg > 2:743168/1‑150 (MQ=255) tCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGc < 2:903079/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACCGCTCCCGGATGTTCATc > 2:1135332/1‑46 (MQ=255) cGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCCGGATGTTCATc > 2:532516/1‑46 (MQ=255) cGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCCGGATGTTCATc < 1:1135332/46‑1 (MQ=255) cGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCCGGATGTTCATc < 1:532516/46‑1 (MQ=255) ggCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGt > 2:197076/1‑150 (MQ=255) gCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGgaagccgaa < 2:212408/123‑1 (MQ=255) gCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGgaagccgaa > 1:212408/1‑123 (MQ=255) gCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGtt < 1:743168/150‑1 (MQ=255) cGTATTGAATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATATGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACATGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCCTGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGa > 2:468489/1‑150 (MQ=255) ttGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCa > 2:542591/1‑150 (MQ=255) aGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGa < 2:1137438/133‑1 (MQ=255) aGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGa > 1:1137438/1‑133 (MQ=255) aGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTg > 2:21115/1‑150 (MQ=255) gTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTGGc < 2:913187/150‑1 (MQ=255) ggACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGa > 2:1186582/1‑80 (MQ=255) ggACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGa < 1:1186582/80‑1 (MQ=255) ggACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTGGCtt < 2:423353/150‑1 (MQ=255) cAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTGGCttgtt < 1:738715/150‑1 (MQ=255) aGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTGGCttgttg > 1:14495/1‑150 (MQ=255) cTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTGGCTTGTTGaa < 1:197076/150‑1 (MQ=255) tGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTGGCTTGTTGAAGCgg < 1:1189740/150‑1 (MQ=255) tGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTGGCTTGTTGAAGCgg < 2:815184/150‑1 (MQ=255) | GATAAAGTCAGGCAGCGACTCGACGTACGAGTGCGAGTGACGACCGTTGTAGGCCATGTCCTGCCACTGGCGGACCATGCCCAACACGCCGTTGTTCAGGTTGACGATCTTCACCGGCAGGCCGTATTGCATGCAGGTGGACAGCTCCTGGATGTTCATCTGGATGCTGCCTTCGCCGGTCACACAGGCCACGTCCTGATCCGGGAAGTTGAGCTTGACGCCCATCGCCGCCGGGAAGCCGAAGCCCATGGTGCCCAGGCCACCGGAGTTGATCCAGCGGTTTGGCTTGTTGAAGCGG > NC_002947/5317901‑5318198 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |