| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,389,408 | T→C | 9.5% | intergenic (+59/‑261) | dld2 → / → PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,389,408 | 0 | T | C | 9.5% | 187.7 / 6.2 | 73 | intergenic (+59/‑261) | dld2/PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/29); new base C (3/3); total (39/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
AGATAGGCCTGTCGAGCCACAGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAA > NC_002947/5389264‑5389553 | agaTAGGCCTGTCGAGCCACAGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCctgc > 2:394507/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCCACAGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATcc > 1:1058702/1‑150 (MQ=255) acaGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGCTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCccacccac > 2:871159/1‑150 (MQ=255) gCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCa < 2:906260/150‑1 (MQ=255) tCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCg < 2:173335‑M2/150‑2 (MQ=255) gACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCa < 2:1151536/150‑1 (MQ=255) ccACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGccac < 2:1110016/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGt > 1:1007407/1‑131 (MQ=255) ccTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGt < 2:1007407/131‑1 (MQ=255) gTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGGGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTc > 1:622203/1‑150 (MQ=255) ccTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCggg > 2:38047/1‑150 (MQ=255) gTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCcccac < 1:810778/111‑1 (MQ=255) gTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCcccac > 2:810778/1‑111 (MQ=255) tAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAAc < 1:173335/150‑1 (MQ=255) gACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg > 2:815829/1‑142 (MQ=255) gACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg < 1:815829/142‑1 (MQ=255) ccGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATGCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg > 1:871959/1‑140 (MQ=255) ccGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg < 2:871959/140‑1 (MQ=255) ccGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGc > 1:319838/1‑150 (MQ=255) gcgTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:415791/150‑1 (MQ=255) aCCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 1:191080/1‑149 (MQ=255) aCCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:191080/149‑1 (MQ=255) ccGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATc < 2:869094/92‑1 (MQ=255) ccGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATc > 1:869094/1‑92 (MQ=255) ccGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCACATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCa > 1:608730/1‑150 (MQ=255) ccGGACACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCa > 1:595657/1‑150 (MQ=255) cGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGAGCTGCGTAGGGGCGAGGGTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAg > 1:1053631/1‑150 (MQ=37) gCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGAt < 1:24631/150‑1 (MQ=255) cACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATtg > 1:1040322/1‑150 (MQ=255) aCGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATtgg > 1:884379/1‑150 (MQ=255) cGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATtggt < 2:884379/150‑1 (MQ=255) ccTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGc < 1:841614/129‑1 (MQ=255) ccTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGc > 2:841614/1‑129 (MQ=255) ctctAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg > 1:106378/1‑118 (MQ=255) ctctAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg < 2:106378/118‑1 (MQ=255) aaCGCGTTGATATATGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCcaca > 2:381040/1‑150 (MQ=255) gcgTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACAt > 2:854865/1‑150 (MQ=255) gcgTTGATATAGGTGGGGAACGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCAGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTCTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACAt < 2:501432/150‑1 (MQ=255) gATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAGAGCGCGTCCCTGCTGGCCAATCCCCCCCCACTGGCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtg < 1:871159/150‑1 (MQ=37) gATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtg < 2:544818/150‑1 (MQ=255) aGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGgtgt < 1:394507/150‑1 (MQ=255) ggTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTa < 2:366344/150‑1 (MQ=255) tGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTaca < 2:1040322/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCGTAGTAGCGGGTTTCCCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCTCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGccc < 2:29443/150‑1 (MQ=255) cgcTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGGGTACACAGCccg > 2:971019/1‑150 (MQ=255) tGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCccgccg > 1:1031198/1‑150 (MQ=255) tGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCccgccg > 1:506984/1‑150 (MQ=255) gtcgtAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTAATCAATCTCCACCCACCGTTCACCgttgccgccgccaccgtattcgcgggtaaacccgctcctacaacggccgcagttactcgggagggagggccaggcgctggccag > 2:374439‑M1/3‑66 (MQ=255) gTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTAt > 2:786838/1‑150 (MQ=255) gTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCACATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGttg < 2:608730/150‑3 (MQ=255) gTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCgttgccgccaccaccgcattcgcgggtgaacccgctcctacgacgggctgtgtcctactgtccaccccgtggtaggagcgggtttac > 1:1136057‑M2/1‑63 (MQ=255) gAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATgcgc > 2:267063/1‑150 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCgttgccgccaccaccgcattcgcgggtaaacccgctcctacggcgggctgtatccaactgtccaccaccgttgtaggagcgggtttacccg < 2:81697‑M2/150‑92 (MQ=255) cGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTAATCAATCTCCACCCACCGTTCACCgttgccgccgccaccgtattcgcgggtaaacccgctcctacaacggccgcagttactcgggagggagggccaggcgctggccagccatcaacag < 1:374439‑M1/150‑95 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTaaa < 1:765233/150‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTAATCAATCTCCACCCACCGTTCACCgttgccgccgccaccgtattcgcgggtaaacccgctcctacgacggccgcagttactcgggagggagggccaggcgctggccagccat > 1:527735‑M1/1‑53 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTAATCAATCTCCACCCACCGTTCACCgttgccgccgccaccgtattcgcgggtaaacccgctcctacgacggccgcagttactcgggagggagggccaggcgctggccagccat < 2:527735‑M1/141‑89 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgcg > 2:308412/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgcg > 1:1039824/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgcg > 1:767989/1‑150 (MQ=255) cgcgAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCgttgccgccaccaccgcattcgcgggtaaacccgctcctacggcgggctgtatccaactgtccaccaccgttgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggc > 1:81697‑M2/1‑46 (MQ=255) gcgAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCaccacc < 2:593414/57‑1 (MQ=255) gcgAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCaccacc > 1:593414/1‑57 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |